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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m2y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Closed conformation of the Yeast wild-type gamma-TuRC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / microtubule nucleation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-tubulin complex localization to nuclear side of mitotic spindle pole body / protein localization to mitotic spindle pole body / inner plaque of spindle pole body / microtubule nucleation by spindle pole body / outer plaque of spindle pole body / central plaque of spindle pole body / gamma-tubulin small complex / regulation of microtubule nucleation / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle elongation ...gamma-tubulin complex localization to nuclear side of mitotic spindle pole body / protein localization to mitotic spindle pole body / inner plaque of spindle pole body / microtubule nucleation by spindle pole body / outer plaque of spindle pole body / central plaque of spindle pole body / gamma-tubulin small complex / regulation of microtubule nucleation / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle elongation / equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin complex / positive regulation of microtubule nucleation / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / positive regulation of cytoplasmic translation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / mitotic sister chromatid segregation / spindle assembly / meiotic cell cycle / cytoplasmic microtubule organization / mitotic spindle organization / structural constituent of cytoskeleton / spindle pole / spindle / mitotic cell cycle / protein-containing complex assembly / microtubule / calmodulin binding / cytoskeleton / protein-containing complex binding / GTP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Brilot, A.F. / Lyon, A.S. / Zelter, A. / Viswanath, S. / Maxwell, A. / MacCoss, M.J. / Muller, E.G. / Sali, A. / Davis, T.N. / Agard, D.A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 13件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: CM1-driven assembly and activation of yeast γ-tubulin small complex underlies microtubule nucleation. 著者: Axel F Brilot / Andrew S Lyon / Alex Zelter / Shruthi Viswanath / Alison Maxwell / Michael J MacCoss / Eric G Muller / Andrej Sali / Trisha N Davis / David A Agard / 要旨: Microtubule (MT) nucleation is regulated by the γ-tubulin ring complex (γTuRC), conserved from yeast to humans. In , γTuRC is composed of seven identical γ-tubulin small complex (γTuSC) sub- ...Microtubule (MT) nucleation is regulated by the γ-tubulin ring complex (γTuRC), conserved from yeast to humans. In , γTuRC is composed of seven identical γ-tubulin small complex (γTuSC) sub-assemblies, which associate helically to template MT growth. γTuRC assembly provides a key point of regulation for the MT cytoskeleton. Here, we combine crosslinking mass spectrometry, X-ray crystallography, and cryo-EM structures of both monomeric and dimeric γTuSCs, and open and closed helical γTuRC assemblies in complex with Spc110p to elucidate the mechanisms of γTuRC assembly. γTuRC assembly is substantially aided by the evolutionarily conserved CM1 motif in Spc110p spanning a pair of adjacent γTuSCs. By providing the highest resolution and most complete views of any γTuSC assembly, our structures allow phosphorylation sites to be mapped, surprisingly suggesting that they are mostly inhibitory. A comparison of our structures with the CM1 binding site in the human γTuRC structure at the interface between GCP2 and GCP6 allows for the interpretation of significant structural changes arising from CM1 helix binding to metazoan γTuRC. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7m2y.cif.gz | 425.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7m2y.ent.gz | 341.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7m2y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7m2y_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7m2y_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7m2y_validation.xml.gz | 73.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7m2y_validation.cif.gz | 109.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m2y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52671.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TUB4, YLR212C, L8167.21 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53378 #2: タンパク質 | | 分子量: 98336.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPC98, YNL126W, N1222, N1879 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53540 #3: タンパク質 | | 分子量: 96940.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPC97, YHR172W / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P38863 #4: タンパク質 | | 分子量: 25449.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPC110, NUF1, XCM1, YDR356W, D9476.3 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P32380 #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Closed conformation of the Yeast wild-type gamma-TuRC タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞内の位置: Spindle Pole Body / Organelle: Nucleus | ||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: SF9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Whatman #1 Filter papers used. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 47214 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 75 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Final reconstruction in cisTEM / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 0 ° / 軸方向距離/サブユニット: 0.01 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 28753 詳細: Boxed approximately every 3 asymmetric units using a rise of 21 Angstroms, with a box size of 600 physical pixels (635.4A). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20420 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 130 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL |