301件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-03-11付）
301件のPDBエントリーが新たに公開されました。 公開済みのPDBエントリーは、250359件になりました。（2026-03-11付）
その他の更新情報は、PDB / EMDB 最新情報ページをご覧ください。
[wwPDB] PDBエントリーが25万件を達成しました
PDBアーカイブには25万件以上のエントリーが含まれます
今週の更新により、PDBアーカイブのエントリー数は250,441件となりました。
1971年に創設されたこのPDBアーカイブは、 実験で決定したタンパク質や核酸の膨大な構造データを、世界中の構造生物学者が登録してくださったおかげで、 大きな節目を迎えることができました。
wwPDBのデータセンターは、生体高分子の三次元構造へのオンラインアクセスを提供しています。 これらの構造情報は、タンパク質合成から健康や疾病、さらには生物エネルギーに至るまで、 生物医学・農業・生態学の多くの分野の理解を研究者が深めるのに役立っています。
wwPDBは2023年に20万件のマイルストーンを達成しました。 2025年には2万件以上の新しい構造がアーカイブに登録され、 PDBデータへのアクセス回数が年間47億回以上に達しました。
Function follows form（形が機能を決める）
1950年代、科学者たちは初めてタンパク質とDNAの構造を原子レベルで直接観察しました。 これら初期の三次元構造はX線結晶構造解析によって決定され、生物学に新しい時代をもたらしました。 それは構造（形）と生物学的機能との密接な関係によって推進される時代でした。 これらのデータを保存し共有する重要性は科学コミュニティにすぐに認識され、1971年に米国と英国にデータセンターを置く国際協力によって、 生物学分野初のオープンアクセス型デジタルリソースとしてProtein Data Bank（PDB）が設立されました。
PDBに最初に登録された構造の中には、ミオグロビンとヘモグロビンが含まれていました。 これらは酸素結合分子であり、その構造は化学ノーベル賞受賞者であるジョン・ケンドリューとマックス・ペルーツによって解明されました。 今週の定期更新では、新たに266件の構造がPDBアーカイブに追加されました。 これらの構造は他のデータとともに創薬、情報生物学とその教育に極めて重要な役割を果たすこととなります。
PDBは急速に成長しており、2011年以降で約160%増加（6～8年ごとに倍増）しています。 2022年には、平均して毎週275件の新しい構造が科学コミュニティに公開されました。 このリソースは毎年数億回アクセスされており、研究者・学生・教育者が、さまざまなタンパク質の関連性を調べ、 基本的な生物学的メカニズムを解明し、新しい医薬品を発見するために利用しています。
20年以上にわたる協力
PDBは設立以来、コミュニティ主導の取り組みとして発展し、生物学研究にとって極めて重要な国際的リソースとなりました。 wwPDB（Worldwide Protein Data Bank）パートナーシップは2003年7月に、PDBe、PDBj、RCSB PDBによって設立されました。 現在では、BMRB（2006年参加）およびEMDB（2021年参加）も加わっています。
wwPDBのメンバーは、登録と編集の方針やデータの表示に関する問題、またデータ検証の基準等について、 専門家たちと緊密に連携し運営を行っております。 加えて、wwPDBは、構造生物学の重要性をより多くの人々に知ってもらうための活動も行っています。
アーカイブに提出される各構造は、公開前にwwPDBスタッフによって丁寧にキュレーションされます。 新しいデータ登録は確認・強化され、付加価値のある注釈が付与されるとともに、他の重要な生物学データとリンクされます。 これにより、さまざまな背景や関心を持つ利用者が、原子座標データや実験データを発見し理解できるようになります。
wwPDBは、次の5万件の構造データと、それらがもたらす貴重な知識を心待ちにしています。
[ wwPDB News ]
[wwPDB] 新しいPDBベータアーカイブをテスト用にご利用ください
2028年までに4文字のPDB ID（例：1abc）は完全に割り当て済みとなります。 その後、新規エントリーには拡張PDB IDのみが割り当てられます。
新しい拡張PDB ID形式は12文字となり、 接頭辞pdb_に続いて8文字の英数字が続きます（例：pdb_1000axyz）。 この新しいID形式により、 公開文献中のPDBエントリのテキストマイニング検出が可能となり、改訂データファイルのより有益かつ透明性の高い提供が実現します。 拡張PDB IDをジャーナルに提出する際、および原稿内で拡張PDB IDを引用する際は、接頭辞pdb_を含む全12文字を記載してください。
移行期間中、ユーザが拡張PDB IDおよびPDBx/mmCIFフォーマットを採用できるよう、 PDBベータアーカイブを利用できるようにしました。 このアーカイブ内の全ファイルは、エントリーレベルで拡張PDB ID（ファイル名およびディレクトリを含む）に基づき再編成されており、 PDBバージョン管理アーカイブと同様のデータ構成を反映しています。
