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- PDB-6s7h: Human CD73 (5'-nucleotidase) in complex with PSB12489 (an AOPCP d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s7h
タイトルHuman CD73 (5'-nucleotidase) in complex with PSB12489 (an AOPCP derivative) in the closed state
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / nucleotide analog / eN / 5NT / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KYW / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pippel, J. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSTR 477/13-2 ドイツ
引用ジャーナル: Adv Ther / 年: 2019
タイトル: X-Ray Co-Crystal Structure Guides the Way to Subnanomolar Competitive Ecto-5'-Nucleotidase (CD73) Inhibitors for Cancer Immunotherapy
著者: Bhattarai, S. / Pippel, J. / Meyer, A. / Freundlieb, M. / Schmies, C. / Abdelrahman, A. / Fiene, A. / Lee, S.Y. / Zimmermann, H. / El-Tayeb, A. / Yegutkin, G.G. / Strater, N. / Muller, C.E.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0255
ポリマ－59,2901
非ポリマー7354
水5,549308
1
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,05010
ポリマ－118,5812
非ポリマー1,4698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area2700 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area40360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.830, 95.800, 233.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-998-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 59290.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21589, 5'-nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-KYW / (N6,N6)-methyl,benzyl-C2-chloro-(alpha,beta)-methylene-ADP


分子量: 563.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24ClN5O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystallization buffer: 5 % (w/v) polyethylene glycol 6000, 0.1 M citric acid pH 5.0-6.0. Crystallization drop:1 uL crystallization buffer + 1 uL of 3 mg/mL protein in 10 mM Tris pH 8.0, 100 ...詳細: Crystallization buffer: 5 % (w/v) polyethylene glycol 6000, 0.1 M citric acid pH 5.0-6.0. Crystallization drop:1 uL crystallization buffer + 1 uL of 3 mg/mL protein in 10 mM Tris pH 8.0, 100 uM ZnCl2, 1 mM Inhibitor. Cryobuffer: 25 % (v/v) polyethylene glycol 200, 0.1 MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→29.2 Å / Num. obs: 49414 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 35.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 334547 / Scaling rejects: 31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.85-1.8963.640.631870.2851.6023.98699.8
9.06-29.26.40.01950010.0080.02197.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSNovember 3, 2014データ削減
Aimless0.2.8データスケーリング
BUSTER2.10.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
BUSTER2.10.1精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4h2i

4h2i


解像度: 1.85→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9479 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9438 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.112
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1989 1271 2.58 %RANDOM
Rwork0.1807 ---
obs0.1812 49340 94.75 %-
原子変位パラメータBiso max: 211.48 Å2 / Biso mean: 56.28 Å2 / Biso min: 22.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.836 Å20 Å20 Å2
2---10.9972 Å20 Å2
3---10.1612 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.339 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4041 0 60 308 4409
Biso mean--48.08 52.65 -
残基数----519
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1876SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1233HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8307HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion543SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9279SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8307HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15048HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.17
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 113 2.97 %
Rwork0.2248 3687 -
all0.2251 3800 -
obs--94.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2598-0.63850.51411.4142-0.97365.9530.09730.15310.04780.1096-0.057-0.0552-0.9274-0.0015-0.0402-0.02080.0320.0355-0.1656-0.034-0.1446-21.18421.4391-16.072
21.2015-0.0830.35680.96721.19098.3667-0.11520.210.0259-0.07490.3252-0.1195-0.81620.7427-0.21-0.2579-0.04590.0907-0.0956-0.0533-0.3347-18.335918.9203-47.9602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|26 - 335}A26 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2{A|336 - 549}A336 - 549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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