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[wwPDB] 提存MX版本的規定性PDBx / mmCIF格式檔案

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自2019年7月1日開始,提存PDB的晶體學檔案將只限於PDBx / mmCIF的格式。

從2019年7月1日,透過OneDep 所提存巨分子晶體學(MX)解析的晶體結構,包括X光、中子、纖維和電子繞射方法,PDBx / mmCIF將是PDB唯一可接受的格式。與過去行之有年的PDB格式相比,PDBx / mmCIF格式檔案將改善提存過程的效率,並運用PDBx / mmCIF的支援可處理更大量的實驗數據來強化驗證。具有100,000個或更多原子的PDB結構項目以及具有多個字元鏈ID的項目已不再適用傳統PDB格式的支援。此外,到2021年前,我們預計PDB的化學成分標識將需要擴充到超過三個字元,這必然導致PDB核心資料中使用傳統格式的檔案有不合時宜之慮而將被退場。

Refmac、Phenix.refine和Buster程式現在已可以輸出所需的PDBx / mmCIF格式檔案。對於其他結構決定/微調軟體的使用者,wwPDB提供獨立運作以及Web整合的工具:pdb_extractMAXIT,可將舊版PDB格式檔案轉換為PDBx / mmCIF格式。有關輸出和準備PDBx / mmCIF格式檔案的更多資訊,請參考wwPDB網站

PDBx / mmCIF工作團隊致力於PDBx / mmCIF數據模組。PDBx / mmCIF也整合提供結構視覺化應用軟體,包括Jmol / JSMol、Molmil、Chimera、OpenRasMol、CCP4MG、COOT、PyMOL、VMD、MolMil和NGL。此外,其他數據資源(如Protein Model Portal和SASBDB)已採用以擴展PDBx / mmCIF工作框架,進行數據呈現。

[ wwPDB 新聞 ]


Created: 2019-02-20

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數據於2024-07-31公開中

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