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- PDB-6ona: Crystal structure of Influenza hemagglutinin from strain A/Hickox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ona
タイトルCrystal structure of Influenza hemagglutinin from strain A/Hickox/JY2/1940
要素Hemagglutininヘマグルチニン
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Inflenza hemagglutinin / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Envelope glycoprotein / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural characterisation of hemagglutinin from seven Influenza A H1N1 strains reveal diversity in the C05 antibody recognition site.
著者: Ghafoori, S.M. / Petersen, G.F. / Conrady, D.G. / Calhoun, B.M. / Stigliano, M.Z.Z. / Baydo, R.O. / Grice, R. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Forwood, J.K.
履歴
登録2019年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年5月24日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,61832
ポリマ－182,1713
非ポリマー5,44629
水11,746652
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19720 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area58400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.560, 102.250, 160.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-792-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 60723.797 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 18-509 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hickox/1940 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hickox/1940 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: InvbQ.18715.a / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q0HD60, UniProt: M1E1E4

-
糖 , 3種, 15分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 666分子

#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 uL 9.5 mg/mL SEC-purified InvbQ.18715.a.KN11.PD38349 in 2 5 mM Tris, pH 8.5, 150 mM sodium chloride + 0.1 uL mother liquor (0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.1 M magnesium chloride, 34% ...詳細: 0.1 uL 9.5 mg/mL SEC-purified InvbQ.18715.a.KN11.PD38349 in 2 5 mM Tris, pH 8.5, 150 mM sodium chloride + 0.1 uL mother liquor (0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.1 M magnesium chloride, 34% PEG400), flash-frozen, crystal ID 308018c7 data set les6-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月21日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.388 Å / Num. obs: 127783 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.18 % / Biso Wilson estimate: 38.193 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 12.85 / Num. measured all: 661978 / Scaling rejects: 75
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-25.3010.8752.1394500.8060.97499.9
2-2.065.3030.6832.7191830.8520.76100
2.06-2.125.2950.5343.4289240.8930.59599.9
2.12-2.185.2840.4514.0687130.930.502100
2.18-2.255.2840.3614.9784030.9490.402100
2.25-2.335.2650.2925.9381620.9650.32599.9
2.33-2.425.2670.2576.7378420.9710.286100
2.42-2.525.2330.1998.2775370.9830.22199.9
2.52-2.635.2120.1639.8472710.9880.18199.9
2.63-2.765.1430.12611.7869920.9930.14199.9
2.76-2.915.0910.09814.5665260.9950.10999.8
2.91-3.085.0410.08317.0762570.9950.09399.7
3.08-3.34.9860.06521.0858610.9960.07399.6
3.3-3.564.9180.05224.8354760.9980.05999.5
3.56-3.94.9430.04329.3250000.9980.04899.4
3.9-4.364.9910.03832.3445800.9990.04399.7
4.36-5.035.1190.03335.0540390.9990.03699.9
5.03-6.175.1970.03135.2234120.9990.034100
6.17-8.725.1490.02936.2326580.9990.032100
8.72-45.3884.8840.02638.5914970.9980.02998.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_3409精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MYA

