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- PDB-2fk0: Crystal Structure of a H5N1 influenza virus hemagglutinin. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fk0
タイトルCrystal Structure of a H5N1 influenza virus hemagglutinin.
要素(hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN / MEMBRANE-FUSION PRECURSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Stevens, J. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structure and Receptor Specificity of the Hemagglutinin from an H5N1 Influenza Virus.
著者: Stevens, J. / Blixt, O. / Tumpey, T.M. / Taubenberger, J.K. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hemagglutinin
B: hemagglutinin
C: hemagglutinin
D: hemagglutinin
E: hemagglutinin
F: hemagglutinin
G: hemagglutinin
H: hemagglutinin
I: hemagglutinin
J: hemagglutinin
K: hemagglutinin
L: hemagglutinin
M: hemagglutinin
N: hemagglutinin
O: hemagglutinin
P: hemagglutinin
Q: hemagglutinin
R: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)536,73934
ポリマ－529,46218
非ポリマー7,27716
水00
1
A: hemagglutinin
B: hemagglutinin
C: hemagglutinin
D: hemagglutinin
E: hemagglutinin
F: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,35812
ポリマ－176,4876
非ポリマー2,8716
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35380 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area61450 Å2
手法PISA
2
G: hemagglutinin
H: hemagglutinin
I: hemagglutinin
J: hemagglutinin
K: hemagglutinin
L: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,19612
ポリマ－176,4876
非ポリマー2,7096
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35270 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area61420 Å2
手法PISA
3
M: hemagglutinin
N: hemagglutinin
ヘテロ分子

M: hemagglutinin
N: hemagglutinin
ヘテロ分子

M: hemagglutinin
N: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,03412
ポリマ－176,4876
非ポリマー2,5466
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
4
O: hemagglutinin
P: hemagglutinin
ヘテロ分子

O: hemagglutinin
P: hemagglutinin
ヘテロ分子

O: hemagglutinin
P: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,03412
ポリマ－176,4876
非ポリマー2,5466
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
5
Q: hemagglutinin
R: hemagglutinin

Q: hemagglutinin
R: hemagglutinin

Q: hemagglutinin
R: hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,4876
ポリマ－176,4876
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)197.943, 197.943, 134.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
51I
61K
12B
22D
32F
42H
52J
62L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA10 - 3244 - 325
21PROPROCC10 - 3244 - 325
31PROPROEE10 - 3244 - 325
41PROPROGG10 - 3244 - 325
51PROPROII10 - 3244 - 325
61PROPROKK10 - 3244 - 325
12SERSERBB1 - 1751 - 175
22SERSERDD1 - 1751 - 175
32SERSERFF1 - 1751 - 175
42SERSERHH1 - 1751 - 175
52SERSERJJ1 - 1751 - 175
62SERSERLL1 - 1751 - 175

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
hemagglutinin


分子量: 37948.020 Da / 分子数: 9 / 断片: RECEPTOR BINDING DOMAIN, HA14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A/Vietnam/1203/2004 / プラスミド: pAcGP67 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: GenBank: 50296053, UniProt: Q1KHJ8*PLUS
#2: タンパク質
hemagglutinin


分子量: 20881.104 Da / 分子数: 9 / 断片: MEMBRANE FUSION DOMAIN, HA2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A/Vietnam/1203/2004 / プラスミド: pAcGP67 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: GenBank: 58618438, UniProt: Q1KHG8*PLUS
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.55
詳細: 22% PEG 2000, 0.1M HEPES, pH 6.55, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→49.48 Å / Num. obs: 122612 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.95→3.02 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RD8

