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3HR3	Interplay of Structure, Hydration and Thermal Stability in Formacetal Modified Oligonucleotides: RNA May Tolerate Hydrophobic Modifications Better than DNA 分子名称: 5'-D(*GP*CP*GP*(US4)P*(OMU))P*AP*CP*GP*C)-3' 著者 Egli, M, Pallan, P.S. 登録日 2009-06-08 公開日 2009-10-27 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.75 Å) 主引用文献 Interplay of structure, hydration and thermal stability in formacetal modified oligonucleotides: RNA may tolerate nonionic modifications better than DNA. J.Am.Chem.Soc., 131, 2009
421D	5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*(BRO)CP*TP*TP*C)-3', 5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*A)-3' 分子名称: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*(CBR)P*TP*TP*C)-3'), RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*A)-3') 著者 Xiong, Y, Sundaralingam, M. 登録日 1998-08-16 公開日 1999-01-05 最終更新日 2023-12-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å) 主引用文献 Crystal structure and conformation of a DNA-RNA hybrid duplex with a polypurine RNA strand: d(TTCTTBr5CTTC)-r(GAAGAAGAA). Structure, 6, 1998
1QP5	BASE-PAIRING SHIFT IN A DODECAMER CONTAINING A (CA)N TRACT 分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*T)-3'), MAGNESIUM ION 著者 Timsit, Y, Vilbois, E, Moras, D. 登録日 1999-06-01 公開日 1999-06-14 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 Base-pairing shift in the major groove of (CA)n tracts by B-DNA crystal structures. Nature, 354, 1991
4DOF	Structures of Vaccinia Virus Uracil-DNA Glycosylase in New Crystal Forms 分子名称: Uracil-DNA glycosylase 著者 Schormann, N, Chattopadhyay, D. 登録日 2012-02-09 公開日 2013-02-20 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.8 Å) 主引用文献 Analysis of the Dimer Interface in Crystal Structures of Vaccinia Virus Uracil DNA Glycosylase To be Published
4JOM	Structure of E. coli Pol III 3mPHP mutant 分子名称: DNA polymerase III subunit alpha, GLYCEROL, PHOSPHATE ION, ... 著者 Barros, T, Guenther, J, Kelch, B, Anaya, J, Prabhakar, A, O'Donnell, M, Kuriyan, J, Lamers, M.H. 登録日 2013-03-18 公開日 2013-05-29 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å) 主引用文献 A structural role for the PHP domain in E. coli DNA polymerase III. Bmc Struct.Biol., 13, 2013
2K69	NMR solution structure of modified DNA containing imidazole nucleosides at basic pH 分子名称: DNA (5'-D(*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*(D33)P*(D33)P*(D33)P*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DA)-3') 著者 Johannsen, S, Boehme, D, Duepre, N, Mueller, J, Sigel, R.K.O. 登録日 2008-07-04 公開日 2009-07-07 最終更新日 2024-05-29 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure at different pHs of a DNA hairpin containing artificial nucleotides To be Published
2K68	NMR solution structure of modified DNA containing imidazole nucleosides at neutral pH 分子名称: DNA (5'-D(*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*(D33)P*(D33)P*(D33)P*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DA)-3') 著者 Johannsen, S, Boehme, D, Duepre, N, Mueller, J, Sigel, R.K.O. 登録日 2008-07-04 公開日 2009-07-07 最終更新日 2024-05-29 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure at different pHs of a DNA hairpin containing artificial nucleotides To be Published
7XFN	Structure of nucleosome-DI complex (-55I, Apo state) 分子名称: DNA (152-MER), Histone H2A type 1, Histone H2B 1.1, ... 著者 Zheng, L, Tsai, B, Gao, N. 登録日 2022-04-01 公開日 2023-04-19 最終更新日 2023-11-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.8 Å) 主引用文献 Structural and mechanistic insights into the DNA glycosylase AAG-mediated base excision in nucleosome. Cell Discov, 9, 2023
