[wwPDB] 結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルが必須になります
2019年7月1日より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルの登録が必須になります。
2019年7月1日からは、X線、中性子、ファイバー、電子線回折法を含む、高分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepでは、PDBx/mmCIFフォーマットのみが受け付けられるようになります。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIFフォーマットの登録では、登録過程が効率化され、またPDBx/mmCIFでサポートされる、実験的メタデータを広範囲に収集できるため、構造の検証を強化することにつながります。10万個以上の原子や、2文字以上の鎖名を持つPDBエントリーは、既に、旧来のPDBフォーマットではサポートされません。更に、2021年までには、PDBの化合物IDは、4文字以上への拡張が必要になると予想され、その結果、PDBのコアアーカイブからPDBフォーマットファイルを廃止することにつながります。
RefmacやPhenix.refineやBusterなどのプログラムを利用すると、PDBx/mmCIFフォーマットファイルを出力できます。 構造決定及び精密化のために他のソフトウェアを利用するユーザのために、wwPDBは、PDBフォーマットからPDBx/mmCIFフォーマットへ変換するためのスタンドアロンやウェブベースのツール(MAXITやpdb_extract)を提供しています。 登録のためのPDBx/mmCIFフォーマットファイルの準備・出力に関する詳細情報は、wwPDBサイトからご覧ください。
PDBx/mmCIFワーキンググループは、PDBx/mmCIFデータモデルに取り組んできました。PDBx/mmCIFはまた、Jmol/JSMol, Molmil, Chimera, OpenRasMol, CCP4MG, COOT, PyMOL, VMDを含む可視化アプリケーションによってサポートされています。加えて、Protein Model PortalやSASBDBのような他のデータリソースも、PDBx/mmCIFフレイムワークをデータの表現のために採用し、拡張しました。
[ wwPDB ニュース ]