PDBjViewer (jV)

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概要

PDBjViewer (略してjV) は、蛋白質や核酸等の生体高分子を表示する3次元ビューアのプログラムです。このプログラムの特徴は以下の通りです:

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操作法・マニュアル

分子の移動や回転といった基本的な操作はマウスで行うことができます。操作方法は下表の通りです。

動作マウス操作
Windows, LinuxMac OS X
X軸(左右方向軸)回転
Y軸(上下方向軸)回転
左ドラッグ ドラッグ
Z軸(奥行き方向軸)回転 Shift + 右ドラッグ(左右方向) Shift + Command + ドラッグ(左右方向)
X軸(左右)方向に移動
Y軸(上下)方向に移動
右ドラッグ Command + ドラッグ
Z軸(奥行き)方向に移動(拡大縮小) Shift + 左ドラッグ Shift + ドラッグ

表示方法や配色の変更、保存操作などはメニュー操作により行うことができます。スタンドアロン(JARバイナリ)版の場合はアプリケーションのメニューを利用します。Windows版はアプリケーションウインドウの上部にあります。Mac版は画面の上部にあります。 アプレット版の場合には、画面の構造表示エリア上でマウスを右クリック(Macの場合はCommand + クリック)すると現れるポップアップメニューを利用します。

jVスタンドアロン版のメニュー(Windows) jVスタンドアロン版のメニュー(Mac) アプレット版のポップアップメニュー表示方法
スタンドアロン版(Windows) スタンドアロン版(Mac) アプレット版

基本的なメニュー操作は以下の通りです。詳細はメニュー操作を参照下さい。

操作内容 メニュー操作
静止画像の保存 [File]-[Save]-[PNG/JPEG]
表示方法の変更 [File]-[Display]-[Wireframe/Backbone/Sticks/Spacefill/Ball&Stick/Ribbons/Cartoon]
配色の変更 [File]-[Colors]-[Monochrome/CPK/Shapely/Group/Chain/Temperature/Structure/Charge/Amino]

分子の一部だけを表示したり、一部だけを異なる表示にしたりするなどより複雑な操作を行うにはコマンドをご利用下さい。

詳しくは次項に記載するマニュアル類をご覧下さい。

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マニュアル


表示例

空間充填表現 挿絵(太いリボン)表現 分子表面表示 電子密度表示
空間充填表現 挿絵(太いリボン)表現 分子表面表示 電子密度表示

jVを利用したシステム

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ダウンロード・インストール

動作環境(単独アプリケーションとしてjVを利用)

jVを単独アプリケーションとして利用する場合Webブラウザ上でjVを利用する場合の要件を満たした上で、下記いずれかのプログラムをダウンロードして下さい。

Java Web Start版は起動の度に、インターネットに接続されている環境が必要ですが、updateは必要なく常にその時点で最新のものが読み込まれて起動します。バイナリファイル(jar版)は最初に全てをダウンロードするため、インターネット接続がなくても起動することができます。但し、updateは自動的には行われないため、新バージョンと置き換えるには、自身で再度ダウンロードする必要があります。

現在最新バージョンは 4.5.1 です。

またご自身でjVを改造したい方はソースファイルをダウンロードして下さい。

動作環境(Webブラウザ上でjVを利用)

Web ブラウザ上でjVを利用するには、あらかじめ Java Runtime Environment (JRE) をインストールしておく必要があります(jV バージョン3.6からは、JOGL のインストールは必要なくなりました)。

JRE(必須)
jV 4.1からはバージョン1.6以降(jV 4.0まではバージョン1.4.2以降)のJREをあらかじめインストールしておく必要がありますが、多くのシステムでは既にインストールされています。もしインストールされていない場合は,Java のホームページからダウンロードし、インストールしてください。
JRE6 Update15(1.6.0_15)JRE6 Update16(1.6.0_16) をお使いの場合、以下のエラーが発生しjVの表示ができなくなることがありますので、JRE6 Update17(1.6.0_17)以降をお使いください。
	  Error:java.io.IOException:Cannot find certificates for JNLPAppletLauncher class
	
JOGL (jV3.5までは必須)
バージョンJSR-231 1.0.0.ご利用の環境に合わせて,以下のリンク先からダウンロード・インストールしてください.jV 3.6以降では配布物に同梱されるようになり別途インストールする必要はなくなりました。またアプレットの場合もアプレットランチャーを使えば環境に応じたJOGLが自動ダウンロードされるため、JOGLをあらかじめインストール必要はありません。

アプレット設定のための資料

アプレット設定について、詳しくはアプレットを使用するには - jV 利用マニュアル(日本語)をご覧下さい。

トラブルシューティング

インストール、閲覧などでトラブルが発生した際は、jV wiki - Trouble Shooting(英語)または jV 利用マニュアル - トラブルシューティング(日本語)をご覧下さい。

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謝辞

「jV」プログラムは、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動の一つとして、JST-NBDC大阪大学蛋白質研究所の支援を受けて、木下賢吾東北大学大学院情報科学研究科教授)と中村春木大阪大学蛋白質研究所教授)によって開発されたものです。

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