7XFC	Structure of nucleosome-DI complex (-30I, Apo state) 分子名称: DNA (152-MER), Histone H2A type 1, Histone H2B 1.1, ... 著者 Zheng, L, Tsai, B, Gao, N. 登録日 2022-04-01 公開日 2023-04-19 最終更新日 2023-11-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.9 Å) 主引用文献 Structural and mechanistic insights into the DNA glycosylase AAG-mediated base excision in nucleosome. Cell Discov, 9, 2023
7XFI	Structure of nucleosome-DI complex (-50I, Apo state) 分子名称: DNA (152-MER), Histone H2A type 1, Histone H2B 1.1, ... 著者 Zheng, L, Tsai, B, Gao, N. 登録日 2022-04-01 公開日 2023-04-19 最終更新日 2023-11-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.9 Å) 主引用文献 Structural and mechanistic insights into the DNA glycosylase AAG-mediated base excision in nucleosome. Cell Discov, 9, 2023
7XFL	Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, free state) 分子名称: DNA (152-MER), Histone H2A type 1, Histone H2B 1.1, ... 著者 Zheng, L, Tsai, B, Gao, N. 登録日 2022-04-01 公開日 2023-04-19 最終更新日 2023-11-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.8 Å) 主引用文献 Structural and mechanistic insights into the DNA glycosylase AAG-mediated base excision in nucleosome. Cell Discov, 9, 2023
7XNP	Structure of nucleosome-AAG complex (A-55I, post-catalytic state) 分子名称: DNA (152-MER), Histone H2A type 1, Histone H2B 1.1, ... 著者 Zheng, L, Tsai, B, Gao, N. 登録日 2022-04-29 公開日 2023-05-03 最終更新日 2023-11-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.9 Å) 主引用文献 Structural and mechanistic insights into the DNA glycosylase AAG-mediated base excision in nucleosome. Cell Discov, 9, 2023
3FLG	The PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 beta 分子名称: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B 著者 Amaya, M.F, Zeng, H, MacKenzie, F, Weigelt, J, Sundstrom, M, Arrowsmith, C.H, Edwards, A.M, Botchkarev, A, Min, J, Wu, H, Structural Genomics Consortium (SGC) 登録日 2008-12-18 公開日 2009-03-31 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å) 主引用文献 Crystal Structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 beta To be Published
8B0A	Cryo-EM structure of ALC1 bound to an asymmetric, site-specifically PARylated nucleosome 分子名称: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, DNA (149-MER) Widom 601 sequence, Histone H2A type 1, ... 著者 Bacic, L, Gaullier, G, Deindl, S. 登録日 2022-09-07 公開日 2023-09-20 最終更新日 2024-04-03 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3 Å) 主引用文献 Asymmetric nucleosome PARylation at DNA breaks mediates directional nucleosome sliding by ALC1. Nat Commun, 15, 2024
2K67	NMR solution structure of modified DNA containing imidazole nucleosides at acidic pH 分子名称: DNA (5'-D(*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*(D33)P*(D33)P*(D33)P*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DA)-3') 著者 Johannsen, S, Boehme, D, Duepre, N, Mueller, J, Sigel, R.K.O. 登録日 2008-07-04 公開日 2009-07-07 最終更新日 2024-05-01 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure at different pHs of a DNA hairpin containing artificial nucleotides To be Published
417D	A THYMINE-LIKE BASE ANALOGUE FORMS WOBBLE PAIRS WITH ADENINE 分子名称: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*(C46)P*G)-3') 著者 Lin, P.K.T, Schuerman, M.H, Moore, G.S, Van Meervelt, L, Loakes, D, Brown, D.M, Moore, M.H. 登録日 1998-07-15 公開日 1998-09-30 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.5 Å) 主引用文献 A thymine-like base analogue forms wobble pairs with adenine in a Z-DNA duplex. J.Mol.Biol., 282, 1998
