登録者は、新たに開発されたDeposition APIと OneDep Library を組み合わせることで、 構造解析ソフトウェアパッケージ内からwwPDB OneDepシステムへ構造を直接登録できるようになりました。 この新機能は、RCSB PDB、PDBe、EMDB、およびPhenix、CCP4、CCP-EM、Global Phasingの各ソフトウェアスイートの 開発者が参加する、wwPDB共同プロジェクトの最初のマイルストーンとなるものです。 この機能は、ユーザーが構造解析ソフトウェアの環境を離れることなく登録を開始できるようにすることで、 登録ワークフローの効率化を目指しています。 現在、この機能はPhenixおよびCCP-EM Doppioで利用可能であり、CCP4およびGlobal Phasingの ソフトウェアパッケージについても近日中に対応する予定です。 これらのツールを使用した直接登録の方法については、ドキュメントが公開されています。

この共同プロジェクトのより広い目的は、登録プロセスを簡素化・自動化するとともに、データの品質と一貫性を向上させる、 相互運用可能な包括的なツール群を開発することです。 プロジェクトの次の段階では、構造解析ソフトウェアパッケージから、登録に必要な情報を補完するための追加メタデータ、 具体的には高分子および低分子に関するアノテーションなどを提供できるようにすることに重点が置かれます。 この技術革新により、各ソフトウェアスイートは、登録要件を完全に満たし、豊富なメタデータを含むmmCIFファイルを生成し、 それをOneDepへ直接登録して処理できるようになります。 これにより、X線結晶構造解析および3DEMにおける原子座標モデルならびにそれらの基礎となる実験データ・メタデータについて、 OneDepのユーザーインターフェースから手作業でデータを入力する作業を大幅に削減できます。

さらに長期的には、これらの機能によって、構造生物学研究の過程で生成された複数の関連する構造を、 構造固有およびプロジェクト固有の情報を付加した形で、直接登録できるようになることが期待されています。 この統合されたワークフローによって、作業効率の向上、登録に要する時間の短縮、 そして登録者にとってよりシームレスな登録体験が実現されることも期待されています。

登録者の皆様には、ぜひ新しい直接登録機能をお試しいただき、 deposit-help@mail.wwpdb.org または各構造解析ソフトウェアパッケージの担当サポート窓口まで、フィードバックをお寄せいただくようお願いいたします。 フィードバックによって、今後の機能改善の方向性を決定したり、これらツールが構造生物学コミュニティの 変化するニーズに確実に応えられるようにする助けになります。

[ wwPDB News ]

多くの構造生物学研究者は、変異体、リガンド結合型、再精密化モデル、あるいは同一プロジェクトに由来する追加の電子顕微鏡（EM）マップなど、関連する複数の構造データを登録します。 そのたびに著者情報、文献情報、研究費情報、高分子情報、実験情報を入力し直す作業は、手間がかかるうえ、入力ミスの原因にもなります。

wwPDB OneDep登録システムでは、以前からファイルアップロードページに 「過去のwwPDB登録に基づく（Based on a previous wwPDB deposition）」という機能が用意されていました。 この機能は大幅に刷新され、X線結晶構造解析、NMR、電子顕微鏡（EM）の登録において、メタデータの再利用をより迅速かつ柔軟で、 信頼性の高いものに改善しました。

この機能を利用するには、登録者は以前の登録ID（およびそのパスワード、またはORCID認証）を提供し、 コピーするメタデータのカテゴリを選択したうえで、新しいデータファイルを通常どおりアップロードします。 選択したmmCIFメタデータは、新しい登録エントリーに注釈作業前の段階で統合されます。 その後、アップロード概要（Summary）ページには、取り込まれた項目、スキップされた項目、および取り込みが制限された項目が表示されます。 なお、元となる登録データは、現在の登録と同じwwPDBサイトで登録されたものである必要があります。

