PDB-4k62: Structure of an avian influenza H5 hemagglutinin from the influen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k62

タイトル

Structure of an avian influenza H5 hemagglutinin from the influenza virus A/Indonesia/5/2005

要素

(Hemagglutinin) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / virus attachment / membrane fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.502 Å

データ登録者

Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: An airborne transmissible avian influenza H5 hemagglutinin seen at the atomic level.
著者: Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.

履歴

登録	2013年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2022年8月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4k62_full_validation.pdf.gz	538 KB	表示
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CIF形式データ	4k62_validation.cif.gz	99.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k63C 4k64C 4k65C 4k66C 4k67C 2fk0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k64-4 4kdq-d 4k66-1 4k65-1 4k66-2 4k65-2 4k65-4 3zp0-1 6ona-d 1rvz-2 3zpb-1 4cqw-d 1jso-2 3znm-d 4k63-2 4yyb-1 4k67-4 4k64-2 4yy0-d 4juj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

ヘテロ分子

221 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 6 ポリマー
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2

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

ヘテロ分子

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

ヘテロ分子

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 6 ポリマー
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3

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 6 ポリマー
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4

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.507, 70.507, 489.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-714- HOH
2	1	A-782- HOH
3	1	B-503- HOH
4	1	B-522- HOH
5	1	H-504- HOH

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 36193.895 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 17-326 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主:

TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8HWY8

#2: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 18910.838 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 347-510 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主:

TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8HWY8

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 2000 MME, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin	タイプ: merohedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.41
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 85842 / Num. obs: 85842 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FK0

2fk0

解像度: 2.502→48.887 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7749 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2793	4284	4.99 %	RANDOM
R_work	0.2355	-	-	-
all	0.2377	85804	-	-
obs	0.2377	85804	91.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.86 Å² / B_iso mean: 34.2871 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.502→48.887 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15476	0	28	373	15877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	15886
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	21482
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.858	5848
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	2288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2814

