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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mqa | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human SSU processome, state post-A1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Ribosomal assembly intermediate | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 preribosome / nucleolar exosome (RNase complex) / U6 snRNA 2'-O-ribose methyltransferase activity / oocyte growth / nucleologenesis / 18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / snoRNA localization / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process ...preribosome / nucleolar exosome (RNase complex) / U6 snRNA 2'-O-ribose methyltransferase activity / oocyte growth / nucleologenesis / 18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / snoRNA localization / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / granular component / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / positive regulation of male gonad development / CUT catabolic process / RNA exonuclease activity / cytoplasmic exosome (RNase complex) / exosome (RNase complex) / U4atac snRNP / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / regulation of stem cell population maintenance / CURI complex / UTP-C complex / t-UTP complex / nuclear exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / Mpp10 complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / U4atac snRNA binding / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / histone H2AQ104 methyltransferase activity / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-snoRNP complex / box C/D sno(s)RNA binding / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone mRNA catabolic process / dense fibrillar component / nuclear mRNA surveillance / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / histone methyltransferase binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of rRNA processing / tRNA export from nucleus / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / cilium disassembly / nucleolus organization / spindle assembly involved in female meiosis / transcription elongation factor activity / rRNA base methylation / rRNA primary transcript binding / blastocyst formation / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / protein localization to nucleolus / RNA splicing, via transesterification reactions / U4 snRNA binding / negative regulation of RNA splicing / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / box C/D methylation guide snoRNP complex / SUMOylation of RNA binding proteins / RNA catabolic process / rRNA methylation / telomerase RNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / neural crest cell differentiation / box C/D snoRNP assembly / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / U3 snoRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Cajal body / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / Translation initiation complex formation / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / maturation of 5.8S rRNA / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / fibroblast growth factor binding / Protein hydroxylation / RNA polymerase II complex binding / monocyte chemotaxis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Vanden Broeck, A. / Singh, S. / Klinge, S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Nucleolar maturation of the human small subunit processome. 著者: Sameer Singh / Arnaud Vanden Broeck / Linamarie Miller / Malik Chaker-Margot / Sebastian Klinge / 要旨: The human small subunit processome mediates early maturation of the small ribosomal subunit by coupling RNA folding to subsequent RNA cleavage and processing steps. We report the high-resolution ...The human small subunit processome mediates early maturation of the small ribosomal subunit by coupling RNA folding to subsequent RNA cleavage and processing steps. We report the high-resolution cryo–electron microscopy structures of maturing human small subunit (SSU) processomes at resolutions of 2.7 to 3.9 angstroms. These structures reveal the molecular mechanisms that enable crucial progressions during SSU processome maturation. RNA folding states within these particles are communicated to and coordinated with key enzymes that drive irreversible steps such as targeted exosome-mediated RNA degradation, protein-guided site-specific endonucleolytic RNA cleavage, and tightly controlled RNA unwinding. These conserved mechanisms highlight the SSU processome’s impressive structural plasticity, which endows this 4.5-megadalton nucleolar assembly with the distinctive ability to mature the small ribosomal subunit from within. | |||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDB形式 | pdb7mqa.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7mqa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 7mqa_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mqa_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7mqa_validation.xml.gz | 625.