jV マニュアル & 使用例

7.1.1. ローカルファイルを開く（[File][Open-Local]）

jVを実行しているシステムからローカルパスで参照できるファイルを読み込みます。 選択できるファイル種は以下の通りです。 各サブサブメニュー項目をクリックすると、ファイルを選択するダイアログ画面が表示されます。

サブメニューラベル	備考
mmCIF	PDBx/mmCIF形式のファイルを読み込みます。書式など詳細はPDBx/mmCIF 辞書関連情報をご覧下さい。
PDBML	PDBML形式のファイルを読み込みます。
PDB	PDB形式のファイルを読み込みます。
Polygon	jV用ポリゴンXMLファイルを読み込みます。書式など詳細はポリゴンファイルについてをご覧下さい。
Polygon CGO	eF-siteサービスで配布しているポリゴンCGO（PyMOL-specific Compiled Graphics Objects）ファイルを読み込みます。
Script	jV用スクリプトファイル（一連の操作をjVのコマンドで記録したテキストファイル）を読み込みます。
Animation	アニメーションファイル（複数のモデルを含むPDB形式のファイル）を読み込みます。

「PDBML」では、PDBML形式（XML形式のPDBデータファイル）のファイルを読み込みます。

`

「PDB」ではPDB形式（固定幅テキスト形式のPDBフォーマット）のファイルを読み込みます。

「Polygon」ではポリゴンデータファイルを読み込みます。

「Script」ではjVの操作群を記録したスクリプトファイルを読み込みます。

「Animation」ではアニメーションファイルを読み込みます。

7.1.2. リモートファイルを開く（Open-Remote）

このメニューでは、インターネット上にあるファイルの読み込みを指示します。 読み込むファイルの種類はローカルファイルの場合と同じです。 Open-Remoteメニューをポイントすると表示されるサブメニューから表示したいファイルの種類を選んでクリックして下さい。 いずれのサブメニューもリモートファイルを選択するダイアログ画面が表示され、そちらでURLを指定します。 なお、PDBやeF-siteからファイルを取得する場合、IDを指定するだけで読み込むことのできる便利なメニュー「PDB ID」「eF-site ID」もあります。

「PDBML」では、URLを指定してリモートサイトにあるPDBMLファイルを開きます。

「Enter URL」の下にある入力欄に読み込みたいファイルのURLを入力します。 「fit to」には数値を指定します。 指定した値に対応したファイルID（読み込まれた順に1から割り振られる連番）が存在した場合、そのファイルに重なる位置に読み込まれます。 指定した値に対応したファイルIDが存在しなかった場合、または値を指定しなかった場合は、表示エリアの中央にファイルが読み込まれます。

読み込む際、パラメータを指定したい場合、「Attach Parameters」のチェックボックスをONにして下さい。 GETパラメータを含むURLを指定する場合、パラメータ部分はこちらで指定して下さい。 「Add」ボタンをクリックすると、ダイアログの中央にある表に新しいパラメータ行が１行追加されます。必要な数だけ追加することができます。 追加したパラメータを個別に消去するには、消去したい行をクリックして選択し、「Remove」ボタンをクリックして下さい。 全てのパラメータを一括消去するには「Clear」ボタンをクリックして下さい。

パラメータの「型（type）」に指定できる値は以下の通りです。

型 （type）	値 （values）	マウス選択 （mouse pick）
text	任意の値	不可
atom ID	原子ID	可
atom	鎖ID、残基ID、原子IDの組み合わせ	可
residue	鎖ID、残基IDの組み合わせ	可
orig_coords	分子ファイルに書かれた原子座標	可
curr_coords	現在表示されている分子の原子座標	可

マウス選択が可となっているtext型以外については、既に表示されているファイルがある場合に立体画像表示エリアをクリックして情報を入力することができます。

「delimiter」には、原子座標のx,y,zの各値を区切るのに使われる記号を指定するのに使う文字列を指定しますが、初期値の「,」（コンマ）がjVでは使用されるため変更する必要はありません。

全ての指定を終えたら「OK」ボタンをクリックして下さい。ダイアログは閉じて、データがダウンロードされ、画像が表示されます。 連続して複数のファイルを読み込みたい場合は「Submit」ボタンを使って下さい。「OK」ボタンと同様にデータがダウンロードされて画像が表示されますが、ダイアログは閉じず続けて次の指定を行うことができます。 ダウンロードを中止する際は、「Cancel」ボタンをクリックして下さい。ダウンロードは行われずダイアログは閉じます。

「save」ボタンをクリックすると、ファイル選択ダイアログが表示されます。ファイル名と保存場所を指定して現在の設定を保存することができます。「load」ボタンをクリックすると、同様にファイル選択ダイアログが表示され、保存した設定を読み込むことができます。保存ファイルは下記のようなXML形式で記述されています。

<?xml version="1.0"?>
 
<remote_file url="http://example.com">
 <params attach="true" coordinates_delimiter=",">
   <param name="param1" value="value1" type="text"/>
 </params>
</remote_file>
	

「PDB」「Polygon」「Script」「Animation」の場合も「PDBML」と同様です。

「PDB ID」では、次のようなダイアログが表示されます。

「Enter PDB ID」欄に情報を表示したい分子のPDB IDを入力して「OK」ボタンをクリックします。 この方法では、ダウンロードサイトを指定する必要はありません。 load ftp [PDB ID] コマンド、[File][Open-Remote][PDB]でURLを指定して開くのと結果は同じです。

「eF-site ID」では、次のようなダイアログが表示されます。

「PDB ID」の場合と同様にして、「Enter eF-site ID」欄に情報を表示したい分子のeF-site IDを入力して「OK」ボタンをクリックします。 この方法では、ダウンロードサイトを指定する必要はありません。 [File][Open-Remote][Polygon]でURLを指定して開くのと結果は同じです。

7.1.3. 情報（Information）

show information コマンドで表示されるのと同じ内容がダイアログで表示されます。また合わせてjVのバージョンも表示されます。

7.1.4. 閉じる（Close）

zapコマンドと同じ動作をします。 closeメニューをポイントすると、開かれているファイルのリストがサブメニューに表示されます。 閉じたいファイルをクリックすれば、そのファイルのみが閉じられます。 zapコマンドを、ファイルIDを指定して実行するのと同じです。 例えば、１番目のサブメニューをクリックするのと、引数をつけてzap 1を実行するのは同じです。 サブメニューの一番下に表示される「All」をクリックすると開かれている全てのファイルが閉じられます。引数を指定せずzapコマンドを実行するのと同じです。 なおこの「All」サブメニューは２つ以上のファイルを開いている時にしか表示されません。

7.1.5. 保存（Save）

「PDB」ではPDB format形式で、原子位置情報などを抽出したものがテキスト形式で保存されます。具体的に抽出される項目名は、HEADER, COMPND, EXPDTA, MODEL, ATOM, TER, HETATM, ENDMDL, ENDのようです。このメニューはスタンドアロン版のみ利用できます。

「Script」ではファイルの読み込み、分子の移動、表示方法の変更など一連の操作過程を記録した情報がスクリプトファイルとして保存されます。このメニューはスタンドアロン版のみ利用できます。

「PNG」「JPEG」ではメイン画面に表示されている内容を画像ファイルとして保存します。このメニューはスタンドアロン版およびアプレット版どちらでも利用できます（アプレット版はjV 3.8より対応）。

7.1.6. 終了（Exit）

jVを終了します。exit コマンドを実行するのと同じです。