7XVL	Crystal Structure of Nucleosome-H1.0 Linker Histone Assembly (sticky-169an DNA fragment) 分子名称: DNA (169-MER), Histone H1.0, Histone H2A type 1-B/E, ... 著者 Adhireksan, Z, Qiuye, B, Lee, P.L, Sharma, D, Padavattan, S, Davey, C.A. 登録日 2022-05-24 公開日 2023-05-24 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.506 Å) 主引用文献 Crystal Structure of Nucleosome-H1.0 Linker Histone Assembly (sticky-169an DNA fragment) To Be Published
2QSF	Crystal structure of the Rad4-Rad23 complex 分子名称: DNA repair protein RAD4, UV excision repair protein RAD23 著者 Min, J.-H, Pavletich, N.P. 登録日 2007-07-31 公開日 2007-10-02 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.35 Å) 主引用文献 Recognition of DNA damage by the Rad4 nucleotide excision repair protein Nature, 449, 2007
4ID3	Crystal Structure of the BRCT domain of S. Cerevisiae Rev1 分子名称: DNA repair protein REV1 著者 Pryor, J.M, Gakhar, L, Washington, M.T. 登録日 2012-12-11 公開日 2013-01-02 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9669 Å) 主引用文献 Structure and Functional Analysis of the BRCT Domain of Translesion Synthesis DNA Polymerase Rev1. Biochemistry, 52, 2013
3QSV	Structural basis for DNA recognition by constitutive Smad4 MH1 dimers 分子名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3'), Mothers against decapentaplegic homolog 4, ZINC ION 著者 Baburajendran, N, Jauch, R, Zhen, C.T.Y, Kolatkar, P.R. 登録日 2011-02-22 公開日 2011-06-22 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.708 Å) 主引用文献 Structural basis for DNA recognition by constitutive Smad4 MH1 dimers To be Published
2MWS	Structure of the complex of ubiquitin and the ubiquitin-like (UBL) domain of Ddi1 分子名称: DNA damage-inducible protein 1, Ubiquitin 著者 Fushman, D, Nowicka, U, Walker, O. 登録日 2014-11-23 公開日 2015-03-25 最終更新日 2023-06-14 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 DNA-Damage-Inducible 1 Protein (Ddi1) Contains an Uncharacteristic Ubiquitin-like Domain that Binds Ubiquitin. Structure, 23, 2015
2DUN	Solution structure of BRCT domain of DNA polymerase mu 分子名称: DNA polymerase mu 著者 Nagashima, T, Hayashi, F, Yokoyama, S, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) 登録日 2006-07-25 公開日 2007-01-25 最終更新日 2024-05-29 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure of BRCT domain of DNA polymerase mu To be Published
7PF5	Nucleosome 2 of the 4x187 nucleosome array containing H1 分子名称: DNA (167-MER), Histone H1.4, Histone H2A type 1-B/E, ... 著者 Dombrowski, M, Cramer, P. 登録日 2021-08-11 公開日 2022-08-03 最終更新日 2024-07-17 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.8 Å) 主引用文献 Histone H1 binding to nucleosome arrays depends on linker DNA length and trajectory. Nat.Struct.Mol.Biol., 29, 2022
7PF6	Nucleosome 1 of the 4x187 nucleosome array containing H1 分子名称: DNA (167-MER), Histone H1.4, Histone H2A type 1-B/E, ... 著者 Dombrowski, M, Cramer, P. 登録日 2021-08-11 公開日 2022-08-03 最終更新日 2024-07-17 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4 Å) 主引用文献 Histone H1 binding to nucleosome arrays depends on linker DNA length and trajectory. Nat.Struct.Mol.Biol., 29, 2022
7PF2	Nucleosome stack of the 4x187 nucleosome array containing H1 分子名称: DNA (541-MER), Histone H1.4, Histone H2A type 1-B/E, ... 著者 Dombrowski, M, Cramer, P. 登録日 2021-08-11 公開日 2022-08-03 最終更新日 2024-07-17 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (5.1 Å) 主引用文献 Histone H1 binding to nucleosome arrays depends on linker DNA length and trajectory. Nat.Struct.Mol.Biol., 29, 2022

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