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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ye1 | ||||||
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タイトル | Human Ecto-5'-nucleotidase (CD73) in complex with the AMPCP derivative A894 (compound 2n in publication) in the closed form (crystal form IV) | ||||||
要素 | 5'-nucleotidase5'-ヌクレオチダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / competitive nucleotide inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / GMP 5'-nucleotidase activity / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / ニコチン酸 / Purine catabolism / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / DNA metabolic process / leukocyte cell-cell adhesion / response to ATP / response to inorganic substance / calcium ion homeostasis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / 細胞膜 / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
Model details | The compound is a competitive non-nucleotide inhibitor binding to the active site | ||||||
データ登録者 | Scaletti, E. / Strater, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Discovery of Potent and Selective Methylenephosphonic Acid CD73 Inhibitors. 著者: Sharif, E.U. / Kalisiak, J. / Lawson, K.V. / Miles, D.H. / Newcomb, E. / Lindsey, E.A. / Rosen, B.R. / Debien, L.P.P. / Chen, A. / Zhao, X. / Young, S.W. / Walker, N.P. / Strater, N. / ...著者: Sharif, E.U. / Kalisiak, J. / Lawson, K.V. / Miles, D.H. / Newcomb, E. / Lindsey, E.A. / Rosen, B.R. / Debien, L.P.P. / Chen, A. / Zhao, X. / Young, S.W. / Walker, N.P. / Strater, N. / Scaletti, E.R. / Jin, L. / Xu, G. / Leleti, M.R. / Powers, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ye1.cif.gz | 432.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ye1.ent.gz | 356.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ye1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6ye1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6ye1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59260.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21589, 5'-ヌクレオチダーゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1mM of compound, 0.1 mM ZnCl2, 11-14% PEG6000, 100 mM sodium citrate pH 5.4-5.6, 15% glycerol for cryo PH範囲: 5.4-5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.66→46.52 Å / Num. obs: 34420 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.531 % / Biso Wilson estimate: 45.71 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.253 / Rrim(I) all: 0.275 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 6.99 / Num. measured all: 224786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4H2I 解像度: 2.66→46.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU R Cruickshank DPI: 2.594 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.355 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.354
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原子変位パラメータ | Biso max: 147.12 Å2 / Biso mean: 58.63 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.66→46.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.66→2.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | T11: 0.304 Å2 / T22: -0.304 Å2 / T33: -0.304 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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