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mqa_validation.cif.gz | 1 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 23938MC 7mq8C 7mq9C 7mqjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10781 (タイトル: Nucleolar maturation of the human small subunit processome Data size: 74.6 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrograph movies of human SSU processomes - Dataset 1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi-frame micrograph movies of human SSU processomes - Dataset 2 [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned multi-frame micrograph movies of human SSU processomes - Dataset 3 [micrographs - multiframe] Data #4: Unaligned multi-frame micrograph movies of human SSU processomes - Dataset 4 [micrographs - multiframe] Data #5: Unaligned multi-frame micrograph movies of human SSU processomes - Dataset 5 [micrographs - multiframe] Data #6: Unaligned multi-frame micrograph movies of human SSU processomes - Dataset 6 [micrographs - multiframe] Data #7: Aligned and averaged micrographs of human SSU processomes - Dataset 1 [micrographs - single frame] Data #8: Aligned and averaged micrographs of human SSU processomes - Dataset 2 [micrographs - single frame] Data #9: Aligned and averaged micrographs of human SSU processomes - Dataset 3 [micrographs - single frame] Data #10: Aligned and averaged micrographs of human SSU processomes - Dataset 4 [micrographs - single frame] Data #11: Aligned and averaged micrographs of human SSU processomes - Dataset 5 [micrographs - single frame] Data #12: Aligned and averaged micrographs of human SSU processomes - Dataset 6 [micrographs - single frame]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
|
-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 L0L1L2
#1: RNA鎖 | 分子量: 1166881.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1212788588 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 604234.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 151415227 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 70017.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 37551 |
-40S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 L3L4L5L6L7L8L9LALCLDLFLGNFNGNMNONPNQNUSR
#4: タンパク質 | 分子量: 12671.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#5: タンパク質 | 分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701 |
#6: タンパク質 | 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782 |
#7: タンパク質 | 分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753 |
#8: タンパク質 | 分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081 |
#9: タンパク質 | 分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241 |
#10: タンパク質 | 分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781 |
#11: タンパク質 | 分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398 |
#12: タンパク質 | 分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249 |
#13: タンパク質 | 分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280 |
#14: タンパク質 | 分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847 |
#15: タンパク質 | 分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857 |
#35: タンパク質 | 分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277 |
#36: タンパク質 | 分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263 |
#40: タンパク質 | 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247 |
#41: タンパク質 | 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244 |
#42: タンパク質 | 分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019 |
#43: タンパク質 | 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677 |
#47: タンパク質 | 分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708 |
#61: タンパク質 | 分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266 |
-WD repeat-containing protein ... , 5種, 6分子 LHLKLLLQLTLW
#16: タンパク質 | 分子量: 94609.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IWA0 | ||||||
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#19: タンパク質 | 分子量: 74985.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15061 #24: タンパク質 | | 分子量: 106248.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNX4 #27: タンパク質 | | 分子量: 105443.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NI36 #29: タンパク質 | | 分子量: 68189.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15213 |
-Nucleolar protein ... , 6種, 6分子 LINDNHSASBST
#17: タンパク質 | 分子量: 73444.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#34: タンパク質 | 分子量: 29483.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UMY1 |
#37: タンパク質 | 分子量: 127748.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H6R4 |
#49: タンパク質 | 分子量: 66160.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00567 |
#50: タンパク質 | 分子量: 59686.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2X3 |
#63: タンパク質 | 分子量: 68259.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
-U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 5種, 5分子 LJLNLPLSSS
#18: タンパク質 | 分子量: 58503.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TED0 |
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#21: タンパク質 | 分子量: 76993.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969X6 |
#23: タンパク質 | 分子量: 70297.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYH9 |
#26: タンパク質 | 分子量: 62097.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5J1 |
#62: タンパク質 | 分子量: 88129.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BVJ6 |
+タンパク質 , 26種, 29分子 LMLOLRLULYNBNINLNRNSNTNVSCSDSESFSGSHSISJSKSLSPSQSUSWSXSYSZ
-U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 3種, 3分子 LZNASM
#31: タンパク質 | 分子量: 21889.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NV31 |
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#32: タンパク質 | 分子量: 78988.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00566 |
#58: タンパク質 | 分子量: 33818.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96G21 |
-非ポリマー , 5種, 71分子
#69: 化合物 | ChemComp-MG / #70: 化合物 | ChemComp-ATP / | #71: 化合物 | #72: 化合物 | ChemComp-GTP / | #73: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human SSU processome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#68 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 5 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 0.01 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 84904 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 9297626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 459775 詳細: 15 focused maps were reconstructed in RELION 3.1 and then assembled into a unique composite map using phenix.combine_focused_maps. Two half maps were generated using each half map from the focused refinement. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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