+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nz8 | ||||||
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Title | Crystal structure of the HIV-2 neutralizing Fab fragment 7C8 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antigen binding / Antibody / Fab / Immunological / HIV-2 / V3 / gp125 | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Uchtenhagen, H. / Friemann, R. / Raszewski, G. / Spetz, A.-L. / Nilsson, L. / Achour, A. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2011 Title: Crystal Structure of the HIV-2 Neutralizing Fab Fragment 7C8 with High Specificity to the V3 Region of gp125. Authors: Uchtenhagen, H. / Friemann, R. / Raszewski, G. / Spetz, A.L. / Nilsson, L. / Achour, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3nz8.cif.gz | 348.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3nz8.ent.gz | 289.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3nz8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3nz8_validation.pdf.gz | 456.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3nz8_full_validation.pdf.gz | 464.2 KB | Display | |
Data in XML | 3nz8_validation.xml.gz | 31.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3nz8_validation.cif.gz | 43.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nz8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1i9jS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23754.617 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell (production host): Hybridoma / Production host: Mus musculus (house mouse) #2: Antibody | Mass: 24128.730 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell (production host): Hybridoma / Production host: Mus musculus (house mouse) #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 8.5 Details: 50 mM ammonium sulphate, 25% (w/v) PEG 8000 and 2.5% (v/v) PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I711 / Wavelength: 0.97 |
Detector | Type: MAR CCD 130 mm / Detector: CCD / Date: Sep 14, 2003 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→44.6 Å / Num. obs: 32045 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 21.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1I9J Resolution: 2.7→42.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 36.87 / SU ML: 0.326 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.877 / ESU R Free: 0.354 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 88.34 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→42.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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