jV マニュアル & 使用例

Version 4.5.3, 2017年2月6日

「jV」は、木下賢吾(東北大学大学院情報科学研究科)と中村春木(大阪大学蛋白質研究所)により、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動の一環として、独立行政法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(JST-NBDC)と大阪大学蛋白質研究所の支援を受けて開発されているプログラムです。

英語版オリジナルマニュアルはこちら。 ユーザーガイドはこちら(PDF)。 jVホームページはこちら(英語版日本語版)。

当サイトの内容は、上記リンク先のオリジナルマニュアルやユーザーガイドの内容に、使用実例などを追加してまとめ、翻訳したものです。

14. 事例集 トップページに戻る

15. トラブルシューティング

英語版ページ(jV wiki)もご参照下さい。

15.1. アップレット証明書エラー

JRE6 Update15(1.6.0_15), JRE6 Update16(1.6.0_16) をお使いの場合、以下のエラーが発生しjVの表示ができなくなることがあります。JRE6 Update17(1.6.0_17)以降をお使いください。

    Error:java.io.IOException:Cannot find certificates for JNLPAppletLauncher class
    

15.2. JOGLライブラリの干渉

JOGLライブラリが見つからないことが原因で、Java Web Start版jVの起動や、jVアプレットの参照に失敗している場合、以下の手順を試してみて下さい。

15.2.1. キャッシュファイルを消去する

JRE6 Update15(1.6.0_15) または JRE6 Update16(1.6.0_16) の環境において、サーバに置かれたJOGLファイルの方が新しい場合、以前にキャッシュされたJOGLファイルが問題を引き起こします。 その場合は、以下の手順によりキャッシュファイルを消去して下さい。なお、可能であれば JRE6 Update17(1.6.0_17)以降のバージョンにupdateを行うことをお勧めします。

1. [Java Preferences]を開く
[Java Preferences]アイコンをダブルクリックして[Java Preferences]ウインドウを開きます。[Java Preferences]は以下の場所にあります。
Mac OS X バージョン 場所
10.4 [Applications](アプリケーション)-[Utilities](ユーティリティ)-[Java]-[J2SE 5.0]
10.5(Java for Mac OS X 10.5 Update 4 インストール前) [Applications](アプリケーション)-[Utilities](ユーティリティ)-[Java]
10.5(Java for Mac OS X 10.5 Update 4 以降インストール後) [Applications](アプリケーション)-[Utilities](ユーティリティ)
10.6 [Applications](アプリケーション)-[Utilities](ユーティリティ)
表示される [Java Preferences] の内容は Mac OS X 10.4 と 10.5 以降で異なります。10.4 では最初に表示される[General](基本)タブを、10.5以降では[Network](ネットワーク)タブを選択します。
Mac OS X 10.4 Mac OS X 10.5以降
Mac OS X 10.4 の Java Preferences ウインドウ Mac OS X 10.5, 10.6 の Java Preferences ウインドウ

Mac OS X 10.5, 10.6 の Java Preferences ウインドウ Network タブ
Windows XPの場合は以下の場所にあります。
  1. [コントロールパネル] の [Java] をダブルクリック→[Java コントロールパネル]が開く
    Windows XPのコントロールパネル
  2. [基本] タブをクリック(恐らく最初に表示されるタブが[基本])
    Windows XPのJavaコントロールパネル
  3. [設定(S)..]ボタンをクリック→[一時ファイルの設定]が開く
  4. [ファイルの削除(D)..]ボタンをクリック→[一時ファイルの削除]が開く
    Windows XPの一時ファイルの設定
2. 「Delete Files...」(ファイルの削除...)ボタンをクリック
削除項目の詳細を確認する「Delete Temporary Files」(一時ファイルの削除)ウインドウが表示されます。
Windows XPの一時ファイルの削除
3. 「OK」(了解)ボタンをクリック
全てのチェック項目がONになった既定状態のまま「OK」(了解)ボタンをクリックします。
4. [Restore Defaults] ボタンをクリック
上記の操作に加え、Javaの設定をデフォルトに戻す操作も必要となる場合があります。この操作によりJavaの設定がデフォルトに戻ります(下図は Mac OS X 10.6 の場合)。
Java Preferences の Restore Defaultsボタン