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.502-2.5304	0.3616	105	0.3067	2339	77
2.5304-2.5602	0.3285	134	0.3001	2745	94
2.5602-2.5914	0.3782	144	0.2984	2878	93
2.5914-2.6242	0.3351	172	0.2827	2748	94
2.6242-2.6587	0.3646	141	0.289	2763	94
2.6587-2.6951	0.3231	126	0.2686	2849	94
2.6951-2.7336	0.3401	136	0.2705	2815	94
2.7336-2.7744	0.314	144	0.2759	2790	95
2.7744-2.8178	0.344	172	0.2819	2835	93
2.8178-2.864	0.3348	152	0.2614	2722	95
2.864-2.9134	0.3159	158	0.2658	2830	94
2.9134-2.9663	0.314	141	0.2564	2797	94
2.9663-3.0234	0.2843	147	0.2668	2744	93
3.0234-3.0851	0.3378	117	0.2562	2802	93
3.0851-3.1521	0.3159	150	0.2543	2736	93
3.1521-3.2255	0.312	176	0.2498	2750	91
3.2255-3.3061	0.2867	137	0.2519	2723	92
3.3061-3.3955	0.3087	145	0.2438	2772	91
3.3955-3.4954	0.2483	136	0.2472	2681	91
3.4954-3.6081	0.2754	148	0.2186	2658	91
3.6081-3.7371	0.2674	147	0.222	2753	90
3.7371-3.8866	0.2807	130	0.216	2649	89
3.8866-4.0634	0.2487	126	0.2012	2695	91
4.0634-4.2776	0.2471	159	0.1985	2629	90
4.2776-4.5454	0.2197	156	0.2009	2659	88
4.5454-4.896	0.2522	130	0.195	2635	88
4.896-5.3882	0.2609	150	0.2143	2639	89
5.3882-6.1665	0.2342	117	0.2216	2643	89
6.1665-7.7642	0.2435	147	0.2324	2689	89
7.7642-48.8967	0.2537	141	0.2313	2552	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1228	-0.0344	-0.0599	0.0516	-0.0134	0.126	0.0136	-0.2528	0.12	0.0583	-0.0026	-0.1164	-0.0591	-0.0437	0.0032	0.0456	0.0588	-0.0065	-0.1918	-0.0695	-0.0547	34.2624	84.7879	14.9571
2	-0.013	-0.0205	-0.0082	0.0204	-0.0153	0.0117	0.0548	0.051	-0.0161	-0.0192	-0.0633	0.0303	0.011	-0.0334	-0.0306	-0.6085	-0.0853	-0.0404	-0.5608	-0.0381	-0.0342	39.703	79.9276	-26.2533
3	0.0588	0.0046	0.0118	0.0108	-0.0003	0.0065	0.0277	-0.117	-0.0045	0.0705	0.0443	-0.0171	0.0141	-0.0023	0.0541	0.2229	0.0239	-0.0319	0.0913	0.0143	-0.0144	34.2568	82.6641	15.4393
4	0.0024	0.0012	-0.0069	0.0009	0.0029	0.0049	-0.0583	-0.0411	0.0271	0.0013	-0.0316	-0.0275	-0.0077	-0.0106	0	0.2662	-0.0359	-0.0127	0.3247	-0.0623	0.1466	34.3865	78.6284	54.3091
5	0.0076	-0.0085	0.008	0.0101	-0.0097	0.0068	0.0064	0.0404	0.0221	0.0786	-0.0153	-0.006	-0.0425	0.0135	-0	0.2518	-0.0325	-0.0217	0.3439	0.0214	0.0912	43.6774	76.757	41.2998
6	-0.0015	0.0034	0.0011	0.008	0.0012	0.0022	-0.0212	-0.0146	0.0123	-0.0042	0.0151	-0.0149	0.0084	0.0065	0.0001	0.1428	-0.0001	-0.0465	-0.0122	-0.0343	0.0753	35.4264	70.2782	1.3397
7	0.0328	-0.0091	0.0061	0.0327	0.0197	0.0255	-0.0377	-0.116	0.0188	0.0582	0.0178	-0.019	-0.0077	0.0197	-0.0242	0.1866	0.0949	0.037	0.1688	-0.0901	-0.1415	34.2483	67.8626	34.7063
8	0.0002	0.0012	0.0024	0.0014	0.0032	0.0055	-0.0179	0.0138	0.0022	0.007	0.0037	-0.0177	-0.0172	0.019	-0	0.4026	0.0704	-0.1056	0.4795	-0.0443	0.1596	44.6917	76.2432	68.9632
9	0.0006	-0.0012	0.0004	0.0029	0	0.0005	-0.0066	-0.0043	-0.0255	-0.0497	0.0056	0.0059	0.003	0.0077	0.0023	0.239	0.042	0.0764	0.2049	0.0552	0.0547	39.5559	82.8986	293.9492
10	0.0084	0.0263	-0.0054	0.0717	-0.0043	0.0117	0.048	-0.0792	-0.0523	0.1066	-0.0408	0.0339	0.0186	0.0267	-0.0005	0.0289	0.0536	-0.0192	-0.1593	0.0194	0.1149	35.7421	78.6046	243.2657
11	0.0081	-0.0083	0.0178	0.0233	0.0018	0.0205	0.0635	-0.0006	-0.0052	-0.0326	-0.0571	0.0659	0.0323	-0.0072	-0.0116	-0.2776	0.0149	0.0012	-0.1589	-0.0058	0.1763	29.8611	82.6535	216.4502
12	0.0047	0.007	0.0068	0.0056	0.0021	0.0067	0.0135	-0.0239	-0.0014	0.0756	0.0044	0.0184	-0.0394	0.0163	0.0052	0.2444	-0.0011	-0.0024	0.1405	-0.0094	0.0284	36.238	80.1511	260.2138
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25	0.0015	-0.0028	-0.0022	0.0031	0.0003	0.0013	-0.0209	-0.0229	0.0184	0.0119	-0.0034	-0.0014	-0.0071	-0.0124	-0	0.275	0.0466	-0.0525	0.2773	-0.0828	0.2844	60.9652	82.6942	124.3815
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33	0.001	0.0013	-0.0002	0.002	-0.0009	0.0003	0.0006	0.0054	0.0006	-0.0217	0.0022	-0.0044	0.0021	0.0038	-0	0.7892	-0.0355	0.0273	0.8143	-0.0507	0.7871	60.4237	75.5306	-109.9523
34	0.0407	-0.0183	0.0185	-0.0038	-0.0125	0.0332	-0.0007	-0.0155	-0.0107	0.0689	-0.0468	-0.0858	-0.0036	-0.0311	-0.0029	0.2763	0.0251	0.0717	0.2047	0.0088	0.1433	68.8052	74.7058	-97.0348
35	0.0015	-0.0011	-0.0035	0.0037	-0.0006	0.0044	0.0504	-0.0078	0.0502	-0.0397	0.0729	0.035	0.0227	-0.0529	-0	0.2295	0.0148	0.015	0.2249	-0.0016	0.2147	58.6402	71.9327	-52.92

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 4:85 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 86:270 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 271:324 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 335:364 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 365:393 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 394:408 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 409:471 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 472:498 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 4:23 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 24:111 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 112:270 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 271:324 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resseq 335:364 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 365:393 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 394:460 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 461:498 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resseq 4:23 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resseq 24:84 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resseq 85:111 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resseq 112:247 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resseq 248:289 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resseq 290:324 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resseq 335:371 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resseq 372:393 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resseq 394:408 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resseq 409:460 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resseq 461:498 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resseq 4:55 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resseq 56:270 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resseq 271:324 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'H' and (resseq 335:371 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resseq 372:392 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resseq 393:402 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resseq 403:460 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resseq 461:498 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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