主な改善点

• ORCID検索：認証済みユーザーは自身の過去の登録を検索できるため、パスワードを再入力する必要がありません。
• 再アップロード対応：再アップロード時にも本機能を利用できます。
• 選択的なインポート：登録者は、著者情報、文献情報、研究費情報、キーワード、高分子情報（新たに追加）、 および実験手法固有の情報など、必要なカテゴリのみを選択してコピーできます。
• 高分子情報の整合性チェック：ポリマー鎖が両構造間で対応している場合に限り、エンティティのメタデータがコピーされます。
• 実験手法に応じた保護機能：X線、NMR、EMに関するオプションは、元の登録と新しい登録が同じ実験手法に対応している場合のみ表示されます。 EMの実験情報については、再構成サブメソッドも一致している必要があります。
• 信頼できるmmCIFデータソース：メタデータは、関連する登録エントリーの注釈済みmmCIFレコードからコピーされます。

この機能は、 deposit-pdbj.wwpdb.org のファイルアップロード(File upload)ページから利用できます。

詳しい利用方法については、wwPDB deposition FAQ および wwPDB tutorial をご覧ください。

過去の登録に基づくパイプライン

[ wwPDB News ]

2027年7月21日開始

• PDB ベータアーカイブ が、現在の PDBメインアーカイブ に置き換わります。 現在の ベータアーカイブ のURLは、新しいメインアーカイブを指すようになります (詳細）
• これまで4文字のPDB IDが付与されているPDBエントリー（IHM構造を含む）は、このアーカイブでは、 4文字IDの先頭に 「pdb_0000」 を付けた拡張PDB IDでアクセスします。 （例：1ABC → pdb_00001abc）
• OneDep は今後、12文字のPDB ID（pdb_ に続いて8文字の英数字。例：pdb_1000axyz）のみを発行します。
  - この時点以降、新しい4文字のPDB IDは発行されません。
  - 12文字IDのみを持つエントリーでは、新しいDOI（デジタルオブジェクト識別子）の形式が採用されます
  - 2027年7月20日以降に登録されたデータは、PDBx/mmCIF および PDBML 形式のみで公開されます。
  - これらのエントリーについては、従来のPDB形式ファイルは生成されません。

PDB ベータアーカイブ は、将来的な拡張性とスケーラビリティを考慮して設計されています。 このアーカイブ内のすべてのファイルは、拡張PDB IDを基準として再編成されており、 ファイル名やディレクトリ構成もそれに合わせて変更されています。

ソフトウェア開発者や学術誌の編集者を含むすべてのPDB利用者は、この新しいアーカイブのディレクトリ構成、PDBx/mmCIF形式、 および拡張PDB IDへ移行する必要があります。 今すぐ、拡張PDB IDおよびPDBx/mmCIF形式のデータファイルの利用を開始してください。

詳細については、info@wwpdb.org までお問い合わせください。

移行に関する資料

• PDB ID拡張に関するFAQ
• PDB ベータアーカイブ概要: ベータアーカイブへのアクセス方法、各種スクリプト、ショートリンクURL、その他の関連資料を含む
• PDBx/mmCIF対応ソフトウェア
• PDBx/mmCIF形式の概要
• PDBx/mmCIFユーザーガイド
• PDBx/mmCIF辞書（Dictionary）
• PDB形式からPDBx/mmCIF形式への対応表s
• オンラインPDBx/mmCIFエディタ

[ wwPDB News ]

近年、3Dマイクロ結晶電子回折（3D ED/MicroED）技術の進歩に伴い、Protein Data Bank（PDB）に登録される 電子線結晶構造解析の件数が増加しており、今後も急速な増加が見込まれています。 このような状況を受け、この技術を適切にサポートするため、PDBのデータ登録およびデータ表現を改善する必要性が、強く求められるようになりました。

