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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nz8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HIV-2 neutralizing Fab fragment 7C8 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antigen binding (抗原) / Antibody (抗体) / Fab / Immunological (免疫学) / HIV-2 (ヒト免疫不全ウイルス) / V3 / gp125 | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Uchtenhagen, H. / Friemann, R. / Raszewski, G. / Spetz, A.-L. / Nilsson, L. / Achour, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2011 タイトル: Crystal Structure of the HIV-2 Neutralizing Fab Fragment 7C8 with High Specificity to the V3 Region of gp125. 著者: Uchtenhagen, H. / Friemann, R. / Raszewski, G. / Spetz, A.L. / Nilsson, L. / Achour, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nz8.cif.gz | 348.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nz8.ent.gz | 289.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nz8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nz8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1i9jS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23754.617 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 24128.730 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 8.5 詳細: 50 mM ammonium sulphate, 25% (w/v) PEG 8000 and 2.5% (v/v) PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→44.6 Å / Num. obs: 32045 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 21.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1I9J 解像度: 2.7→42.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 36.87 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.877 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 88.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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