[日本語] English
万見
- PDB-6qtp: 2.37A structure of gepotidacin with S.aureus DNA gyrase and uncle... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qtp
タイトル2.37A structure of gepotidacin with S.aureus DNA gyrase and uncleaved DNA
要素
  • (DNA gyrase subunit ...DNAジャイレース) x 2
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Inhibitor / DNA (デオキシリボ核酸) / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / 染色体 / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JHN / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Bax, B.D.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2019
タイトル: Mechanistic and Structural Basis for the Actions of the Antibacterial Gepotidacin against Staphylococcus aureus Gyrase.
著者: Gibson, E.G. / Bax, B. / Chan, P.F. / Osheroff, N.
履歴
登録2019年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id / _pdbx_refine_tls_group.pdbx_refine_id / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
A: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,35512
ポリマ－168,5866
非ポリマー7706
水10,845602
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20900 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area55310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.341, 123.653, 94.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA gyrase subunit ... , 2種, 4分子 BDAC

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B / DNAジャイレース


分子量: 22605.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit A / DNAジャイレース


分子量: 55537.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 1種, 2分子 EF

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 6149.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 608分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-JHN / (3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)piperidin-1-yl]methyl]-1,4,7-triazatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-6,8(12),9-triene-5,11-dione / Gepotidacin


分子量: 448.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.1
詳細: 1ul preciptant solution and 0.7uls complex microbatch under paraffin oil. Precipitant is 9% PEG 5000MME, 80mM BisTris pH 6.1. Complex is 0.055mM dimer of S.aureus B27A56 (=0.11mM monomer), 0. ...詳細: 1ul preciptant solution and 0.7uls complex microbatch under paraffin oil. Precipitant is 9% PEG 5000MME, 80mM BisTris pH 6.1. Complex is 0.055mM dimer of S.aureus B27A56 (=0.11mM monomer), 0.16mM duplex DNA (=0.32mM single strand), 60mM Na2SO4, 3mM MnCl2, 18mM Hepes, pH 7.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.584
11H, -K, -H-L20.416
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 66745 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 2.37→49.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.635 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.049
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22388 3535 5 %RANDOM
Rwork0.1829 ---
obs0.18503 66745 98.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.87 Å20 Å2-2.95 Å2
2--47.77 Å20 Å2
3----23.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.37→49.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10289 785 47 602 11723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01211948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8111.59816409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.69851415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.39621.328640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.338151904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.88115113
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9454.5045554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5856.7496995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8614.4176394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0684.50354231
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.368→2.43 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 179 -
Rwork0.293 4212 -
obs--82.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79360.203-0.55410.9921-0.22721.23520.01640.01850.1523-0.0647-0.0568-0.01930.07590.03360.04040.0710.0112-0.0140.0289-0.04450.12940.060964.03319.7517
20.33350.0413-0.01360.2756-0.02140.3249-0.0204-0.008-0.0502-0.01220.01830.0032-0.0272-0.01010.00210.08780.00650.00120.0034-0.00050.139524.976332.9809-4.0962
32.6782-1.1889-0.55031.0976-0.41890.88680.03920.10480.05850.05470.02690.0293-0.0805-0.1077-0.06610.17140.00190.01010.0328-0.01690.049724.219937.4189-35.7976
42.28180.6555-0.93360.7536-0.15840.6805-0.06210.01530.0529-0.1143-0.06710.00490.025-0.03770.12920.13020.02570.00230.0844-0.00590.085240.48943.3617-48.9589
51.7411-0.0920.53651.56870.58360.4144-0.0126-0.07870.2285-0.0254-0.0272-0.02590.0119-0.04130.03980.089-0.0125-0.02620.0303-0.01520.164220.235858.761714.4172
61.36550.1947-0.05210.69760.0210.37-0.0106-0.071-0.1539-0.01580.01020.0284-0.0244-0.03110.00040.11240.0089-0.00220.01710.04460.150957.337317.557719.4652
70.44650.076-0.08820.44740.03870.259-0.0290.04740.0172-0.04040.0078-0.0066-0.00930.00070.02120.09850.0048-0.01190.01530.01150.11873.006748.868-3.8575
82.4347-0.71782.20092.3710.34652.44960.0690.09450.1182-0.051-0.1018-0.18540.03790.05710.03280.131-0.02050.04260.13970.01540.028473.623745.2863-35.9973
91.57290.44330.13720.69690.79521.02080.03490.19760.0463-0.0070.0318-0.0517-0.0324-0.0203-0.06670.11020.020.0070.07630.0240.046957.223738.2614-48.9859
101.82231.13990.02891.6505-0.8990.9022-0.0309-0.0634-0.2036-0.08490.0167-0.13170.0393-0.05540.01410.12590.0121-0.00110.00690.00580.178477.381222.838914.1965
111.7510.1859-0.10590.340.12991.1476-0.1141-0.1241-0.0258-0.07310.0493-0.02930.10180.13390.06490.08210.01940.02490.03310.00350.10132.715441.692116.4955
120.62060.1629-0.76570.1397-0.11691.12910.0043-0.03880.0134-0.0233-0.01940.0762-0.1246-0.0340.01510.11160.049-0.00770.07290.00720.135665.202140.072716.4208
131.22220.6555-0.02471.45450.051.00840.0728-0.145-0.21810.38060.053-0.17880.1774-0.0351-0.12580.15920.0095-0.04590.06820.06040.127526.096913.973522.6519
140.75180.40940.12130.38170.16830.4050.0872-0.07750.0230.20590.01080.02030.04470.0373-0.09810.20820.0326-0.01550.02910.01120.138971.346368.46523.184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B417 - 608
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 244
3X-RAY DIFFRACTION2A328 - 369
4X-RAY DIFFRACTION2A461 - 490
5X-RAY DIFFRACTION3A370 - 379
6X-RAY DIFFRACTION3A445 - 460
7X-RAY DIFFRACTION4A380 - 444
8X-RAY DIFFRACTION5A12 - 28
9X-RAY DIFFRACTION5B612 - 637
10X-RAY DIFFRACTION6D417 - 608
11X-RAY DIFFRACTION7C29 - 244
12X-RAY DIFFRACTION7C328 - 369
13X-RAY DIFFRACTION7C461 - 490
14X-RAY DIFFRACTION8C370 - 379
15X-RAY DIFFRACTION8C445 - 460
16X-RAY DIFFRACTION9C380 - 444
17X-RAY DIFFRACTION10C12 - 28
18X-RAY DIFFRACTION10D612 - 637
19X-RAY DIFFRACTION11E2 - 10
20X-RAY DIFFRACTION11F11 - 19
21X-RAY DIFFRACTION12E11 - 19
22X-RAY DIFFRACTION12F2 - 10
23X-RAY DIFFRACTION13A245 - 327
24X-RAY DIFFRACTION14C245 - 327

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る