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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wyj | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / 90S / pre-ribosome / protein-RNA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / box H/ACA snoRNA binding / RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / CURI complex / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / nuclear microtubule ...regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / box H/ACA snoRNA binding / RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / CURI complex / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / nuclear microtubule / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / box C/D sno(s)RNA binding / regulation of rRNA processing / septum digestion after cytokinesis / histone H2AQ104 methyltransferase activity / snRNA binding / RNA folding chaperone / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rDNA heterochromatin / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription by RNA polymerase I / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / tRNA export from nucleus / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / rRNA base methylation / SUMOylation of RNA binding proteins / U4 snRNA binding / protein localization to nucleolus / O-methyltransferase activity / 90S preribosome assembly / mTORC1-mediated signalling / rRNA methylation / Protein hydroxylation / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / precatalytic spliceosome / Ribosomal scanning and start codon recognition / snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / establishment of cell polarity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 90S preribosome / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / ribosomal small subunit export from nucleus / RNA endonuclease activity / nuclear periphery / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / spliceosomal complex / small-subunit processome / translational initiation / enzyme activator activity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / mRNA splicing, via spliceosome / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / unfolded protein binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic translation / protein ubiquitination 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Ye, K. / Zhu, X. / Sun, Q. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular architecture of the 90S small subunit pre-ribosome. 著者: Qi Sun / Xing Zhu / Jia Qi / Weidong An / Pengfei Lan / Dan Tan / Rongchang Chen / Bing Wang / Sanduo Zheng / Cheng Zhang / Xining Chen / Wei Zhang / Jing Chen / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye / ![]() 要旨: Eukaryotic small ribosomal subunits are first assembled into 90S pre-ribosomes. The complete 90S is a gigantic complex with a molecular mass of approximately five megadaltons. Here, we report the ...Eukaryotic small ribosomal subunits are first assembled into 90S pre-ribosomes. The complete 90S is a gigantic complex with a molecular mass of approximately five megadaltons. Here, we report the nearly complete architecture of 90S determined from three cryo-electron microscopy single particle reconstructions at 4.5 to 8.7 angstrom resolution. The majority of the density maps were modeled and assigned to specific RNA and protein components. The nascent ribosome is assembled into isolated native-like substructures that are stabilized by abundant assembly factors. The 5' external transcribed spacer and U3 snoRNA nucleate a large subcomplex that scaffolds the nascent ribosome. U3 binds four sites of pre-rRNA, including a novel site on helix 27 but not the 3' side of the central pseudoknot, and crucially organizes the 90S structure. The 90S model provides significant insight into the principle of small subunit assembly and the function of assembly factors. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6695MC ![]() 6696C ![]() 6697C ![]() 5wwnC ![]() 5wwoC ![]() 5wxlC ![]() 5wxmC ![]() 5wy3C ![]() 5wykC ![]() 5wylC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 3A5ASA
#1: RNA鎖 | 分子量: 106503.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
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#7: RNA鎖 | 分子量: 225543.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1262303 |
#34: RNA鎖 | 分子量: 583636.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 874346701 |
+タンパク質 , 24種, 27分子 3B3C3G3HAAABACADAFAGBAE1E2E3E4K1MCP1R1R2S1SgU1U2U3U4UC
-Nucleolar protein ... , 2種, 2分子 3D3E
#3: タンパク質 | 分子量: 56961.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12460 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 57060.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12499 |
-Ribosomal RNA-processing protein ... , 2種, 2分子 3FCA
#5: タンパク質 | 分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06506 |
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#21: タンパク質 | 分子量: 34526.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25368 |
-U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 6種, 6分子 AEBBBCBDBECB
#12: タンパク質 | 分子量: 173592.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P42945 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 106481.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12220 |
#18: タンパク質 | 分子量: 91132.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05946 |
#19: タンパク質 | 分子量: 66494.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40362 |
#20: タンパク質 | 分子量: 104927.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06078 |
#22: タンパク質 | 分子量: 140660.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53254 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 B1U5
#15: タンパク質 | 分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08965 |
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#58: タンパク質 | 分子量: 31668.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36144 |
-U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 2種, 2分子 MAMB
#27: タンパク質 | 分子量: 21928.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32899 |
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#28: タンパク質 | 分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53941 |
-40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 SCSFSGSHSISJSKSMSNSOSPSRSXSYSZScSdSf
#35: タンパク質 | 分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442 |
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#36: タンパク質 | 分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35 |
#37: タンパク質 | 分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783 |
#38: タンパク質 | 分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37 |
#39: タンパク質 | 分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786 |
#40: タンパク質 | 分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39 |
#41: タンパク質 | 分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516 |
#42: タンパク質 | 分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47 |
#43: タンパク質 | 分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48589 |
#44: タンパク質 | 分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756 |
#45: タンパク質 | 分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06367 |
#46: タンパク質 | 分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51 |
#47: タンパク質 | 分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W1 |
#48: タンパク質 | 分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29 |
#49: タンパク質 | 分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31 |
#50: タンパク質 | 分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997 |
#51: タンパク質 | 分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9 |
#52: タンパク質 | 分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX33 |
-Helical domain ... , 2種, 2分子 UAUB
#59: タンパク質 | 分子量: 137462.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
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#60: タンパク質 | 分子量: 84015.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
-詳細
Has protein modification | Y |
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配列の詳細 | (1) For chains AA, AB, AC, AD, AF, AG, E4, S1, U1, U2 and U3, The authors know the sequences, but ...(1) For chains AA, AB, AC, AD, AF, AG, E4, S1, U1, U2 and U3, The authors know the sequences, but they was unable to assign the sequences to the coordinates. The correct sequences are as follows. chain AA (UNP Q06679 1-776) MSSSLLSVLK |