jV 分子ビューア

PDBjViewer (jV)


概要

PDBjViewer (略してjV) は、蛋白質や核酸等の生体高分子を表示する3次元ビューアのプログラムです。このプログラムの特徴は以下の通りです:

操作法・マニュアル

分子の移動や回転といった基本的な操作はマウスで行うことができます。操作方法は下表の通りです。

動作マウス操作
Windows, LinuxMac OS X
X軸(左右方向軸)回転
Y軸(上下方向軸)回転
左ドラッグ ドラッグ
Z軸(奥行き方向軸)回転 Shift + 右ドラッグ(左右方向) Shift + Command + ドラッグ(左右方向)
X軸(左右)方向に移動
Y軸(上下)方向に移動
右ドラッグ Command + ドラッグ
Z軸(奥行き)方向に移動(拡大縮小) Shift + 左ドラッグ Shift + ドラッグ

表示方法や配色の変更、保存などはアプリケーションの上部にあるメニューの操作して行うことができます。

jVのメニュー(Windows) jVのメニュー(Mac)
Windows版のjVウインドウ Mac版のjVウインドウ

基本的なメニュー操作は以下の通りです。詳細はメニュー操作を参照ください。

操作内容 メニュー操作
静止画像の保存 [File]-[Save]-[PNG/JPEG]
表示方法の変更 [File]-[Display]-[Wireframe/Backbone/Sticks/Spacefill/Ball&Stick/Ribbons/Cartoon]
配色の変更 [File]-[Colors]-[Monochrome/CPK/Shapely/Group/Chain/Temperature/Structure/Charge/Amino]

分子の一部だけを表示したり、一部だけを異なる表示にしたりするなどより複雑な操作を行うにはコマンドをご利用ください。

詳しくは次項に示すマニュアル類をご覧ください。


マニュアル


表示例

空間充填表現 挿絵(太いリボン)表現 分子表面表示 電子密度表示
空間充填表現 挿絵(太いリボン)表現 分子表面表示 電子密度表示

ダウンロード・インストール

動作環境

jVを動作させるにはあらかじめ Java Runtime Environment (JRE) をインストールしておく必要があります。Java のウェブサイトからダウンロードし、インストールしておいてください。

現在最新バージョンは 4.5.10 です。

またご自身でjVを改造したい方はソースファイルをダウンロードしてください。

トラブルシューティング

インストール、表示などでトラブルが発生したときは、jV wiki - Trouble Shooting(英語)または jV 利用マニュアル - トラブルシューティング(日本語)をご覧ください。


謝辞

「jV」プログラムは、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動の一つとして、JST-NBDC大阪大学蛋白質研究所の支援を受けて、木下賢吾東北大学大学院情報科学研究科教授)と中村春木(大阪大学蛋白質研究所名誉教授)によって開発されたものです。


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