398件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2025-04-23付）
398件のPDBエントリーが新たに公開されました。 公開済みのPDBエントリーは、235183件になりました。（2025-04-23付）
その他の更新情報は、PDB / EMDB 最新情報ページをご覧ください。
[wwPDB] PDBアーカイブのスナップショットは、HTTPS、SYNC、RSYNC、FTP経由でダウンロード頂けます
PDBコアアーカイブ(https://files.rcsb.org) のスナップショットは、 HTTPS、SYNC、RSYNC、FTP経由でダウンロードできます。 RCSB PDBでは、RSYNCの代わりにAWS SYNCがサポートされています。
スナップショットは、2005年から毎年アーカイブ化され、PDBアーカイブの研究用に年別に容易に区別できるデータセットを提供しています。
HTTPS プロトコル
- RCSB PDB (米国/AWS): https://s3snapshots.rcsb.org
- PDBj (日本): https://snapshots.pdbj.org
AWS SYNC
- RCSB PDB (米国/AWS): s3://pdbsnapshots/ (手順)
RSYNC プロトコル
- PDBj (日本): rsync -avy snapshots.pdbj.org:: .
FTP Protocol
- PDBj (日本): ftp://snapshots.pdbj.org
[ wwPDB News ]
PDBj Newsletter Vol.25公開のお知らせ
[wwPDB] 生物物理学会年会にてポスター賞を授与しました
The wwPDB Foundation made an award for an outstanding student presentation at the 2025 Biophysical Society Meeting (February 15-19, Los Angeles, CA).
Hsiang-Ling Huang
Mechanisms of dysferlin-mediated membrane repair in health and disease
Hsiang-Ling Huang (1), Giovanna Grandinetti (1,2), Sarah M. Heissler (1), Krishna Chinthalapudi (1)
(1) Department of Physiology and Cell Biology, Dorothy M. Davis Heart and Lung Research Institute,
The Ohio State University College of Medicine, United States
(2) Center for Electron Microscopy and Analysis, The Ohio State University, United States
Many thanks to The Biophysical Society organizers and poster prize judges for making this award possible.
The wwPDB Foundation was established in 2010 to raise funds in support of the outreach activities of the wwPDB. The Foundation raised funds to help support PDB50 events, workshops, and educational publications. The Foundation is chartered as a 501(c)(3) entity exclusively for scientific, literary, charitable, and educational purposes.
The wwPDB Foundation is grateful for our industrial sponsors: Discngine. Individual sponsorships are also available.
Consider supporting the next 50 years of PDB's spirit of openness, cooperation, and education with a donation to the wwPDB Foundation.
[ wwPDB News ]
[wwPDB] 新しいバージョンのPDB-IHM 検証レポートに、クロスリンキング質量分析に基づく構造モデルの評価が追加されました。
新しいバージョンのPDB-IHM 検証レポートに、クロスリンキング質量分析に基づく構造モデルの評価が追加されました
PDBアーカイブのPDB-IHMブランチに保管されている 統合的ハイブリッド法（IHM）を用いて決定された構造の検証レポート（バージョン2）を更新しました。 検証レポートは、アーカイブやPDB-IHMのウェブサイトから入手できます。 IHM検証ソフトウェア v2 はPDB-IHMの登録・アノテーションシステムに統合され、新しい登録構造の検証をサポートします。 IHM 検証と v2への更新の詳細については、ヘルプページと ユーザーガイドを参照してください。 本ソフトウェアは GitHub からスタンドアローンでもご利用いただけます。
統合構造の検証方法について開発を支援してくださったwwPDB IHMタスクフォースのメンバー 及びより広範な構造生物学コミュニティに感謝します。
バージョン２の新しい点