15.2.2. ローカル環境のJOGLをアンインストールする

ローカルに異なるバージョンのJOGLライブラリがインストールされているとJava Web Startテクノロジーにおいて干渉が発生し問題が生じます。このような場合はローカルにインストールされたJOGLファイルを消去して下さい。JOGLファイルの場所はOSによって異なります。

Mac OS X の場合
[Macintosh HD]-[Library]-[Java]-[Extensions]フォルダを開き、下記のファイルがあればそれらを削除して下さい。この操作には管理者権限が必要です。
  • jogl.jar
  • gluegen-rt.jar
  • libjogl.jnilib
  • libjogl_awt.jnilib
  • libjogl_cg.jnilib
  • libgluegen-rt.jnilib

各ファイルの削除だけでは解消しない場合、Extensionsディレクトリごと削除することも試してみて下さい。

Windows の場合
JREがインストールされているフォルダ(通常は C:¥Program Files¥Java¥jre6)配下に以下のファイルがあれば削除して下さい。
  • ¥lib¥ext¥jogl.jar
  • ¥lib¥ext¥gluegen-rt.jar
  • ¥bin¥jogl.dll
  • ¥bin¥jogl_cg.dll
  • ¥bin¥jogl_awt.dll
  • ¥bin¥gluegen-rt.dll
Linux の場合
JREがインストールされているフォルダ(通常は /usr/java/jdk1.6.0_17/jre)配下に以下のファイルがあれば削除して下さい。<arch> はプロセッサのアーキテクチャを示す文字(例:i386)です。
  • /lib/ext/jogl.jar
  • /lib/ext/gluegen-rt.jar
  • /lib/<arch>/libjogl.so
  • /lib/<arch>/libjogl_cg.so
  • /lib/<arch>/libjogl_awt.so
  • /lib/<arch>/libjogl_drihack.so
  • /lib/<arch>/libgluegen-rt.so

15.3. Internet ExplorerによるjVアプレットの閲覧

jVアプレットを含むウェブページをInternet Explorerで閲覧する際、元々インストールされていたJOGLライブラリの動作において問題が発生することがあります(特にWindows Vistaで)。その場合はウェブブラウザにFirefoxをお使い下さい。

15.4. クラスが見つからない(次世代Java Plug-inとアプレットランチャーに関する問題)

次世代Java Plug-inが利用できるJRE6 Update21(1.6.0_21)以降の環境でjVアプレットとアプレットランチャーを使ったページを閲覧する際、そのページのhtmlコードが旧Java Plug-in用のコードで記述されていた場合、下記のエラーが発生することがあります。

Error: Class not found: org.pdbj.viewer.gui.ViewerApplet
  

この問題を回避するには以下の方法があります。

旧/次世代Java Plug-in用アプレットランチャーの動作
OS ブラウザ JREのバージョン
JRE6 Update20以前 JRE6 Update21以降
次世代 次世代
Windows Internet Explorer ×
Firefox 3.6以降 × ×
Mac OS X Safari ×
Firefox 3.6以降 ×
Linux Firefox 3.6以降 × ×
  • ○:正常に動作する
  • △:次世代Javaプラグインを無効にすれば正常に動作する
  • ×:正常に動作しない
  • −:Mac OS X用のJRE6 Update21はまだ存在しない

15.5. [Mac]Firefox/Safari/Google Chromeでアプレットが表示されない

以下の環境において、jVアプレットが表示されません。ご不便をおかけし恐縮ですが、ブラウザをダウングレードしていただくか、あるいは下記以外の環境(OperaCaminoシイラなど他のブラウザ)で閲覧頂きますようお願いします。

OS
Mac OS X 10.5 update 4 以降
ブラウザ
下記いずれか。
  • Firefox 6.0以降
  • Safari 5.1以降
  • Google Chrome
原因
Java Plug-inタイプの選択 Java Preferencesで旧Java Plug-in/新Java Plug-inのどちらを使うかの設定が行えますが(「自分のプロセス内」だと新、「ブラウザプロセス内」だと旧)、Safari 5.1、Firefox 6.0.1、Google Chrome ではこの設定に関係なく、常に新Java Plug-inが使われます。ところが、Macの新Java Plug-inではJOGLやJava3D のような技術がサポートされていないため1、jVアプレットが表示できなくなっています。
  1. Java for Mac OS X 10.6 Update 2 and 10.5 Update 7 Release Notes: New and Noteworthy

