wwPDBは、1年間で10,000件のEMDBエントリーを公開しました。

3DEMデータの公開ペースは驚異的な速さで継続しており、wwPDBでは初めて、わずか1年間で10,000件のEMDBエントリーが公開されました。 2019年時点では、EMDBの総エントリー数は17年間の成長を経てようやく10,000件に達したばかりでした。 2025年現在、データ公開の現在のペースにより、アーカイブの総エントリー数は50,000件を突破しました。

この急速な成長は、wwPDBが支援に努めるコミュニティの努力の証です。 同時に、生成されるデータがますます増加する中で、効率的なデータ登録・処理・キュレーション・査読、 そして持続可能かつ拡張性のあるアーカイブ手法が求められるという、コミュニティが直面する継続的な課題も浮き彫りにしています。 構造生物学の歴史の一端を担い続けられることを嬉しく思っています。

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登録は、地理によって自動的にwwPDBの各登録サイトに振り分けられます。

データ処理は、wwPDBパートナーサイト間で以下のように分担しています。

• RCSB PDBは、アメリカ大陸から登録されるPDBとEMDBデータを担当します。
• PDBeとEMDBは、ヨーロッパ（ベラルーシおよびロシア連邦を除く）およびアフリカにおけるPDBとEMDBデータを担当します。
• PDBjは、アジア地域（中国を除く）、ベラルーシ、ロシア連邦、オセアニアからのPDBとEMDBデータを担当します。
• PDBcは、中国からのPDBとEMDBデータを担当します。
• BMRBは、アメリカ大陸、アフリカ、ヨーロッパからのBMRBデータを担当します。
• BMRBjは、アジアからのBMRBデータを担当します。

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2026年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/、https://s3.rcsb.org 又はPDBj: https://files.pdbj.org/)のスナップショットを スナップショットサイト https://s3snapshots.rcsb.org/、 snapshots.rcsb.org (rsync -rlpy -a -v --delete snapshots.rcsb.org:: .) 及び ftp://snapshots.pdbj.org に追加しました。 2005年以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。

ディレクトリ 20260101は、 2026年1月1日時点での246,905件の実験的に決定された 座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショットのサイズは、1,583 GBとなっています。

2026年1月1日現在のEMDBアーカイブ (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/) のスナップショットは、 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/20260101/と ftp://snapshots.pdbj.org/20260101/からご利用頂けます。 スナップショットは公開済みエントリー 52,943件を含み、サイズは、28.2 TBとなっています。

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