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自2019年7月1日开始,PDB的晶体学结构数据登记将限定使用PDBx / mmCIF的格式文件。

自2019年7月1日,通过OneDep 登记大分子晶体学(MX)解析的晶体结构,包括X光、中子、纤维衍射和电子衍射法,PDBx / mmCIF将是PDB唯一接受的文件格式。与以往的PDB格式相比,使用PDBx / mmCIF格式文件将改善数据登记效率,并且更完整的记录实验数据以有益于来强化数据验证。同时,以往的PDB格式文件不支持含有100,000以上原子的结构数据以及多个字符的分子链ID。此外,到2021年前,预期PDB的化合物代码将需要扩充到超过三个字符,这必然导致以往的PDB格式文件从PDB核心档案中完全退役。

Refmac、Phenix.refine和Buster现在已支持输出PDBx / mmCIF格式文件。对于其他结构优化软件的使用者,wwPDB提供独立运行以及在线工具:pdb_extractMAXIT,可将PDB格式文件转换为PDBx / mmCIF格式。有关输出和准备PDBx / mmCIF格式文件的更多资讯,请参考wwPDB网站

PDBx / mmCIF工作团队致力于开发PDBx / mmCIF数据模型。各种结构显示应用软件也支持 PDBx / mmCIF,包括Jmol / JSMol、Molmil、Chimera、OpenRasMol、CCP4MG、COOT、PyMOL、VMD、MolMil和NGL。此外,其他数据资源(如Protein Model Portal和SASBDB)已采用并扩展PDBx / mmCIF格式框架,进行数据表现。

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Created: 2019-02-20