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Yorodumi- PDB-5ltv: LIGAND BINDING DOMAIN OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 AMINO ACID C... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ltv | |||||||||
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Title | LIGAND BINDING DOMAIN OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 AMINO ACID CHEMORECPETOR PCTC IN COMPLEX WITH GABA | |||||||||
Components | Chemotactic transducer PctC | |||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / Pseudomonas aeruginosa / chemotactic transducer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information amino acid binding / response to amino acid / chemotaxis / membrane => GO:0016020 / signal transduction / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / SAD / Resolution: 2.31 Å | |||||||||
Authors | Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Conejero-Muriel, M. / Krell, T. | |||||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2020 Title: How Bacterial Chemoreceptors Evolve Novel Ligand Specificities Authors: Gavira, J.A. / Jimenez-Rico, M. / Pineda-Molina, E. / Krell, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ltv.cif.gz | 620.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ltv.ent.gz | 515.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ltv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ltv_validation.pdf.gz | 555.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ltv_full_validation.pdf.gz | 579.4 KB | Display | |
Data in XML | 5ltv_validation.xml.gz | 64.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5ltv_validation.cif.gz | 90.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5lt9C 5ltoC 5ltxC 5t65SC 5t7mC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
-Protein , 1 types, 7 molecules ABCDEFG
#1: Protein | Mass: 29712.447 Da / Num. of mol.: 7 / Fragment: ligand binding domain, UNP residues 30-281 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Ligand binding region of the PctC / Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: PAMH19_3853 / Plasmid: PET28B PLUS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A080VJ62, UniProt: Q9HW93*PLUS |
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-Non-polymers , 5 types, 731 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ABU / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: liquid diffusion / pH: 8.5 Details: Capillary counter diffusion: 2.0M NH4 Sulphate,0.1M Tris-HCl pH 8.50. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.873 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2016 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.31→48.63 Å / Num. obs: 76088 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 9.4 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5T65 Resolution: 2.31→48.63 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.26
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 154.19 Å2 / Biso mean: 45.2512 Å2 / Biso min: 15.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.31→48.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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