2018年2月20日(火)、大阪大学吹田キャンパスにて、大阪大学蛋白研セミナー / PDBj & BINDS 合同講習会を開催します。

PDBjに収納されている生体高分子の立体構造データには、生命科学の研究に広く役立つ有用な情報が含まれています。本講習会では、立体構造データの検索法、分子表示ソフトの使い方、ホモロジー・モデリングの方法などを、初心者にもわかりやすく説明します。また最近注目されているクライオ電子顕微鏡によるデータの解説や、創薬等先端支援技術プラットフォーム(BINDS)による研究支援申請方法、生命科学の総合データベースVaProSの紹介も行います。

講習会概要

日時 2018年2月20日(火)13:00~18:00 (受付は 12:30 〜 )
会場 大阪大学吹田キャンパス 銀杏会館 [Google Map]大会議室(大阪府吹田市)
演者・演題
  • 13:00-13:20 由良 敬(早稲田大・先進理工): BINDS事業の紹介
  • 13:20-13:50 栗栖 源嗣(大阪大・蛋白研): PDBjの活動の紹介
  • 13:50-14:30 岩﨑 憲治(大阪大・蛋白研): クライオ電子顕微鏡技術の紹介
  • 14:30-14:40 == 休憩 ==
  • 14:40-15:20 由良 敬(早稲田大・先進理工): 生命科学総合データベースVaProS
  • 15:20-15:50 工藤 高裕(大阪大・蛋白研): PDBjのWEBサービスの紹介
  • 15:50-16:00 == 休憩 ==
  • 16:00-17:00 鈴木 博文(大阪大・蛋白研): クライオ電顕の密度マップと原子モデルの可視化 
  • 17:00-18:00 川端 猛(大阪大・蛋白研): ホモロジー・モデリングと複合体の検索・モデリングサーバHOMCOSの紹介
対象 学部生、大学院生、研究者の方
参加費 無料
定員数 50名 (先着順)
PCについて 原則として各自でノートPCを持参していただくようお願いたします。 無線LANが使用できるPCであればOSはWindowsでもMacでもかまいません。

また、各自でマウスとACアダプタをお持ちいただくことをお奨め致します。

阪大で保有するWindows PCの貸し出しも行いますので、希望される方は参加申し込みの際お知らせください。 なお、貸し出し用PCの数には限りがあります。希望者が多い場合は先着順とさせていただきます。
ソフトウエアのインストール お持ち込みのノートPCに、講習で用いるソフトウェアUCSF ChimeraとMODELLERを事前にインストールしていただくようお願いします。

なお、これらのソフトウェアを無償で利用できる方は大学など非営利団体に所属する方に限られ、営利企業に所属される方については有償となる場合があります。詳細はUCSF Chimeraの利用規約およびMODELLERの利用規約をご覧ください。 企業の方でインストールが難しい方は貸し出しPCの使用をお勧めいたします。

当日の会場はネットワークの混雑が予想されます。PCをご持参される方は、 できれば、以下のデータを前もってダウンロードいただくようお願い致します。

申し込み 参加申し込みページよりお申し込みください。
お問い合わせ PDBjお問い合わせフォームよりお問い合わせください。
主催
共催

講義・講習概要

由良 敬(早稲田大・先進理工): BINDS事業の紹介 [講義資料]

創薬等先端支援技術プラットフォーム(BINDS)事業では、生体高分子の構造解析、タンパク質生産、ケミカルシーズ・リードの探索と構造展開、ゲノミクス解析およびバイオインフォマティクス解析などの最先端技術をもつ研究者を集めてプラットフォームを構築し、さまざまな研究の支援活動を行っています。ここでは、BINDSがもつ技術の概要と、どのようにして支援を受けることができるかを紹介します。

栗栖 源嗣(大阪大・蛋白研): PDBjの活動の紹介 [講義資料]

PDBjは、wwPDBのメンバーとして国際的な共同作業により、蛋白質等の生体高分子の構造を登録し、PDB(Protein Data Bank)データとして座標と実験データを全世界に無償で公開しています。今回は、PDBjの新しい体制と、wwPDBで行ってきた厳しい品質管理について紹介します。関連してPDBjで進めている構造データに対する検証レポートの充実について、今後の計画を含めて解説します。

岩﨑 憲治(大阪大・蛋白研): クライオ電子顕微鏡技術の紹介 [講義資料]

2017年のノーベル化学賞の受賞理由にもなったクライオ電子顕微鏡技術は、急速な進歩を遂げました。生体分子の原子モデルを結晶なしで画像のみから得られるようになり、PDBへの登録数も急増しています。BINDS事業内では、国内ではトップ、世界でもトップクラスの分解能2.3Åに到達し、水分子の可視化にも成功しています。その技術の利点と課題点をご紹介致します。

由良 敬(早稲田大・先進理工): 生命科学総合データベースVaProS [講義資料]

現在の生命科学研究は、莫大な量のデータを生み出しています。それらのデータは生命現象を俯瞰する材料ですので、うまく解析することができれば、新たな知見を見いだすことや、新たな仮説を構築することができるはずです。しかし生命ビッグデータを解析する道具は、まだ完備できていません。VaProSは生命ビッグデータの解析に挑戦するアプリケーションです。VaProSをどのように使うことで、どのようなことがわかるかを紹介します。

工藤 高裕(大阪大・蛋白研): PDBjのWEBサービスの紹介 [講義資料] [付録]

PDBjではPDBデータを検索するためのウェブサービス「PDBj Mine」を提供しています。これはPDBデータファイルの内容を関係データベースに取り込み、ウェブ経由でPDBデータを検索できるようにしたものです。PDBj Mineではキーワードでの検索に加え、公開日、著者名、生物種、鎖のタイプや長さ、含まれるリガンドなど様々な条件で結果を絞り込むこともできます。各PDBエントリーの情報ページには、よく参照される情報を構造、機能などのカテゴリごとに分類して表示しています。また分子をマウス等で対話的に操作できる分子ビューアを埋め込んだページも用意しています。本講習会ではこのPDBj Mineを使った検索と結果の閲覧について紹介と実習を行います。

鈴木 博文(大阪大・蛋白研): クライオ電顕の密度マップと原子モデルの可視化 [講義資料] [演習資料]

この講習は、「データベースに登録されているクライオ電顕の立体構造データを見る」をテーマとし、PC操作の伴う実習とします。 前半では、演者の開発しているEM Navigatorを利用し、クライオ電顕研究の動向などの情報収集、データの検索、閲覧、評価などを体験します。 後半はUCSF-Chimeraを利用し、3次元マップデータと原子モデルの閲覧と評価を実施します。 立体構造の研究の初心者、「結晶学ならわかるが電顕データはよくわからない」といった方を想定した講習にする予定です。

川端 猛(大阪大・蛋白研): ホモロジー・モデリングと複合体の検索・モデリングサーバHOMCOSの紹介 [講義資料]

アミノ酸配列と立体構造を結び付ける立体構造予測法のなかで、もっとも簡便で信頼性が高い方法は、近縁のタンパク質の立体構造を鋳型にするホモロジー・モデリング法です。本演習では、PDBjのサービスと、UCSF Chimera、およびMODELLERを使用したモデル構造の作成法を説明します。また、他のタンパク質・低分子化合物などとの複合体の立体構造の検索・ホモロジー・モデリングを支援するHOMCOSサーバの紹介も行います。

2018-01-05 (last edited: 1 month ago)2018-02-20
PDBj@FacebookPDBj@TwitterwwPDBwwPDB FoundationEM DataBank

Copyright © 2013-2018 日本蛋白質構造データバンク