15.6. [Mac]アプレットが表示されない

以下のJava for Mac OS X Updateを適用した環境(JRE6 Update29 (1.6.0_29))では、あらゆるブラウザでjVアプレットが表示できなくなります。

OS
  • Java for Mac OS X 10.7 Update 1
  • Java for Mac OS X 10.6 Update 6
ブラウザ
依存性なし(全てのブラウザ)。
jVバージョン
4.0以前
原因
当Updateの適用により、次世代Java Plug-inしか使えなくなります(Java Preferences で、旧Java Plug-in と 次世代Java Plug-in のどちらを使うか設定する項目がなくなっています)。ところが、Mac用次世代Java Plug-inはJOGL未対応でしたので、jVアプレットを表示できなくなっていました。
備考
  • jV 4.1にてMac用次世代Java Plug-inに対応する新JOGLが使えるようになり、上記問題が発生するMac環境でもjVアプレットが表示できるようになりました。但し、コマンドエリアが表示できない制約があります。
  • jV 4.1が動作するにはJRE6 (1.6)以降の環境が必要となったため、Java 1.5以前で動作しているMac OS X 10.4などではjV 4.1をお使いいただけません。Java 1.5以前の環境では、jV 4.0+旧Java Plug-in型のhtmlコードで記述したappletをお使い下さい。
  1. Java for Mac OS X 10.7 Update 1 and 10.6 Update 6 Release Notes: Known and Resolved Issues

15.7. [Mac OS 10.7以降]Java 1.6.0_37以降にUpdateするとappletが正常表示されなくなる

Mac OS 10.7以降でApple UpdateによりJavaを1.6.0_37にUpdateすると、以下の処理が行われます[1]

  1. Apple社から提供されているJava Plug-inが全てのウェブブラウザから削除される。
  2. [Java Preferences]アプリケーションが削除される。

これ以降はApple社よりJava Updateが提供されなくなったため、Java updateは自身でダウンロード・インストールする必要があります。但し、一般的なJava環境であるJRE(Java Runtime Environment)をJavaダウンロードページからダウンロードしてインストールしても、報告されるJavaバージョン(コマンド「java -version」の実行結果)は更新されないので、Java開発環境も含むJDK(Java Development Kit)をJava SE Downloadsページからダウンロード・インストールして、更にjnlp起動に関わるコマンドjavawsのシンボリックリンク元を修正して下さい[2]。以下に手順を示します。

1. JDKをダウンロードしてインストール(JREではうまくupdateされない)
Java SE DownloadsページからJDKの最新バージョンをダウンロードし、ドライブイメージをマウントする。マウントすると表示されるインストーラアイコンをダブルクリックしてインストールを行う。
2. シンボリックリンクの張り直し
mac:~ user$ which javaws
/usr/bin/javaws
mac:~ user$ ls -l /usr/bin/javaws
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  76 12  3 14:48 /usr/bin/javaws
   -> /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/Current/Commands/javaws
mac:~ user$ ln -sf /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Commands/javaws /usr/bin/javaws
mac:~ user$ ls -l /usr/bin/javaws
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  59 12  4 10:19 /usr/bin/javaws
   -> /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Commands/javaws

これにより、JREがないのでインストールが必要であることを示すダイアログは出なくなり、コンテンツのloadは行われるようになりますが、アクセス許可ダイアログの「許可」ボタンがグレーアウトしてクリックできず、結局まだJavaアプリケーションは起動できない状態は解消せず。

  1. About Java for OS X 2012-006
  2. osx - Java Web Start in 10.8.2 with native (Apple) Java 1.6 can't find JRE - Stack Overflow

