新型コロナウイルスの構造情報

コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正

最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明された構造はPDBに登録されていっています。PDBjでは利用者の利便を図るため，新型コロナウイルス特集ページを作成しました。新たなエントリーが毎週水曜日の週次更新で公開されると、同時にこのページにも追加されます。

またこのウイルスのタンパク質に関する解説記事を以下の「今月の分子」ページに掲載しています。

「全エントリー」のタブでは，同じ著者によるグループ登録のエントリーも全て区別し，すべてのPDB IDを省略せず表示しています。 「代表構造」タブには最も分解能の高い代表構造のみを表示しており，アミノ酸配列が100%同じPDBエントリーはリガンドが異なるものも含め除外してあります。 「最新のエントリー」のタブは，今週公開された最も新しいエントリーです。

作成日: 2020-09-03 (最終更新日: more than 1 year ago)

全エントリー (4406)代表構造 (1944)最新のエントリー (19)

5SLY

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z1526504764
分子名称:	1-(1-ethyl-1H-pyrazol-5-yl)-N-methylmethanamine, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.018 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SLZ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z2072621991
分子名称:	2-(difluoromethoxy)-1-[(3aR,6aS)-hexahydrocyclopenta[c]pyrrol-2(1H)-yl]ethan-1-one, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.54 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM0

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z32665176
分子名称:	(1-benzofuran-2-yl)(4-methylpiperidin-1-yl)methanone, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.086 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM1

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z68277692
分子名称:	N-methyl-N-[2-(pyridin-2-yl)ethyl]benzamide, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.941 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM2

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z3006151474
分子名称:	(5S)-5-(difluoromethoxy)pyridin-2(5H)-one, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.781 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM3

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z943693514
分子名称:	PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ZINC ION, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.198 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM4

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z2856434944
分子名称:	PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ZINC ION, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.16 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM5

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z2856434807
分子名称:	2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]ethanenitrile, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.95 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM6

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z1899842917
分子名称:	3-[(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)methyl]-5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2(3H)-one, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.29 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM7

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z1247413608
分子名称:	1-(methanesulfonyl)piperidin-4-ol, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.95 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM8

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z2027158783
分子名称:	N-(2,1,3-benzoxadiazol-4-yl)acetamide, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.95 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SM9

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z2234920345
分子名称:	N-(2-methoxy-5-methylphenyl)-N'-4H-1,2,4-triazol-4-ylurea, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.01 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SMA

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z2856434890
分子名称:	4-methyl-N-phenylpiperazine-1-carboxamide, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.011 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SMB

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z419995480
分子名称:	1-(morpholin-4-yl)-4-phenylbutan-1-one, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.181 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SMC

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z2033637875
分子名称:	N~2~-(4-cyano-3-methyl-1,2-thiazol-5-yl)-N~2~-methylglycinamide, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.19 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SMD

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z274575916
分子名称:	2,4-dimethyl-6-(piperazin-1-yl)pyrimidine, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.826 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SME

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z437584380
分子名称:	(4-chlorophenyl)(thiomorpholin-4-yl)methanone, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.91 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SMF

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z56791867
分子名称:	N,N-diethyl-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.011 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SMG

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z2092370954
分子名称:	3-amino-N-ethyl-N-methylbenzamide, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.87 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SMH

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z2856434938
分子名称:	1-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)-N,N-dimethyl-methanamine, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.64 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

5SMI

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP14 in complex with Z71580604
分子名称:	(2S)-N-(5-methylpyridin-2-yl)oxolane-2-carboxamide, PHOSPHATE ION, Proofreading exoribonuclease nsp14, ...
著者	Imprachim, N, Yosaatmadja, Y, von-Delft, F, Bountra, C, Gileadi, O, Newman, J.A.
登録日	2022-03-03
公開日	2022-03-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.08 Å)
主引用文献	PanDDA analysis group deposition To Be Published

7MW2

Structure of the SARS-CoV-2 Spike trimer with all RBDs down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody clone 6
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Fab of antibody clone 6, ...
著者	Hu, Y, Xiong, Y.
登録日	2021-05-15
公開日	2022-03-16
最終更新日	2023-11-01
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (2.97 Å)
主引用文献	Monospecific and bispecific monoclonal SARS-CoV-2 neutralizing antibodies that maintain potency against B.1.617. Nat Commun, 13, 2022

7MW3

Structure of the SARS-CoV-2 Spike trimer with two RBDs down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody clone 6
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, ...
著者	Hu, Y, Xiong, Y.
登録日	2021-05-15
公開日	2022-03-16
最終更新日	2023-11-01
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.15 Å)
主引用文献	Monospecific and bispecific monoclonal SARS-CoV-2 neutralizing antibodies that maintain potency against B.1.617. Nat Commun, 13, 2022

7MW4

Structure of the SARS-CoV-2 Spike trimer with one RBD down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody clone 6
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, ...
著者	Hu, Y, Xiong, Y.
登録日	2021-05-15
公開日	2022-03-16
最終更新日	2023-11-01
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.42 Å)
主引用文献	Monospecific and bispecific monoclonal SARS-CoV-2 neutralizing antibodies that maintain potency against B.1.617. Nat Commun, 13, 2022

7MW5

Structure of the SARS-CoV-2 Spike trimer with one RBD down in complex with the Fab fragment of human neutralizing antibody clone 2
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Fab of antibody clone 2, ...
著者	Hu, Y, Xiong, Y.
登録日	2021-05-15
公開日	2022-03-16
最終更新日	2023-11-01
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.42 Å)
主引用文献	Monospecific and bispecific monoclonal SARS-CoV-2 neutralizing antibodies that maintain potency against B.1.617. Nat Commun, 13, 2022

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