[wwPDB] 고분자결정구조 등록 시 PDBx/mmCIF 형식 파일만 허용됩니다.

2019년7월1일이후, 고분자 결정구조를 PDB에 등록하실 때 반드시PDBx/mmCIF 형식의 파일을 제출하셔야 합니다.

2019년7월1일부터는 X선, 중성자, fiber, 전자 회절을 이용한 고분자 결정학에 의해 얻어진 구조를 OneDep을 통해 protein data bank에 등록할 때 PDBx/mmCIF 형식의 파일만 사용하여야 합니다. PDBx/mmCIF 형식의 파일은 이전의 PDB형식과 비교했을 때 등록과정이 수월하고 실험의 메타 데이터를 보다 효과적으로 검증할 수 있다는 장점이 있습니다. 10만개 이상의 원자를 포함하거나 여러 글자로 구성된 chain ID를 갖는 PDB 엔트리는 이미 이전의 PDB 형식에서는 지원되지 않고 있습니다. 또한 2021년까지 PDB 화합물ID (Chemical Component Identifier)를 위해서 4개 글자 이상이 필요할 것이라 예측되므로, 필연적으로 이전의 PDB형식으로 PDB 아카이브에 등록되어 있는 파일들은 사용할 수 없게 됩니다.

Refmac 이나 Phenix.refine 또는 Buster등의 프로그램에서는 현재PDBx/mmCIF 형식의 파일로 구조를 저장할 수 있습니다. 하지만 PDBx/mmCIF 형식의 파일을 지원하지 않는 구조결정이나 최적화 용 소프트웨어를 사용하는 경우, pdb_extract나 MAXIT와 같은 프로그램을 사용하면 이전의 PDB형식파일을 PDBx/mmCIF 형식의 파일로 변환하실 수 있습니다. PDBx/mmCIF형식의 파일을 만드는 데 필요한 더 많은 정보는 wwPDB웹사이트에서 확인하실 수 있습니다.

그 동안 PDBx/mmCIF 작업 그룹은 PDBx/mmCIF 데이터 모델을 준비해 왔습니다. 현재 PDBx/mmCIF형식의 파일은 Jmol/JSMol, Molmil, Chimera, OpenRasMol, CCP4MG, COOT, PyMOL, VMD 와 같은 그래픽 소프트웨어에서 사용이 가능할 뿐 아니라Protein Model Portal이나 SASBDB와 같은 데이터베이스에서도 PDBx/mmCIF 형식을 채택하고 있습니다.

[ wwPDB 뉴스 ]