ftp / rsyncの URL を以下の通り変更しました。但し従来のURLも当面はご利用になれます。

• pdb.protein.osaka-u.ac.jp → ftp.pdbj.org
• snapshots.pdbj.org → snapshots.pdbj.org

ftp コマンドにより、PDBjの匿名 FTP サーバへ接続できます。

ftp ftp.pdbj.org 

FTP を使用して、様々な PDB データ、又はEMDB データを取得するURLは下記の通りです。 PDBアーカイブのページ もご覧ください。

• PDBx（mmCIF）形式:

   ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/mmCIF/ 
  

• PDBML形式（all: 全ての情報）:

   ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/XML/ 
  

• PDBML形式（no-atom: ヘッダのみ）:

   ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/XML-noatom/ 
  

• PDBML形式（ext-atom: 座標情報のみ）:

   ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/XML-extatom/ 
  

• PDB 形式:

   ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/ 
  

• EMDB データ:

   ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures 
  

wwPDB Outreach講演会（10月13日 開催）の動画（抜粋）をYouTubeで公開しました。（ 詳細... ）

実験データの公開方針が明確になります

2013年2月6日以降にPDBに登録される座標と実験データは、同じ公開条件（ステータス）に従います。

ご不明な点は info@wwpdb.org までお問い合わせください。

新しい辞書 （BIRD ：Biologically Interesting molecule Reference Dictionary ） がFTPサイトから公開されました。

以前に予告していました、新しい辞書 BIRD が、下記のFTPサイトからご利用頂けるようになりました。

BIRD辞書についての詳細は、 10月19日のニュース をご覧ください。

  ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/bird/prd/ 
（PDBj FTPサイト） 
 ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/bird/prd/ 
（wwPDB FTPサイト）

EMDBヘッダファイルのフォーマットがバージョン1.9.0に更新されます

2013年1月16日に、EMDBアーカイブは、ヘッダファイル（各マップに付随するXMLファイル）のフォーマットをバージョン1.9.0に更新する予定です。 wwPDBパートナーサイトから配布されるEMDBヘッダファイルはバージョン1.9.0になり、 EMDataBankの登録・編集・検索サービスでも新しいバージョンが使用されます。

EMDBのヘッダファイルを利用するソフトウェアやサービスの開発者が必要な変更を行えるよう、事前にフォーマット変更の予定についてお知らせしています。 ご不明な点は、 help@emdatabank.org までお問い合わせください。

公開予定のスキーマは、以下の場所からご利用頂けます。
ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/doc/XML-schemas/Header-schema/candidate/emdb.xsd
変更点の一覧は、スキーマファイルの先頭に記載されています。

新しいフォーマットを適用したヘッダファイルの例は、以下の場所からご利用いただけます。
ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/examples1.9.0/

スキーマ（v1.9.0）の主な変更点については wwPDBニュース もご覧ください。

構造因子ファイルの修正、公開計画について

wwPDBは、アーカイブにある構造因子ファイルを、フォーマットの整合性と座標データとの対応に関して見直しました。 その結果、フォーマットの標準化とデータの修正を反映させるため、約43,800個の構造因子ファイルが更新されました。 変更点は、構造因子ファイルのaudit.detailsレコードに記載されています。

2013年1月16日より、修正済みの構造因子ファイルを週1000個の単位で公開し始める予定です。 構造因子ファイルは以下のFTPサイトからご利用頂けます。
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/structure_factors/

ご質問等は、 info@wwpdb.org までお問い合わせください。

2012年3月7日に、EMデータバンク(EMDB) がPDBアーカイブに追加されました。今後は PDBj の ftp サイト（ ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/emdb ）からお使い頂けます。
過去のニュース もご覧ください。

2012年11月2日（金）に行われました、CCP4講習会における 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧下さい。

PDBの新しい辞書（BIRD）が、2012年12月にFTPサイトで公開されます。

wwPDBは、PDBアーカイブ中の、ペプチド様の抗生物質や阻害剤分子の表現について再検討し、こういった生物学的に興味ある分子(biologically interesting molecules)の定義に役立つ、新しい辞書(BIRD)を構築しました。

BIRD ( B iologically I nteresting molecule R eference D ictionary)には、化学的な説明や配列及び結合情報、機能及び分類情報などが含まれています。PDBエントリにペプチド様の抗生物質や阻害剤分子が含まれている場合、BIRDを使用して編集を行い、PDBx形式のファイルにはBIRD IDコードを記載します。

BIRDは、wwPDBのFTPサイトで、化学化合物辞書（Chemical Component Dictionary）と同じ階層に配置されます。

BIRDを使用することで、ペプチド様抗生物質や阻害剤分子のデータの一貫性が大幅に改善されることが期待されます。

ノーベル化学賞がGタンパク質共役受容体の研究に贈られました。

2012年のノーベル化学賞は、Gタンパク質共役受容体の研究を行った、ロバート・レフコウィッツ氏とブライアン・コビルカ氏に贈られました。 PDBには多くのGPCRが登録されています。たとえば、コビルカ氏による、２アドレナリン受容体－Gタンパク質複合体の革新的な構造（ 3sn6 ）があります。

ノーベル化学賞と関連する構造についての詳細は、 PDBe や RCSB PDB の記事もご覧ください。 PDBj で解説しているeProtSにも、２アドレナリン受容体（ 2rh1 、 3p0g ）の記事があります。 また、今月の分子（MoMの日本語版）にも アドレナリン受容体 や G蛋白質 の記事があります。

2012年10月13日（土）に行われました wwPDB Outreach講演会の 講演内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。

wwPDB/RDF公開のお知らせ

これまでPDBj のサービスとして提供して来たRDF（Resource Description Framework）形式のデータをwwPDB のサービスとして提供します。これに伴い、RDFデータ内でこれまで pdbj.org ドメインであったURL が rdf.wwpdb.org ドメインに代わります。
例：

• http://pdbj.org/rdf/1GOF → http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF
• http://pdbj.org/chem_comp/ATP → http://rdf.wwpdb.org/cc/ATP

2012年4月30日をもちまして、xPSSSサービスおよびSOAPサービスを終了させていただきました。今後は PDBj Mine および PDBj Mine RESTサービス を利用ください。

2012年4月30日（月・祝）に行われました大阪大学いちょう祭における PDBj のイベント内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。

jVの最新版（jV4.2）がリリースされました。 eF-siteで配布されるPyMOL用ポリゴンファイル（CGOファイル）の読み込み機能が加わり、 コマンド「load polygon_cgo」が追加されました。 詳細は リリースノート をご覧ください。

アーカイブの増加

2012年3月13日付の更新により、80,041件の構造データが公開されています。 2010年12月に公開データ数は70,000件に達した後、2011年には8865件の構造データが登録・編集され、8107件が公開されました。 wwPDBの登録数とダウンロード数の統計は定期的に更新されています。

会議報告

PDB40シンポジウムの報告書が掲載されました。
The Protein Data Bank at 40: Reflecting on the Past to Prepare for the Future Helen M. Berman, Gerard J. Kleywegt, Haruki Nakamura, John L. Markley Structure (2012) 20: 391 - 396

発表内容と会議に関する詳細は、 http://www.wwpdb.org/PDB40.html 、 wwPDBニュース をご覧ください。