jV マニュアル & 使用例

Version 4.5.8, 2021年4月26日

「jV」は、木下賢吾(東北大学大学院情報科学研究科)と中村春木(大阪大学蛋白質研究所)により、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動の一環として、独立行政法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(JST-NBDC)と大阪大学蛋白質研究所の支援を受けて開発されているプログラムです。

英語版オリジナルマニュアルはこちら。 ユーザーガイドはこちら(PDF)。 jVホームページはこちら(英語版日本語版)。

当サイトの内容は、上記リンク先のオリジナルマニュアルやユーザーガイドの内容に、使用実例などを追加してまとめ、翻訳したものです。

1. はじめに トップページに戻る 3. 基本的な使い方

2. インストールと閲覧

2.1. JREのインストール

既にインストールされている場合、このステップは不要です。次のステップに進んで下さい。

JRE(Javaランタイム環境)をインストールするには、 Javaダウンロードページ(日本語、http://www.java.com/ja/download/)または Java SE ダウンロードページ(英語、http://java.sun.com/javase/downloads/)にアクセスし、ページの指示に従ってインストールして下さい。 後者の場合、いくつかの種類が列挙されていますが、JDK(Java開発キット)を選択すればJREも合わせてインストールされます。

JRE6 Update15(1.6.0_15), JRE6 Update16(1.6.0_16) をお使いの場合、以下のエラーが発生しjVの表示ができなくなることがあります。JRE6 Update17(1.6.0_17)以降をお使いください(トラブルシューティング参照)。

    Error:java.io.IOException:Cannot find certificates for JNLPAppletLauncher class
    

jV 4.1以降ではJRE6 (1.6) 以降が、jV 4.0まではJRE 1.4.2以降 が必要です。

Linux環境などではJava環境としてOpenJDKがインストールされている場合がありますが、その場合もSun (Oracle) JREをインストールして下さい。

2.2. JOGLのインストール(現在の最新版では不要)

jV 3.8.3以降のスタンドアロン版を利用する場合は、jV配布物に同梱されるようになったため、別途インストールする必要はありません。また、jV 3.6以降でアプレットランチャーを使ったjVアプレットページを閲覧する場合も、環境に応じたJOGLが自動的にダウンロードされるためインストールの必要はありません。次のステップに進んで下さい。

それ以外を利用する場合は JOGL(Java OpenGL)API(JSR-231)も合わせてインストールする必要があります。各環境ごとのJOGLが下記リンクより取得することができます。

Java Web Start版 jV を利用する場合や、アプレットランチャーを用いた jV アプレットでは JOGL を事前インストールしておく必要はありません(起動時、環境に応じたJOGLが自動的にロードされます)。

2.3. jVのインストールと起動

スタンドアロンのjVアプリケーションには、Java Web Start版とバイナリ版の2種類があります。前者はjVおよびJOGLを起動の都度ダウンロードするもので、使用にはインターネットに接続された環境が必要です。一方後者はjVおよびJOGLを含めてローカルに置いて実行するため、一度ダウンロードすればインターネットに接続されていない環境でもご使用になれます。機能的にはどちらも同じです。

(1) Java Web Start版(必要コンポーネントを自動ダウンロード)

  1. jVホームページ日本語版http://pdbj.org/jv/index_j.html#download)または英語版のダウンロードページhttp://ef-site.hgc.jp/jV/DOWNLOAD.html)にアクセスしてダウンロードします。日本語版の場合、「jnlpファイル [Java Web Start版(推奨)]」(最近のMac OSの場合は「jnlpファイル[最新のJOGL版]」)をクリックします。なおこちらはJRE1.5以前の環境(Mac OS X 10.4などはJRE1.6以降にupgradeできないため必然的にこちらに該当します)では動作しませんので、バイナリ版の方法に従い、jV4.0をダウンロードしてお使い下さい。詳しくはトラブルシューティングをご覧下さい。
    jV ダウンロードページ(Java Web Start)
    英語版では "Java Web Start version for stable version from here. (recommended)" (最近のMac OSの場合は "most recent jogl version" )の here をクリックして下さい。
    jV download page (Java Web Start)
  2. 開くかどうか聞かれたときは、実行するよう指示して下さい(MacOSXの場合「アプリケーションで開く」を選択して「OK」ボタンをクリック、Windowsの場合「開く(O)」ボタンをクリック)。
    ダウンロード確認ダイアログ(Mac OS X 10.6)

    ここで実行せずにファイルを保存しておき、後で再利用することもできますが、起動の都度インターネットに接続された環境が必要です(後述の証明書確認が必要)。

  3. ダウンロードが完了するのを待ちます

    ダウンロード進行状況表示(Mac OS X 10.6)
  4. Java拡張機能の許可を求めるダイアログが数回表示されます。

    Windows 7 の場合

    • PDBj証明書(Windows 7)
    • →「許可」をクリック

    Mac OS X 10.6 の場合

    • PDBj証明書(Mac OS X 10.6)
    • →「許可」をクリック
    • Sun証明書(Mac OS X 10.6)
    • →「続ける」をクリック
    • Sun証明書(Mac OS X 10.6)
    • →「1回だけ実行」をクリック(「インストール」でも可、これだと今後同じ確認は求められない)

    Mac OS X 10.4 の場合

    • PDBj証明書(Mac OS X 10.4)
    • →「信頼」をクリック
    • Sun証明書(Mac OS X 10.4)
    • →「信頼」をクリック
  5. これでjVが起動します。
    jV起動画面(MacOSX)

Java Web Start版の起動がうまくいかない時は、トラブルシューティングを参照して下さい。

(2) バイナリ版(全てダウンロード・インストールしてから起動)

バイナリ版はJava実行ファイル(JARファイル)を実行してjVを起動するものです。 利用するには事前にJOGLをインストールしておく必要がありますが、インターネットに接続された環境でなくても起動できます。

  1. jVホームページhttp://www.pdbj.org/jv/index_j.html#download_envstandalone)にアクセスし、「バイナリファイル」をクリックします。
    jVダウンロード画面(日本語、バイナリ版)
    英語版のダウンロードページhttp://ef-site.hgc.jp/jV/DOWNLOAD.html)の、JARファイルダウンロードリンク
    jVダウンロード画面(英語、バイナリ版)
    またはjV wikiページhttp://ef-site.hgc.jp/wiki/jV/index.php)の「Download」にある「binary」
    jVダウンロード画面(英語、バイナリ版)
    からもダウンロードページに進むことができます。
  2. 使用許諾契約への合意を求められます。内容を確認の上、(1)合意(Accept)をクリックし、(2)「Next」ボタンをクリックして次に進んで下さい。
    jVダウンロード使用許諾契約
  3. 「zip」リンクまたは「tar.gz」リンクをクリックしてファイルをダウンロードします。Windowsの場合はzipの方が扱いやすいかもしれません。
    jVバイナリダウンロードページ
  4. ダウンロードしたファイルを解凍します。
  5. 解凍してできたディレクトリには、JOGLをロードしてからjVを起動するスクリプトがOSごとに用意されています。各OSごとの起動スクリプトを以下に示します。
    • Windows → startup_windows.bat
    • Mac OS X → startup_macosx.command
    • Linux → startup_linux.sh
    なお、これらファイルのアクセス権設定が実行可能になっていない時は、実行権限を付加して下さい。

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