15.8. [Mac OS 10.7以降]jVが起動しない

下記のような原因と対策が考えられます。

ローカルにインストールされているJOGLとの衝突
ローカルにインストールされているJOGLとjVに同梱されているJOGLとの衝突が原因でスタンドアロン版jVが起動しなかったり、jV appletが表示できなかったりする場合があります。15.2.2. ローカル環境のJOGLをアンインストールするを参考にローカル環境にインストールされたJOGLを削除してみて下さい。
jVのjarファイルの絶対パスに空白が含まれている
jVのjarファイルの絶対パスに空白が含まれていると、同梱されている起動スクリプトが正常動作しない場合があります。空白を含まない絶対パスにjVのディレクトリを移動してみて下さい。
JREのインストール
Java Mac OS X 2012-006 update[1]以降を適用すると、Apple社から提供されているJava Plug-inおよびJava Preferencesアプリケーションは削除されます。Javaを使用するには別途Javaをインストールする必要があります。以下にインストール手順を示します(Firefoxの場合)。
1. JavaダウンロードサイトにアクセスしJREをダウンロードする
Javaダウンロードサイトにアクセスし、JREをダウンロードします。
Javaダウンロードサイト
2. JREをインストール
ダウンロードしたJREを開いてインストールします。あらかじめウェブブラウザは終了しておいて下さい。
JREダウンロード
JREダウンロード
JREダウンロード

参考文献・サイト

  1. Java for OS X 2012-006 について

15.9. PDBj表現が使えない

appletでPDBj表現を利用しようとするとエラーが出る場合、PDBMLplusファイルにアクセスできない状況にあることが考えられます。jVは特に指定がなければftp.pdbj.orgからPDBMLplusを取得しようとします。しかし、appletでは異なるドメインに存在するコンテンツを取得するのに制約(クロスドメイン制約)がある場合があり、その時はウェブページと同一ドメインにPDBMLplusファイルを配置して、そちらを参照するよう指定する必要があります。PDBMLplus探索先URLはset pdbml_plusで指定できます。指定方法はset pdbml_plus_urlコマンドのページをご覧下さい。

15.10. [Windows]スタンドアロン版jVが起動しない

Windows環境でjar版jVをダウンロードして利用する場合、展開したディレクトリ直下にある startup_windows.bat または startup_windows_amd64.bat を実行しますが、実行しても一瞬コマンドプロンプトが現れるだけですぐ消えてjVが起動できない場合、以下の設定変更をお試し下さい(以下に記しているのはWindows7の事例です)。当問題は、これらバッチファイル中で使用している環境変数にjava.exeへのパスが含まれず、正常にjarが起動できていないのが原因です。

1. [コントロールパネル]-[システム]を開く
2. 左にある[システムの詳細設定]リンクをクリック
「システムのプロパティ」ウインドウが開く
3. [詳細設定]タブ内の[環境変数(N)]ボタンクリック
4. [システム環境変数]グループ内を以下の通り編集する
(1)PATHにjava.exeのある場所(例:C:¥Program Files (x86)¥java¥jre7¥bin)を追記(既存値の末尾に「;」(セミコロン)とフルパスを追記)、(2)JAVA_HOMEに(1)と同様の値を追記。いずれもキー(PATHやJAVA_HOME)が存在しなければ新規作成を行う。

15.12. 表示部分とは異なる領域が保存される

構造の一部分を表示させ、構造データを保存すると表示部分とは異なる領域が保存されている。これは「表示部分」が保存されるのではなく、「選択領域」が保存される仕様であるため。

【例】
# 1a14の構造を読み込み→load
jV> load ftp 1a14
# H鎖のみを選択→select
jV> select *:H
# 選択を反転(H鎖以外を選択)
jV> select !selected
# 選択部分(H鎖以外)を消す→displayatom
jV> displayatom off
# mmCIF形式で保存→save
jV> save mmcif /Users/jack/1a14h.cif

以上の操作で生成されるmmCIFファイルには、表示されているH鎖の情報ではなく、選択されているH鎖「以外」の情報が含まれる。

15.13. Mac 10.10+Firefoxでマウスドラッグのキー修飾が効かない

環境
Mac 10.10+Firefox 37.0b1〜40.0.3
現象
Shift+ドラッグ(拡大縮小)やCommand+ドラッグ(平行移動)の動作を行ってもキー修飾が無視されてキー修飾のない単独のドラッグ(回転)の動作になる。
対策
2015年8月26日現在、Firefoxの修正待ちです。それまでの間はコマンド操作による対応をお願いします。拡大縮小はzoomコマンドで、平行移動はtranslateコマンドで行うことができます。 あるいはSafari、Operaなど他のブラウザの利用や、スタンドアロン版での利用を検討お願いします。
関連情報

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