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Yorodumi- PDB-6mym: Crystal structure of hemagglutinin from influenza virus A/Phillip... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mym | |||||||||
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Title | Crystal structure of hemagglutinin from influenza virus A/Phillipines/2/1982 (H3N2) | |||||||||
Components | Hemagglutinin | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / influenza hemagglutinin crystal structure / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Influenza A virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.45 Å | |||||||||
Authors | Dai, Y.N. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of hemagglutinin from influenza virus A/Phillipines/2/1982 (H3N2) Authors: Dai, Y.N. / Fremont, D.H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mym.cif.gz | 610.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mym.ent.gz | 511.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mym.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mym_validation.pdf.gz | 6.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mym_full_validation.pdf.gz | 6.5 MB | Display | |
Data in XML | 6mym_validation.xml.gz | 54.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6mym_validation.cif.gz | 74.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6mym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6mym | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2yp5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 55823.414 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Philippines/2/1982(H3N2)) Strain: A/Philippines/2/1982 H3N2 / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: D8KS88 #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.56 Å3/Da / Density % sol: 77.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.1M Tris pH 8.5, 2.5M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1.00003 Å |
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2018 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→48.58 Å / Num. obs: 133433 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 58.17 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.49 Å / Redundancy: 12.6 % / Num. unique obs: 6553 / CC1/2: 0.718 / % possible all: 99.9 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2YP5 Resolution: 2.45→48.58 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.19
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 252.24 Å2 / Biso mean: 84.6909 Å2 / Biso min: 37.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→48.58 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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