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- PDB-6mym: Crystal structure of hemagglutinin from influenza virus A/Phillip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mym
タイトルCrystal structure of hemagglutinin from influenza virus A/Phillipines/2/1982 (H3N2)
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza hemagglutinin crystal structure / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Dai, Y.N. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hemagglutinin from influenza virus A/Phillipines/2/1982 (H3N2)
著者: Dai, Y.N. / Fremont, D.H.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,31725
ポリマ－167,4703
非ポリマー8,84622
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24690 Å2
ΔGint87 kcal/mol
Surface area61680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.780, 187.580, 107.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31(chain C and (resid 8 through 324 or resid 334 through 502))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA8 - 712
211chain BB8 - 713
311(chain C and (resid 8 through 324 or resid 334 through 502))C8 - 324
321(chain C and (resid 8 through 324 or resid 334 through 502))C334 - 502

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 55823.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Philippines/2/1982(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Philippines/2/1982 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D8KS88
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 2.5M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→48.58 Å / Num. obs: 133433 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 58.17 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 12.6 % / Num. unique obs: 6553 / CC1/2: 0.718 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YP5

2yp5


解像度: 2.45→48.58 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 6555 4.93 %
Rwork0.227 --
obs0.2283 132930 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 252.24 Å2 / Biso mean: 84.6909 Å2 / Biso min: 37.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11515 0 581 171 12267
Biso mean--132.26 73.06 -
残基数----1459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89916865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541946
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1867355
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7139X-RAY DIFFRACTION9.5TORSIONAL
12B7139X-RAY DIFFRACTION9.5TORSIONAL
13C7139X-RAY DIFFRACTION9.5TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.47780.45692320.42153910414294
2.4778-2.5070.43552020.41884241444399
2.507-2.53760.39142180.3964125434399
2.5376-2.56970.41332240.370342734497100
2.5697-2.60350.36142310.34141984429100
2.6035-2.63920.35512310.324641984429100
2.6392-2.67690.35342070.333942014408100
2.6769-2.71680.35212120.333342164428100
2.7168-2.75930.33262150.301542574472100
2.7593-2.80450.31242300.289541864416100
2.8045-2.85290.3412290.286742254454100
2.8529-2.90470.3182260.293942074433100
2.9047-2.96060.30642210.29542574478100
2.9606-3.0210.32081990.274242204419100
3.021-3.08670.29432120.253442514463100
3.0867-3.15850.27032200.24642294449100
3.1585-3.23740.24992060.234542194425100
3.2374-3.3250.29212130.23542294442100
3.325-3.42280.23292300.21442184448100
3.4228-3.53320.23822280.224542024430100
3.5332-3.65950.2532350.219142314466100
3.6595-3.80590.24172230.2154211443499
3.8059-3.97910.22762470.20474201444899
3.9791-4.18870.21132150.18914223443899
4.1887-4.4510.20521990.17094225442499
4.451-4.79440.19852140.167742154429100
4.7944-5.27640.19672070.176942634470100
5.2764-6.03860.22772130.206542844497100
6.0386-7.60330.26132150.23142694484100
7.6033-48.59120.22842010.2134191439296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3749-1.8286-4.662.03073.29227.54070.02550.5512-0.2534-0.3713-0.45730.3203-0.0361-0.91790.38650.52040.0475-0.12930.73430.02630.4626-18.421260.4165122.3728
22.4835-0.3298-2.28951.459-0.01823.67470.17160.3124-0.0144-0.6795-0.2965-0.25570.1050.02870.11910.870.17050.0340.59950.10760.41535.647554.8102104.1264
35.4921-4.5762-3.77354.49492.88322.78210.3440.47210.0587-0.2945-0.27420.1173-0.1694-0.3642-0.05280.3033-0.0224-0.10060.5021-0.00080.4782-31.366575.2654150.2693
42.1016-2.6048-2.2683.91582.79152.7008-0.3581-0.4125-0.12310.38820.2781-0.12020.50680.42960.08810.59220.1045-0.00890.50440.1170.52264.221738.6412144.2135
51.1983-0.9804-1.47243.33832.28282.897-0.1569-0.0512-0.0771-0.3642-0.0048-0.2060.34460.21370.15880.70250.19660.04620.46740.16820.55311.144834.2397127.0794
65.6195-2.056-6.07631.81722.18987.2137-0.5595-0.385-0.37810.53670.13870.08780.75280.49560.41490.51120.019-0.05890.47490.08280.4198-21.10266.7589167.2032
74.0483-2.2448-2.7372.04991.6242.74120.3289-0.24490.4609-0.31590.089-0.8987-0.08760.6924-0.40380.5851-0.01240.09650.7173-0.02670.976221.786566.8883130.8135
82.8635-3.7343-4.05866.00975.76267.06710.0443-0.40960.49350.08840.4809-0.659-0.06150.8021-0.54850.5202-0.0926-0.0530.46850.00330.479-14.7385.6379160.0124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 104 )A8 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 308 )A105 - 308
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 309 through 502 )A309 - 502
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 146 )B8 - 146
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 147 through 314 )B147 - 314
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 315 through 502 )B315 - 502
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 8 through 340 )C8 - 340
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 341 through 502 )C341 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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