1rd8


解像度: 2.95→171.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 60.904 / SU ML: 0.51 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.518 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE CHAINS WERE RENUMBERED TO BE CONSISTENT WITH NUMBERING OF THE BIOLOGICALLY ACTIVE MOLECULE FOR WHICH THERE ARE EXISTING PDB ENTRIES FOR SIMILAR PROTEINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31873 1233 1 %RANDOM
Rwork0.26847 ---
obs0.26898 121266 98.87 %-
all-122499 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20.72 Å20 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→171.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35721 0 481 0 36202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02237110
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.95650296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.49154455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.07625.1211863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.825156336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.64315171
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.25397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0228343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.218005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.224762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.21192
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4030.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2660.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.321.522575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.536235847
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.932316295
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5824.514449
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2554tight positional0.060.05
12C2554tight positional0.060.05
13E2554tight positional0.060.05
14G2554tight positional0.060.05
15I2554tight positional0.060.05
16K2554tight positional0.060.05
21B1417tight positional0.040.05
22D1417tight positional0.040.05
23F1417tight positional0.040.05
24H1417tight positional0.030.05
25J1417tight positional0.030.05
26L1417tight positional0.040.05
11A2554tight thermal0.090.5
12C2554tight thermal0.10.5
13E2554tight thermal0.10.5
14G2554tight thermal0.090.5
15I2554tight thermal0.090.5
16K2554tight thermal0.090.5
21B1417tight thermal0.060.5
22D1417tight thermal0.060.5
23F1417tight thermal0.060.5
24H1417tight thermal0.050.5
25J1417tight thermal0.050.5
26L1417tight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 2.953→3.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 93 -
Rwork0.331 8918 -
obs--98.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.79361.63922.88812.1875-1.33769.59530.1793-0.07050.5918-0.0088-0.09920.6562-1.1152-0.7765-0.0802-0.59950.04380.1402-0.3610.0262-0.0079-79.995914.774452.7915
21.97530.58380.0472.011-0.42963.70860.0964-0.40650.29670.2806-0.140.4462-0.315-0.36940.0435-0.58330.02920.1687-0.4803-0.0664-0.1842-76.838510.12171.9665
31.3161-0.23510.26010.89820.41734.28560.11350.86060.2191-0.6510.05320.2771-0.6026-0.3028-0.1666-0.0811-0.0929-0.12950.04750.2162-0.11-70.085613.130314.725
44.0776-1.9236-1.91422.89991.18659.6554-0.03330.8687-0.3309-0.694-0.12140.5004-0.3413-0.70930.15480.6515-0.1472-0.13990.95770.27530.3038-75.76149.9313-26.6483
52.54810.92570.3712.0680.905912.1667-0.23620.1277-0.363-0.34460.23310.22081.182-0.26560.0031-0.4610.006-0.0053-0.67320.0578-0.2704-58.256-20.12751.697
62.37150.1550.42192.4256-0.02144.7843-0.0832-0.2468-0.2330.48480.0483-0.01720.25480.18480.0349-0.44950.0096-0.0204-0.75750.0471-0.3483-54.8078-15.896970.9081
71.2996-0.10010.21521.92540.57454.2081-0.06440.8033-0.1369-0.87120.11580.11850.5216-0.1328-0.0513-0.0225-0.1931-0.1053-0.0485-0.0951-0.2166-63.5628-9.092614.3661
86.77770.3444-0.85528.0634-2.167219.78870.33950.36420.1361-0.65180.0405-0.9830.8086-0.1562-0.380.8431-0.25530.07380.874-0.41270.4404-59.5467-10.9558-27.2407
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精密化 TLSグループ
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68X-RAY DIFFRACTION28MM10 - 164 - 10
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71X-RAY DIFFRACTION29OO54 - 11849 - 115
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74X-RAY DIFFRACTION31OO17 - 5311 - 47
75X-RAY DIFFRACTION31OO283 - 324284 - 325
76X-RAY DIFFRACTION31PP1 - 241 - 24
77X-RAY DIFFRACTION31PP35 - 12535 - 125
78X-RAY DIFFRACTION32OO10 - 164 - 10
79X-RAY DIFFRACTION32PP25 - 3425 - 34
80X-RAY DIFFRACTION32PP126 - 175126 - 175
81X-RAY DIFFRACTION33QQ54 - 11849 - 115
82X-RAY DIFFRACTION33QQ273 - 282274 - 283
83X-RAY DIFFRACTION34QQ119 - 272116 - 273
84X-RAY DIFFRACTION35QQ17 - 5311 - 47
85X-RAY DIFFRACTION35QQ283 - 324284 - 325
86X-RAY DIFFRACTION35RR1 - 241 - 24
87X-RAY DIFFRACTION35RR35 - 12535 - 125
88X-RAY DIFFRACTION36QQ10 - 164 - 10
89X-RAY DIFFRACTION36RR25 - 3425 - 34
90X-RAY DIFFRACTION36RR126 - 175126 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る