2023年以降、wwPDBは3D ED/MicroED分野の専門家およびmmCIF 専門部会と協力し、 PDBx/mmCIF辞書の拡張として新しい データモデルの開発を進めてきました。 コミュニティからの提言に基づき、3D ED/MicroED構造のメタデータは、現在では生体高分子結晶学の枠組みを用いて収集されるようになっています。 また、この技術特有のデータ収集方法やデータ処理手法に関する追加メタデータも収集されます。

この新しい3D ED/MicroEDデータモデルは、wwPDBのOneDep登録システムに組み込まれ、 マイクロ結晶の調製方法、連続回転法によるデータ収集、制御された電子線照射量を含む より充実したメタデータを収集できるようになりました。 また、構造登録時には、これまで提出可能であった導出マップファイルではなく、構造因子の提出が必須となりました。 提出された構造因子は、対応する検証レポートの作成に利用されます。

さらに、PDBx/mmCIFの シリアル結晶構造解析（Serial Crystallography）拡張により、SerialEDのメタデータ収集にも対応しました。

今後、PDBに登録済みの既存の電子結晶構造エントリーについても、この新しいデータモデルに準拠するよう、順次リメディエーション（データの修正・更新）が実施される予定です。

X線結晶構造解析、3D ED/MicroED、および3DEMによる構造決定手法で収集されるデータの例

[ wwPDB News ]

2026年6月19日（金）第26回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します
Zoomによるオンライン参加（Zoom）も可能です！

学会名

第26回日本蛋白質科学会年会

セミナータイトル

新しいPDB Betaアーカイブと12桁のPDB IDの準備はできていますか？

セミナー概要

PDBの4桁IDは枯渇しつつあるため、ID体系を12桁に拡張します。 wwPDBでは新たなPDBアーカイブ「PDB Beta」の提供を開始し、テストできるようにしています。 この新たなアーカイブのディレクトリ構成は拡張されたIDに基づいており、4文字のPDBIDが枯渇した後はこちらがメインアーカイブとなります。このBetaアーカイブにはすべてのPDBデータが収納されおり、毎週更新されています。 このセミナーではPDBIDや公開アーカイブの構成が現在どうなっていて将来はどうなるのかについて、旧式のPDBフォーマットの廃止に関して解説します。質疑応答の時間も設けています。みなさんのご参加をお待ちしています。

講演要旨をこちらにも掲載しています（英語）。

プログラム・日程表

こちらをご確認ください

開催日時

2026年6月19日(金) 11:00 ～ 11:50（日本時間＝UTC+9）

会場

鳥取市・とりぎん文化会館　D会場（第2会議室）&Zoomオンライン

対面会場定員

100名

参加費

無料（対面参加は別途学会参加費が必要）

参加方法

• 対面参加の場合は直接会場にお越しください。事前に整理券等の配布は行いません。

• オンライン参加の場合は、こちらの申し込みフォームより事前に参加を申し込んでください（2026年6月18日締切）。 申込後、確認メールが届きます。ご確認ください。 オンライン参加するためのアクセス先URLなど詳細は実施1週間ほど前にメールでお送りいたします。

※国内およびアジア地域の研究者の方々にもこの重要な更新情報をお知らせするため、年会組織委員会・事務局のみなさまのご理解を得て、Zoom生配信が可能となりました。

講演言語

英語

講演者・ファシリテーター

• 「Are you ready for the New PDB Beta Archive and Extended PDB IDs?」
  栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所）

質疑回答者

• 宮ノ入 洋平（大阪大学蛋白質研究所、NMR登録）
• Gert-Jan Bekker（大阪大学蛋白質研究所、PDB Data-out全般）
• 横地 政志（大阪大学蛋白質研究所、OneDepシステム全般）
• 丹羽 智美（大阪大学蛋白質研究所、PDB登録全般）

2027年7月21日、wwPDBは拡張された12文字のPDB ID、PDBx/mmCIF形式、 および再編成されたPDBアーカイブへ完全に移行します。 この時点以降、新たな4文字のIDは発行されなくなります。