特定のエントリに関連する全データファイルは、単一のディレクトリに格納されます。 このディレクトリ名は、PDBコードの末尾から2文字目までの文字列から生成された2文字のハッシュ値に基づいてラベル付けされています。 すなわち、 https://files-beta.wwpdb.org/pub/wwpdb/pdb/data/entries/<2文字ハッシュ>/<拡張pdbアクセションコード>/<エントリーデータファイル名> となります。 2文字のハッシュは、末尾の文字から2番目と3番目の文字に基づいており、 例えば、PDBエントリーpdb_1abc5678は、ディレクトリ/67/の下に配置されます。 これにより、現行のPDBアーカイブとの一貫性が保たれます。現行アーカイブでPDBエントリー1abcは、ディレクトリ/ab/下に配置されています。
ファイル名は標準化されており、拡張子にはファイルタイプが使用されます。
例えば、構造因子ファイルは r116dsf.ent.gz から pdb_0000116d-sf.cif.gz に、
レガシーPDB形式の座標ファイルは pdb318d.ent.gz から pdb_0000318d.pdb.gz にファイル名が変更されます。
4文字のPDB IDがなくなるタイミングで、このPDBベータアーカイブは現行のPDBアーカイブに取って代わります（2027年半ば頃を予定）。 拡張PDB IDのみが発行されたエントリーは、従来のPDBフォーマットと互換性がありません。 wwPDBは、科学雑誌、PDBコミュニティ、およびユーザーに対し、PDBx/mmCIFフォーマットへの移行と新しいPDB IDフォーマットの採用を 可能な限り早期に実施するよう推奨します。
ご質問などはinfo@wwpdb.orgまで英語でおたずねください。
拡張PDB IDをサポートする新しいPDBベータアーカイブがテスト用にご利用頂けます
[ wwPDB News ]
[wwPDB] EMDBエントリーが年間１万件を突破しました
公開されたEMDBエントリーの年別増加率
wwPDBは、1年間で10,000件のEMDBエントリーを公開しました。
3DEMデータの公開ペースは驚異的な速さで継続しており、wwPDBでは初めて、わずか1年間で10,000件のEMDBエントリーが公開されました。 2019年時点では、EMDBの総エントリー数は17年間の成長を経てようやく10,000件に達したばかりでした。 2025年現在、データ公開の現在のペースにより、アーカイブの総エントリー数は50,000件を突破しました。
この急速な成長は、wwPDBが支援に努めるコミュニティの努力の証です。 同時に、生成されるデータがますます増加する中で、効率的なデータ登録・処理・キュレーション・査読、 そして持続可能かつ拡張性のあるアーカイブ手法が求められるという、コミュニティが直面する継続的な課題も浮き彫りにしています。 構造生物学の歴史の一端を担い続けられることを嬉しく思っています。
[ wwPDB News ]
[wwPDB] データ処理についてのwwPDBサイト別の担当地域
登録は、地理によって自動的にwwPDBの各登録サイトに振り分けられます。
データ処理は、wwPDBパートナーサイト間で以下のように分担しています。
- RCSB PDBは、アメリカ大陸から登録されるPDBとEMDBデータを担当します。
- PDBeとEMDBは、ヨーロッパ（ベラルーシおよびロシア連邦を除く）およびアフリカにおけるPDBとEMDBデータを担当します。
- PDBjは、アジア地域（中国を除く）、ベラルーシ、ロシア連邦、オセアニアからのPDBとEMDBデータを担当します。
- PDBcは、中国からのPDBとEMDBデータを担当します。
- BMRBは、アメリカ大陸、アフリカ、ヨーロッパからのBMRBデータを担当します。
- BMRBjは、アジアからのBMRBデータを担当します。
データ処理サイトの分布地図[ wwPDB News ]
[wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました
2026年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/、https://s3.rcsb.org 又はPDBj: https://files.pdbj.org/)のスナップショットを スナップショットサイト https://s3snapshots.rcsb.org/、 snapshots.rcsb.org (rsync -rlpy -a -v --delete snapshots.rcsb.org:: .) 及び ftp://snapshots.pdbj.org に追加しました。 2005年以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。
ディレクトリ 20260101は、 2026年1月1日時点での246,905件の実験的に決定された 座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショットのサイズは、1,583 GBとなっています。
2026年1月1日現在のEMDBアーカイブ (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/) のスナップショットは、 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/20260101/と ftp://snapshots.pdbj.org/20260101/からご利用頂けます。 スナップショットは公開済みエントリー 52,943件を含み、サイズは、28.2 TBとなっています。
[ wwPDB News ]
