276件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-05-06付）
276件のPDBエントリーが新たに公開されました。 公開済みのPDBエントリーは、253091件になりました。（2026-05-06付）
その他の更新情報は、PDB / EMDB 最新情報ページをご覧ください。
[wwPDB] 2027年7月21日以降に公開されるエントリーについてPDB DOIの構文が新しくなります
2027年7月21日、wwPDBは拡張された12文字のPDB ID、PDBx/mmCIF形式、 および再編成されたPDBアーカイブへ完全に移行します。 この時点以降、新たな4文字のIDは発行されなくなります。
PDBデジタルオブジェクト識別子（DOI）は、対応するwwPDBのDOIランディングページへのリンクに使用できます。 DOIはデジタルオブジェクトに割り当てられる一意で永続的な英数字の文字列であり、 オンライン上の所在に対する恒久的で信頼性の高いリンクを提供します。DOIは一度割り当てられると変更されません。
2027年7月20日以降のPDBエントリーに対するDOI構文は、拡張されたPDB IDを反映したものになります。
2027年7月20日以降に登録されたPDBエントリーのDOI（12文字のPDB IDのみが付与される）
拡張PDB ID（例：pdb_1000axyz）のみが付与されるPDBエントリーでは、 _database_2.database_codeおよび_database_2.pdbx_database_accessionの両方に同一のPDB IDが格納されます。
これらのエントリーでは、拡張PDB IDに基づいた新しいPDB DOI形式が使用されます（例：10.2210/pdb_1000axyz/pdb）。
接頭語pdb_を含む12文字すべてが含められます。
loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB pdb_1000axyz pdb_1000axyz 10.2210/pdb_1000axyz/pdb
2027年7月21日以前に登録されたPDBエントリーのDOI（4文字および12文字のPDB IDが付与される場合）
PDB DOI、4文字のPDB ID、および拡張12文字のPDB IDは、PDBx/mmCIFモデルファイルのdatabase_2カテゴリに保存されます：
loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1ABC pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb
これらのエントリーでは、接頭語pdb_付きの従来のPDB DOI形式（例：10.2210/pdb1abc/pdb）は変更されません。
例えば、IDが8y9m（拡張PDB IDがpdb_00008y9m）のPDBエントリーのDOIは https://doi.org/10.2210/pdb8y9m/pdb です。
PDB DOIの引用について
多くの学術誌では、公開論文からPDBデータへリンクするためにPDB DOIが使用されています。
- PDB DOIは、主要な引用文献に関連付けられていないエントリーの引用としても使用されます。
- 4文字のIDが付与されているエントリー（すなわち2027年7月21日以前に登録されたもの）は、4文字ID用のIDおよびDOIの形式 （例：10.2210/pdb1abc/pdb）を用いて引用してください。 これには、接頭語pdb_0000を用いて4文字IDから作成された拡張IDを持つ構造（例：pdb_00002abcに対する「2abc」）も含まれます。
- 12文字のIDのみが付与されているエントリー（すなわち2027年7月20日以降に登録されたもの）は、 新しいIDおよびDOIの形式（例：10.2210/pdb_1000axyz/pdb）を用いて引用してください。
詳細な情報やご質問は、info@wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。
移行に関するリソース
- PDB ID拡張に関するFAQ
- PDBベータアーカイブ概要（スクリプト、短縮URL、その他リソースを含む）
- PDBx/mmCIF形式の理解
- PDBx/mmCIFユーザーガイド
- PDBx/mmCIFディクショナリ
- PDB形式からPDBx/mmCIF形式への対応
- オンラインで利用できるPDBx/mmCIFエディタ
- PDBx/mmCIF関連ソフトウェアリソース
2027年7月20日以降に登録されたPDBエントリーには、拡張PDB IDのみが付与され、新しいDOI構文に従うことになります。
[ wwPDB News ]
[wwPDB] 2027年7月21日に、PDBベータアーカイブが現行アーカイブに置き換わります
2027年7月21日以降：
- PDBベータアーカイブが現在のPDBメインアーカイブに置き換わります。 現在のベータアーカイブのURLはメインアーカイブを指すようになります。
- 4文字のPDB IDが付与されているPDBエントリー（PDB-IHMに含まれるIHM構造を含む）は、このアーカイブでは拡張PDB IDを用いてアクセス頂けます。 拡張PDB IDは、4文字IDの前に「pdb_0000」を付加した形式です（例：1ABC は pdb_00001abc になります）。