PDBデジタルオブジェクト識別子（DOI）は、対応するwwPDBのDOIランディングページへのリンクに使用できます。 DOIはデジタルオブジェクトに割り当てられる一意で永続的な英数字の文字列であり、 オンライン上の所在に対する恒久的で信頼性の高いリンクを提供します。DOIは一度割り当てられると変更されません。

2027年7月20日以降のPDBエントリーに対するDOI構文は、拡張されたPDB IDを反映したものになります。

2027年7月20日以降に登録されたPDBエントリーのDOI（12文字のPDB IDのみが付与される）

拡張PDB ID（例：pdb_1000axyz）のみが付与されるPDBエントリーでは、 _database_2.database_codeおよび_database_2.pdbx_database_accessionの両方に同一のPDB IDが格納されます。

これらのエントリーでは、拡張PDB IDに基づいた新しいPDB DOI形式が使用されます（例：10.2210/pdb_1000axyz/pdb）。

接頭語pdb_を含む12文字すべてが含められます。

loop_
_database_2.database_id
_database_2.database_code
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB pdb_1000axyz pdb_1000axyz 10.2210/pdb_1000axyz/pdb

2027年7月21日以前に登録されたPDBエントリーのDOI（4文字および12文字のPDB IDが付与される場合）

PDB DOI、4文字のPDB ID、および拡張12文字のPDB IDは、PDBx/mmCIFモデルファイルのdatabase_2カテゴリに保存されます：

loop_
_database_2.database_id
_database_2.database_code
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB 1ABC pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb

これらのエントリーでは、接頭語pdb付きの従来のPDB DOI形式（例：10.2210/pdb1abc/pdb）は変更されません。

例えば、IDが8y9m（拡張PDB IDがpdb_00008y9m）のPDBエントリーのDOIは https://doi.org/10.2210/pdb8y9m/pdb です。

PDB DOIの引用について

多くの学術誌では、公開論文からPDBデータへリンクするためにPDB DOIが使用されています。

• PDB DOIは、主要な引用文献に関連付けられていないエントリーの引用としても使用されます。
• 4文字のIDが付与されているエントリー（すなわち2027年7月21日以前に登録されたもの）は、4文字ID用のIDおよびDOIの形式 （例：10.2210/pdb1abc/pdb）を用いて引用してください。 これには、接頭語pdb_0000を用いて4文字IDから作成された拡張IDを持つ構造（例：pdb_00002abcに対する「2abc」）も含まれます。
• 12文字のIDのみが付与されているエントリー（すなわち2027年7月20日以降に登録されたもの）は、 新しいIDおよびDOIの形式（例：10.2210/pdb_1000axyz/pdb）を用いて引用してください。

詳細な情報やご質問は、info@wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。

移行に関するリソース

• PDB ID拡張に関するFAQ
• PDBベータアーカイブ概要（スクリプト、短縮URL、その他リソースを含む）
• PDBx/mmCIF形式の理解
• PDBx/mmCIFユーザーガイド
• PDBx/mmCIFディクショナリ
• PDB形式からPDBx/mmCIF形式への対応
• オンラインで利用できるPDBx/mmCIFエディタ
• PDBx/mmCIF関連ソフトウェアリソース

2027年7月20日以降に登録されたPDBエントリーには、拡張PDB IDのみが付与され、新しいDOI構文に従うことになります。

[ wwPDB News ]

RCSB PDB における PDBの Versioned および NextGen アーカイブに対する rsync プロトコルのサポートは、6月22日で終了となります。

PDBj では、引き続きrsyncプロトコルをサポートし、versionedとNextGenアーカイブへのrsyncアクセスは以下の通りです。

• rsync://rsync-versioned.pdbj.org
• rsync://rsync-nextgen.pdbj.org

Versioned および NextGen アーカイブへの HTTPS アクセスは、これまで通り以下でご利用頂けます。

• https://files-versioned.wwpdb.org/ or https://files-versioned.rcsb.org/
• https://files-nextgen.wwpdb.org/ or https://files-nextgen.rcsb.org/