6mya


解像度: 1.95→45.388 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 2048 1.6 %
Rwork0.193 125641 -
obs0.1936 127689 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.4 Å2 / Biso mean: 43.8077 Å2 / Biso min: 16.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→45.388 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11173 0 344 654 12171
Biso mean--68.04 44.02 -
残基数----1444
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.99540.391100.338683388448100
1.9954-2.04530.35241350.309783718506100
2.0453-2.10060.27371380.276383228460100
2.1006-2.16240.31731360.254683488484100
2.1624-2.23220.25641210.243983758496100
2.2322-2.3120.25531060.225983798485100
2.312-2.40450.291580.221184058563100
2.4045-2.51390.24261390.217983308469100
2.5139-2.64650.27571540.214983378491100
2.6465-2.81230.24381430.207983268469100
2.8123-3.02940.24281660.204483568522100
3.0294-3.33410.24491460.194183778523100
3.3341-3.81640.21031440.1658363850799
3.8164-4.80740.17221190.135984488567100
4.8074-45.40060.17521330.168985668699100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68290.13691.50140.1504-0.08820.70130.30170.5405-0.792-0.11760.02430.02220.20510.2533-0.33250.30890.0805-0.13010.3975-0.17920.602610.5169-47.956626.0108
23.5787-0.60880.34831.3157-0.45292.0043-0.0483-0.24450.16760.06580.0073-0.0671-0.09620.0670.04720.22350.067-0.10860.2737-0.12350.515747.7798-42.533449.1847
34.94250.98491.73060.24110.40840.67330.20870.635-0.1705-0.1856-0.14620.02850.09580.0693-0.0480.30330.1154-0.12720.4818-0.13120.601728.25-44.811731.1814
41.88350.31451.71960.72210.43372.6510.17310.259-0.2645-0.158-0.00650.0920.1410.0703-0.17430.22890.031-0.09120.2447-0.07370.4864-5.1393-40.123922.668
53.5486-1.12982.08290.5807-0.37712.8619-0.18420.26540.2451-0.6573-0.29040.4475-0.7241-0.35320.4250.80880.0768-0.50280.5991-0.17390.8911-29.68-39.2649-3.2908
62.72040.95432.01970.42860.45091.8026-0.30110.25060.3915-0.18940.04660.108-0.28070.11190.28950.23580.0271-0.06750.25130.01370.45786.478-10.19230.7828
72.80570.67861.11231.63670.45262.21250.07590.0087-0.3080.19330.0104-0.32090.07290.144-0.06240.2169-0.0198-0.07110.1742-0.01490.516940.4228-11.428960.4245
82.72920.91583.71830.36241.36535.3379-0.0352-0.0310.35470.023-0.02160.039-0.1715-0.08830.03270.17530.0041-0.00980.2011-0.01510.472918.4805-6.726846.0476
93.0571-0.40691.63671.0651-0.49741.7665-0.05170.15170.1067-0.20380.09170.3033-0.0733-0.1613-0.01940.20890.0179-0.07060.21160.00840.3857-12.2928-18.294723.8744
101.0839-0.4221.30980.343-0.1331.66150.0645-0.2995-0.1249-0.00710.02980.0850.0144-0.4891-0.10070.1889-0.0411-0.02520.42150.01710.5075-18.776-32.372348.2513
117.62053.11826.61461.38493.05856.88780.1065-0.75330.09330.3102-0.16220.3120.1499-0.55150.06230.2873-0.0575-0.03410.34670.01640.451311.3963-37.77774.1705
123.5277-0.14170.93571.918-0.20342.12830.0498-0.3643-0.19680.3601-0.1742-0.2725-0.13250.270.04390.2858-0.104-0.10370.37640.10420.40430.0849-38.783977.0266
134.7562-0.49151.80991.346-0.23321.71870.1462-0.0283-0.31420.0653-0.15590.07820.0180.16250.00160.2398-0.0712-0.03210.20660.05630.34514.4442-42.264568.5329
143.03860.21351.22770.48290.04561.13430.0985-0.0941-0.1235-0.007-0.00050.13260.0339-0.2746-0.09070.16680.0095-0.04020.2379-0.01160.4236-15.9162-33.202739.739
157.00823.01120.67013.6732-0.37492.4207-0.48241.8555-0.2853-0.6820.4814-0.2475-0.044-0.60170.01840.367-0.1005-0.11631.1069-0.12730.6841-47.0296-39.431819.3191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 80 )A2 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 254 )A81 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 255 through 284 )A255 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 285 through 461 )A285 - 461
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 462 through 488 )A462 - 488
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 80 )B2 - 80
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 81 through 254 )B81 - 254
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 255 through 284 )B255 - 284
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 285 through 491 )B285 - 491
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 2 through 55 )C2 - 55
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 56 through 88 )C56 - 88
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 89 through 236 )C89 - 236
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 237 through 288 )C237 - 288
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 289 through 455 )C289 - 455
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 456 through 491 )C456 - 491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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