- OneDepはそれ以降、12文字のIDのみを発行します（接頭辞「pdb_」に続く8文字の英数字、例：pdb_1000axyz）。
- 新しい4文字のPDB IDはこの時点以降発行されません。
- 2027年7月21日以降に登録されたデータは、PDBx/mmCIFおよびPDBML形式でのみ公開されます。
- これらのエントリーについては、従来のPDB形式ファイルは生成されません。
PDBベータアーカイブは、拡張性とスケーラビリティを考慮して設計されています。 このアーカイブ内のすべてのファイルは、拡張PDB ID（ファイル名やディレクトリ構造を含む）を用いて再編成されています。
ソフトウェア開発者や学術雑誌編集者を含むすべてのPDBユーザーは、この新しいアーカイブディレクトリ構造、PDBx/mmCIF形式、 および拡張PDB ID形式へ移行する必要があります。早急に拡張IDとPDBx/mmCIFデータファイルの使用を開始してください。
更に詳細な情報やご質問については、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。
移行に関するリソース
- PDB ID拡張に関するFAQ
- PDBベータアーカイブ概要（スクリプト、短縮URL、その他リソースを含む）
- PDBx/mmCIF形式の理解
- PDBx/mmCIFユーザーガイド
- PDBx/mmCIFディクショナリ
- PDB形式からPDBx/mmCIF形式への対応
- オンラインで利用できるPDBx/mmCIFエディタ
- PDBx/mmCIF関連ソフトウェアリソース
PDBベータアーカイブのディレクトリ構造
[ wwPDB News ]
[wwPDB] PDBとEMDBエントリーの公開済みの検証レポートを更新しました
公開済みのPDBおよびEMDBエントリーに対するすべての検証レポートが更新され、再計算されたパーセンタイル値とともにご利用頂けるようになりました。 さらに、検証レポートには、2025年12月31日時点のPDBアーカイブの状態を反映した新しいパーセンタイル統計、 EDS およびMolProbityの更新、新たな Qスコアのパーセンタイル情報、 ならびにリガンド検証の改良が含まれています。
リガンド検証の改良は、Global Phasing Ltd.からのフィードバックを受けて実施されました。 同社は、wwPDB検証ソフトウェアがMogulを介してCSDに問い合わせた際、アデニンのような一般的な部分構造に対して十分な結果が得られず、 その結果、buster-report様の図において幾何学的品質が不正確に表示される問題を報告しました。 この問題は、wwPDB検証ソフトウェアとMogulとの間の芳香族性の仕様の不一致に起因していることが判明し、現在は修正されています。 さらに、これらの図において非炭素原子を灰色の球で表現する表示が追加されました。
更新された検証レポートは、以下のサイトからご利用頂けます
- https://files.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB)
- https://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/ (RCSB PDB)
- ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/ (PDBe)
- https://files.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ (PDBj)
2026年4月15日時点の旧バージョンのスナップショットは、 RCSB PDB および PDBj にアーカイブされています。
これらの更新されたwwPDB検証レポートは、 検証タスクフォース に所属する専門家によって推奨された、広く受け入れられている基準および評価指標に基づいて構造品質の評価を提供します。
検証レポートは、構造データの検証、登録、およびバイオキュレーションのためのwwPDBポータルであるOneDepを通じて登録者に提供されます。 wwPDBパートナーは、データ登録前の任意の時点でスタンドアロンの検証サーバーおよび ウェブサービスAPIの利用を推奨しています。 登録者は、データ提出プロセスの一環としてレポートを確認し、受諾することが求められます。 検証レポートは、X線、NMR、EMに関する検証タスクフォース（VTF） からの提言や、登録者および利用者からのフィードバックに基づいて、 今後も継続的に改良されていきます。
wwPDBパートナーは、論文投稿および査読プロセスの一環として、ジャーナル編集者および査読者が著者に対して 検証レポートの提出を求めることを強く推奨しています。 これはすでに、Nature、eLife、The Journal of Biological Chemistry、International Union of Crystallography（IUCr）誌、 FEBS誌、Journal of Immunology、Angewandte Chemie International Editionなどで義務付けられています。 レポートには日付が記載され、wwPDBのロゴが表示され、標準化されたwwPDB検証を示します。
詳細な情報および検証レポートのサンプルはこちらをご覧ください。