最近公開された Beta アーカイブおよびメインの PDB アーカイブについては、 従来どおり rsync および http プロトコルを 引き続きご利用頂けます。

[ wwPDB News ]

2027年7月21日以降：

• PDBベータアーカイブが現在のPDBメインアーカイブに置き換わります。 現在のベータアーカイブのURLはメインアーカイブを指すようになります。
• 4文字のPDB IDが付与されているPDBエントリー（PDB-IHMに含まれるIHM構造を含む）は、このアーカイブでは拡張PDB IDを用いてアクセス頂けます。 拡張PDB IDは、4文字IDの前に「pdb_0000」を付加した形式です（例：1ABC は pdb_00001abc になります）。
• OneDepはそれ以降、12文字のIDのみを発行します（接頭辞「pdb_」に続く8文字の英数字、例：pdb_1000axyz）。

• 新しい4文字のPDB IDはこの時点以降発行されません。
• 2027年7月21日以降に登録されたデータは、PDBx/mmCIFおよびPDBML形式でのみ公開されます。
• これらのエントリーについては、従来のPDB形式ファイルは生成されません。

PDBベータアーカイブは、拡張性とスケーラビリティを考慮して設計されています。 このアーカイブ内のすべてのファイルは、拡張PDB ID（ファイル名やディレクトリ構造を含む）を用いて再編成されています。

ソフトウェア開発者や学術雑誌編集者を含むすべてのPDBユーザーは、この新しいアーカイブディレクトリ構造、PDBx/mmCIF形式、 および拡張PDB ID形式へ移行する必要があります。早急に拡張IDとPDBx/mmCIFデータファイルの使用を開始してください。

更に詳細な情報やご質問については、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。

移行に関するリソース

• PDB ID拡張に関するFAQ
• PDBベータアーカイブ概要（スクリプト、短縮URL、その他リソースを含む）
• PDBx/mmCIF形式の理解
• PDBx/mmCIFユーザーガイド
• PDBx/mmCIFディクショナリ
• PDB形式からPDBx/mmCIF形式への対応
• オンラインで利用できるPDBx/mmCIFエディタ
• PDBx/mmCIF関連ソフトウェアリソース

PDBベータアーカイブのディレクトリ構造

[ wwPDB News ]

PDBj Newsletter Vol.26を公開しました。

2025年度の活動概要を紹介しています。

詳しくは、英語ニュースをご覧ください。

2028年までに4文字のPDB ID（例：1abc）は完全に割り当て済みとなります。 その後、新規エントリーには拡張PDB IDのみが割り当てられます。

新しい拡張PDB ID形式は12文字となり、 接頭辞pdb_に続いて8文字の英数字が続きます（例：pdb_1000axyz）。 この新しいID形式により、 公開文献中のPDBエントリのテキストマイニング検出が可能となり、改訂データファイルのより有益かつ透明性の高い提供が実現します。 拡張PDB IDをジャーナルに提出する際、および原稿内で拡張PDB IDを引用する際は、接頭辞pdb_を含む全12文字を記載してください。

移行期間中、ユーザが拡張PDB IDおよびPDBx/mmCIFフォーマットを採用できるよう、 PDBベータアーカイブを利用できるようにしました。 このアーカイブ内の全ファイルは、エントリーレベルで拡張PDB ID（ファイル名およびディレクトリを含む）に基づき再編成されており、 PDBバージョン管理アーカイブと同様のデータ構成を反映しています。

特定のエントリに関連する全データファイルは、単一のディレクトリに格納されます。 このディレクトリ名は、PDBコードの末尾から2文字目までの文字列から生成された2文字のハッシュ値に基づいてラベル付けされています。 すなわち、 https://files-beta.wwpdb.org/pub/wwpdb/pdb/data/entries/<2文字ハッシュ>/<拡張pdbアクセションコード>/<エントリーデータファイル名> となります。 2文字のハッシュは、末尾の文字から2番目と3番目の文字に基づいており、 例えば、PDBエントリーpdb_1abc5678は、ディレクトリ/67/の下に配置されます。 これにより、現行のPDBアーカイブとの一貫性が保たれます。現行アーカイブでPDBエントリー1abcは、ディレクトリ/ab/下に配置されています。