最新のアップデートでは、これまでサポートされていた小角散乱(SAS)データに加え、 化学クロスリンキング質量分析(Crosslinking-MS)データから得られた構造にもIHMの検証が拡張されました。 このマイルストーンは、クロスリンキング質量分析コミュニティ、PRIDEリポジトリ、 PDB-IHMチームの密接な協力の成果です。
この進歩をサポートするために、PDB-IHMとPRIDE間の相互運用性メカニズムを開発したことで、クロスリンキング質量分析データに基づく統合構造の検証が可能になりました。 さらに、PRIDEクロスリンキングは、 mzIdentML 1.2.0 コミュニティデータ標準に従って、完全なクロスリンキング質量分析データセットの提出をサポートしています。
さらに、IHMバリデーションソフトウェアv2では、精度解析にMolProbityバージョン4.5.2 とPrISMソフトウェアを使用している。
登録への次のステップ
私たちは、クロスリンキング質量分析に基づいた統合的構造を扱う登録者に、以下を奨励しています：
- ガイドラインに従って、 完全なデータセットをPRIDE クロスリンキングに登録してください。
- 強固な検証を可能にするために、PDB-IHM登録のPRIDEクロスリンキングデータセットを相互参照してください。
[ wwPDB News ]
[wwPDB] PDBx/mmCIF ユーザーガイドのアンケートに答えると抽選で賞品が当たります！
PDBx/mmCIFユーザーガイドに関する 簡単なアンケート にご協力をお願いいたします。
PDBx/mmCIFエコシステムの利点
フィードバックは大変助かります。
回答者は、wwPDBの賞品が当たる抽選に参加することができます。
アンケートは2025年2月28日まで受け付けています。
[ wwPDB News ]
[wwPDB] PDB-DevはPDB-IHMへ改名しました
統合構造が、wwPDB.orgとPDBアーカイブからご利用頂けます。
現在、多くの高分子集合体の構造は、 複数の実験的手法と計算手法から得られた情報を組み合わせて三次元構造を計算する、統合的アプローチを用いて決定されています。 PDB-IHM(旧PDB-Dev)は、統合的手法やハイブリッド手法(IHM)を用いて決定された立体構造をアーカイブ化・公開し、 検索可能・アクセス可能・相互運用可能・再利用可能(FAIR)にするためのシステムです。
2024年8月、PDB-DevはPDBと統合され、PDBアーカイブの実験構造とともに統合構造を提供することになりました。 統合に伴い、統合構造にはPDBアクセッションコードとデジタルオブジェクト識別子（DOI）が割り当てられ、 IHM構造としてアノテーションされ、PDBアーカイブと PDB DOIリンク（例：10.2210/pdb8zzc/pdb）、 PDB-IHMウェブサイトからアクセスできるようになりました。 PDB-DevはPDB-IHMと改名され、PDBにアーカイブされたIHM構造を示すようになりました。
統合構造はPDB-IHM登録ポータルを通じて登録することができ、 wwPDBのOneDep登録サイトからアクセスできます。 それらはwwPDB OneDepシステムと並行して処理されます。 PDB-IHMで処理された構造は、PDB構造と同期して毎週水曜日のUTC 00:00に公開されます。
将来的には、米国のRCSB PDB、欧州のPDBe、 日本のPDBjを含むwwPDBパートナーは、それぞれのウェブサイトで統合構造を公開する予定です。
私たちは、PDB-IHMに統合構造を登録することで構造生物学のコミュニティを支援できることを期待しています。
ご質問やご意見は、deposit-help@mail.wwpdb.org又は heldesk@pdb-ihm.orgへ、英語でご連絡ください。
[ wwPDB News ]
[wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました
新しいアーカイブスナップショットをご利用頂けます
2025年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/、https://s3.rcsb.org 又はPDBj: https://files.pdbj.org/)のスナップショットを スナップショットサイト https://s3snapshots.rcsb.org/、 snapshots.rcsb.org (rsync -rlpy -a -v --delete snapshots.rcsb.org:: .) 及び ftp://snapshots.pdbj.org に追加しました。 2005年以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。
ディレクトリ 20250101は、 2025年1月1日時点での229,564件の実験的に決定された 座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショットのサイズは、1,437 GBとなっています。
2025年1月1日現在のEMDBアーカイブ (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/) のスナップショットは、 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/20250101/と ftp://snapshots.pdbj.org/20250101/からご利用頂けます。 公開済みエントリー(41,367件）と廃止されたエントリー（301件）に対する、マップファイルとメタデータのXMLファイルを含んでおり、 スナップショットのサイズは、21 TBとなっています。
[ wwPDB News ]