ご質問、ご意見などは、validation@mail.wwpdb.orgまで英語でお寄せ下さい。
[ wwPDB News ]
PDBj Newsletter Vol.26公開のお知らせ
[wwPDB] PDBエントリーが25万件を達成しました
PDBアーカイブには25万件以上のエントリーが含まれます
今週の更新により、PDBアーカイブのエントリー数は250,441件となりました。
1971年に創設されたこのPDBアーカイブは、 実験で決定したタンパク質や核酸の膨大な構造データを、世界中の構造生物学者が登録してくださったおかげで、 大きな節目を迎えることができました。
wwPDBのデータセンターは、生体高分子の三次元構造へのオンラインアクセスを提供しています。 これらの構造情報は、タンパク質合成から健康や疾病、さらには生物エネルギーに至るまで、 生物医学・農業・生態学の多くの分野の理解を研究者が深めるのに役立っています。
wwPDBは2023年に20万件のマイルストーンを達成しました。 2025年には2万件以上の新しい構造がアーカイブに登録され、 PDBデータへのアクセス回数が年間47億回以上に達しました。
Function follows form（形が機能を決める）
1950年代、科学者たちは初めてタンパク質とDNAの構造を原子レベルで直接観察しました。 これら初期の三次元構造はX線結晶構造解析によって決定され、生物学に新しい時代をもたらしました。 それは構造（形）と生物学的機能との密接な関係によって推進される時代でした。 これらのデータを保存し共有する重要性は科学コミュニティにすぐに認識され、1971年に米国と英国にデータセンターを置く国際協力によって、 生物学分野初のオープンアクセス型デジタルリソースとしてProtein Data Bank（PDB）が設立されました。
PDBに最初に登録された構造の中には、ミオグロビンとヘモグロビンが含まれていました。 これらは酸素結合分子であり、その構造は化学ノーベル賞受賞者であるジョン・ケンドリューとマックス・ペルーツによって解明されました。 今週の定期更新では、新たに266件の構造がPDBアーカイブに追加されました。 これらの構造は他のデータとともに創薬、情報生物学とその教育に極めて重要な役割を果たすこととなります。
PDBは急速に成長しており、2011年以降で約160%増加（6～8年ごとに倍増）しています。 2022年には、平均して毎週275件の新しい構造が科学コミュニティに公開されました。 このリソースは毎年数億回アクセスされており、研究者・学生・教育者が、さまざまなタンパク質の関連性を調べ、 基本的な生物学的メカニズムを解明し、新しい医薬品を発見するために利用しています。
20年以上にわたる協力
PDBは設立以来、コミュニティ主導の取り組みとして発展し、生物学研究にとって極めて重要な国際的リソースとなりました。 wwPDB（Worldwide Protein Data Bank）パートナーシップは2003年7月に、PDBe、PDBj、RCSB PDBによって設立されました。 現在では、BMRB（2006年参加）およびEMDB（2021年参加）も加わっています。
wwPDBのメンバーは、登録と編集の方針やデータの表示に関する問題、またデータ検証の基準等について、 専門家たちと緊密に連携し運営を行っております。 加えて、wwPDBは、構造生物学の重要性をより多くの人々に知ってもらうための活動も行っています。
アーカイブに提出される各構造は、公開前にwwPDBスタッフによって丁寧にキュレーションされます。 新しいデータ登録は確認・強化され、付加価値のある注釈が付与されるとともに、他の重要な生物学データとリンクされます。 これにより、さまざまな背景や関心を持つ利用者が、原子座標データや実験データを発見し理解できるようになります。
wwPDBは、次の5万件の構造データと、それらがもたらす貴重な知識を心待ちにしています。
[ wwPDB News ]
[wwPDB] 新しいPDBベータアーカイブをテスト用にご利用ください
2028年までに4文字のPDB ID（例：1abc）は完全に割り当て済みとなります。 その後、新規エントリーには拡張PDB IDのみが割り当てられます。
新しい拡張PDB ID形式は12文字となり、 接頭辞pdb_に続いて8文字の英数字が続きます（例：pdb_1000axyz）。 この新しいID形式により、 公開文献中のPDBエントリのテキストマイニング検出が可能となり、改訂データファイルのより有益かつ透明性の高い提供が実現します。 拡張PDB IDをジャーナルに提出する際、および原稿内で拡張PDB IDを引用する際は、接頭辞pdb_を含む全12文字を記載してください。
移行期間中、ユーザが拡張PDB IDおよびPDBx/mmCIFフォーマットを採用できるよう、 PDBベータアーカイブを利用できるようにしました。 このアーカイブ内の全ファイルは、エントリーレベルで拡張PDB ID（ファイル名およびディレクトリを含む）に基づき再編成されており、 PDBバージョン管理アーカイブと同様のデータ構成を反映しています。