ファイル名は標準化されており、拡張子にはファイルタイプが使用されます。
例えば、構造因子ファイルは r116dsf.ent.gz から pdb_0000116d-sf.cif.gz に、 レガシーPDB形式の座標ファイルは pdb318d.ent.gz から pdb_0000318d.pdb.gz にファイル名が変更されます。

4文字のPDB IDがなくなるタイミングで、このPDBベータアーカイブは現行のPDBアーカイブに取って代わります（2027年半ば頃を予定）。 拡張PDB IDのみが発行されたエントリーは、従来のPDBフォーマットと互換性がありません。 wwPDBは、科学雑誌、PDBコミュニティ、およびユーザーに対し、PDBx/mmCIFフォーマットへの移行と新しいPDB IDフォーマットの採用を 可能な限り早期に実施するよう推奨します。

ご質問などはinfo@wwpdb.orgまで英語でおたずねください。

拡張PDB IDをサポートする新しいPDBベータアーカイブがテスト用にご利用頂けます

[ wwPDB News ]

公開されたEMDBエントリーの年別増加率

wwPDBは、1年間で10,000件のEMDBエントリーを公開しました。

3DEMデータの公開ペースは驚異的な速さで継続しており、wwPDBでは初めて、わずか1年間で10,000件のEMDBエントリーが公開されました。 2019年時点では、EMDBの総エントリー数は17年間の成長を経てようやく10,000件に達したばかりでした。 2025年現在、データ公開の現在のペースにより、アーカイブの総エントリー数は50,000件を突破しました。

この急速な成長は、wwPDBが支援に努めるコミュニティの努力の証です。 同時に、生成されるデータがますます増加する中で、効率的なデータ登録・処理・キュレーション・査読、 そして持続可能かつ拡張性のあるアーカイブ手法が求められるという、コミュニティが直面する継続的な課題も浮き彫りにしています。 構造生物学の歴史の一端を担い続けられることを嬉しく思っています。

[ wwPDB News ]

登録は、地理によって自動的にwwPDBの各登録サイトに振り分けられます。

データ処理は、wwPDBパートナーサイト間で以下のように分担しています。

• RCSB PDBは、アメリカ大陸から登録されるPDBとEMDBデータを担当します。
• PDBeとEMDBは、ヨーロッパ（ベラルーシおよびロシア連邦を除く）およびアフリカにおけるPDBとEMDBデータを担当します。
• PDBjは、アジア地域（中国を除く）、ベラルーシ、ロシア連邦、オセアニアからのPDBとEMDBデータを担当します。
• PDBcは、中国からのPDBとEMDBデータを担当します。
• BMRBは、アメリカ大陸、アフリカ、ヨーロッパからのBMRBデータを担当します。
• BMRBjは、アジアからのBMRBデータを担当します。

データ処理サイトの分布地図

[ wwPDB News ]

2026年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/、https://s3.rcsb.org 又はPDBj: https://files.pdbj.org/)のスナップショットを スナップショットサイト https://s3snapshots.rcsb.org/、 snapshots.rcsb.org (rsync -rlpy -a -v --delete snapshots.rcsb.org:: .) 及び ftp://snapshots.pdbj.org に追加しました。 2005年以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。

ディレクトリ 20260101は、 2026年1月1日時点での246,905件の実験的に決定された 座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショットのサイズは、1,583 GBとなっています。

2026年1月1日現在のEMDBアーカイブ (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/) のスナップショットは、 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/20260101/と ftp://snapshots.pdbj.org/20260101/からご利用頂けます。 スナップショットは公開済みエントリー 52,943件を含み、サイズは、28.2 TBとなっています。

[ wwPDB News ]