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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y1j | ||||||
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タイトル | 14-3-3 sigma in complex with IkappaBalpha pS63 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 sigma / IkBa / Nf-kB (NF-κB) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 I-kappaB/NF-kappaB complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / negative regulation of myeloid cell differentiation / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / molecular sequestering activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / SUMOylation of immune response proteins / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / transcription regulator inhibitor activity ...I-kappaB/NF-kappaB complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / negative regulation of myeloid cell differentiation / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / molecular sequestering activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / SUMOylation of immune response proteins / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / transcription regulator inhibitor activity / interleukin-1-mediated signaling pathway / cellular response to cold / toll-like receptor 4 signaling pathway / nuclear localization sequence binding / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / response to exogenous dsRNA / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated NF-kB activation / response to muramyl dipeptide / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / NF-kappaB binding / phosphoserine residue binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of cholesterol efflux / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / canonical NF-kappaB signal transduction / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Notchシグナリング / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to muscle stretch / positive regulation of protein metabolic process / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / NF-kB is activated and signals survival / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Activation of NF-kappaB in B cells / B cell receptor signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of inflammatory response / Interleukin-1 signaling / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.127 Å | ||||||
データ登録者 | Wolter, M. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Omega / 年: 2020 タイトル: Interaction of an I kappa B alpha Peptide with 14-3-3. 著者: Wolter, M. / Santo, D.L. / Herman, P. / Ballone, A. / Centorrino, F. / Obsil, T. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y1j.cif.gz | 122.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y1j.ent.gz | 94 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y1j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y1j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4fr3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP
#1: タンパク質 | 分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1676.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25963 |
-非ポリマー , 5種, 345分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.095 M Na-HEPES pH 7.1, 27% PEG400, 0.19 M Calcium chloride, 5% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.127→45.492 Å / Num. obs: 108705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 9.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4fr3 解像度: 1.127→45.492 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.36
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.59 Å2 / Biso mean: 14.9916 Å2 / Biso min: 2.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.127→45.492 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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