jV マニュアル & 使用例

Version 4.5.8, 2021年4月26日

「jV」は、木下賢吾(東北大学大学院情報科学研究科)と中村春木(大阪大学蛋白質研究所)により、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動の一環として、独立行政法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(JST-NBDC)と大阪大学蛋白質研究所の支援を受けて開発されているプログラムです。

英語版オリジナルマニュアルはこちら。 ユーザーガイドはこちら(PDF)。 jVホームページはこちら(英語版日本語版)。

当サイトの内容は、上記リンク先のオリジナルマニュアルやユーザーガイドの内容に、使用実例などを追加してまとめ、翻訳したものです。

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1. はじめに

jVはタンパク質や核酸の分子を立体的に視覚化し対話的に操作することのできる三次元分子閲覧プログラムです。このプログラムの特徴は以下の通りです。

jVはJavaランタイム環境(JRE)上で動作します。 立体画像表示にはJOGL APIを利用しています。 したがって、JREとJOGLが動作する一般的な環境であればjVを利用することができます(Windows 7/8/10、Mac OS X 10.3以降、CentOS、Ubuntuなど)。 なお動作に必要なJREとJOGLのバージョンは以下の通りです。

jV 4.1以降

jV 4.0以前

Windows VistaでJOGLをインストールするのに失敗した場合の回避方法はこちらをご覧下さい。

jVは、プログラム単独で動作させることも、Javaアプレットとしてウェブブラウザ上で利用することもできます。jVをアプレットとして動作させるにはJavaをウェブブラウザ上で動作させるための「Java Plug-in」が必要ですが、FirefoxGoogle Chromeなど主なウェブブラウザはJavaアプレットに対応しなくなりました。jVアプレットについて詳しくはアプレットを使用するにはをご覧下さい。

jV 3.6以降では、アプレットランチャーを併用することにより、JOGLが事前インストールされていない環境からでもjVアプレットが閲覧できるようになりました。また3.8.3以降では、バイナリの配布物にJOGLライブラリを含めるようにし、スタンドアロンで使用する場合でも事前のJOGLインストールは必要なくなりました。

jVはマウスを使って対話的に回転や移動などの操作を行ったり、メニューから表示形式を変更したりすることができます。また、コマンドラインで操作することもできます。コマンドラインを使うとより詳細な操作を行うことができます。画面配置やコマンドの規則はRasMol(ラスモル)に準じています。分子やポリゴンを別々に移動させるには、操作したいものだけを選択します。rotatetranslate のような操作コマンドは選択しているものだけに働きます。また、分子が選択されているかどうかに関係なく、任意の原子を選択することができます。wireframespacefill のような操作コマンドや色操作では、選択している原子だけが対象となります。

変更履歴(リリースノート)

変更、改善の経歴は以下の通りです。


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