特定のエントリに関連する全データファイルは、単一のディレクトリに格納されます。 このディレクトリ名は、PDBコードの末尾から2文字目までの文字列から生成された2文字のハッシュ値に基づいてラベル付けされています。 すなわち、 https://files-beta.wwpdb.org/pub/wwpdb/pdb/data/entries/<2文字ハッシュ>/<拡張pdbアクセションコード>/<エントリーデータファイル名> となります。 2文字のハッシュは、末尾の文字から2番目と3番目の文字に基づいており、 例えば、PDBエントリーpdb_1abc5678は、ディレクトリ/67/の下に配置されます。 これにより、現行のPDBアーカイブとの一貫性が保たれます。現行アーカイブでPDBエントリー1abcは、ディレクトリ/ab/下に配置されています。
ファイル名は標準化されており、拡張子にはファイルタイプが使用されます。
例えば、構造因子ファイルは r116dsf.ent.gz から pdb_0000116d-sf.cif.gz に、
レガシーPDB形式の座標ファイルは pdb318d.ent.gz から pdb_0000318d.pdb.gz にファイル名が変更されます。
4文字のPDB IDがなくなるタイミングで、このPDBベータアーカイブは現行のPDBアーカイブに取って代わります（2027年半ば頃を予定）。 拡張PDB IDのみが発行されたエントリーは、従来のPDBフォーマットと互換性がありません。 wwPDBは、科学雑誌、PDBコミュニティ、およびユーザーに対し、PDBx/mmCIFフォーマットへの移行と新しいPDB IDフォーマットの採用を 可能な限り早期に実施するよう推奨します。
ご質問などはinfo@wwpdb.orgまで英語でおたずねください。
拡張PDB IDをサポートする新しいPDBベータアーカイブがテスト用にご利用頂けます
[ wwPDB News ]
[wwPDB] EMDBエントリーが年間１万件を突破しました
公開されたEMDBエントリーの年別増加率
wwPDBは、1年間で10,000件のEMDBエントリーを公開しました。
3DEMデータの公開ペースは驚異的な速さで継続しており、wwPDBでは初めて、わずか1年間で10,000件のEMDBエントリーが公開されました。 2019年時点では、EMDBの総エントリー数は17年間の成長を経てようやく10,000件に達したばかりでした。 2025年現在、データ公開の現在のペースにより、アーカイブの総エントリー数は50,000件を突破しました。
この急速な成長は、wwPDBが支援に努めるコミュニティの努力の証です。 同時に、生成されるデータがますます増加する中で、効率的なデータ登録・処理・キュレーション・査読、 そして持続可能かつ拡張性のあるアーカイブ手法が求められるという、コミュニティが直面する継続的な課題も浮き彫りにしています。 構造生物学の歴史の一端を担い続けられることを嬉しく思っています。
[ wwPDB News ]
[wwPDB] データ処理についてのwwPDBサイト別の担当地域
登録は、地理によって自動的にwwPDBの各登録サイトに振り分けられます。
データ処理は、wwPDBパートナーサイト間で以下のように分担しています。
- RCSB PDBは、アメリカ大陸から登録されるPDBとEMDBデータを担当します。
- PDBeとEMDBは、ヨーロッパ（ベラルーシおよびロシア連邦を除く）およびアフリカにおけるPDBとEMDBデータを担当します。
- PDBjは、アジア地域（中国を除く）、ベラルーシ、ロシア連邦、オセアニアからのPDBとEMDBデータを担当します。
- PDBcは、中国からのPDBとEMDBデータを担当します。
- BMRBは、アメリカ大陸、アフリカ、ヨーロッパからのBMRBデータを担当します。
- BMRBjは、アジアからのBMRBデータを担当します。
データ処理サイトの分布地図[ wwPDB News ]
[wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました
2026年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/、https://s3.rcsb.org 又はPDBj: https://files.pdbj.org/)のスナップショットを スナップショットサイト https://s3snapshots.rcsb.org/、 snapshots.rcsb.org (rsync -rlpy -a -v --delete snapshots.rcsb.org:: .) 及び ftp://snapshots.pdbj.org に追加しました。 2005年以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。
ディレクトリ 20260101は、 2026年1月1日時点での246,905件の実験的に決定された 座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショットのサイズは、1,583 GBとなっています。
2026年1月1日現在のEMDBアーカイブ (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/) のスナップショットは、 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/20260101/と ftp://snapshots.pdbj.org/20260101/からご利用頂けます。 スナップショットは公開済みエントリー 52,943件を含み、サイズは、28.2 TBとなっています。
[ wwPDB News ]
