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Yorodumi- PDB-4k63: Structure of an avian influenza H5 hemagglutinin from the influen... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4k63 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of an avian influenza H5 hemagglutinin from the influenza virus complexed with avian receptor analog LSTa | |||||||||
Components | (Hemagglutinin) x 2 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / virus attachment / membrane fusion | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationclathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | |||||||||
Authors | Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. | |||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2013Title: An airborne transmissible avian influenza H5 hemagglutinin seen at the atomic level. Authors: Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 4k63.cif.gz | 763.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4k63.ent.gz | 639.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4k63.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4k63_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4k63_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
| Data in XML | 4k63_validation.xml.gz | 69.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 4k63_validation.cif.gz | 92.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k63 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4k62C ![]() 4k64C ![]() 4k65C ![]() 4k66C ![]() 4k67C ![]() 2fk0S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 36193.895 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 17-326 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Strain: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / Gene: HA / Plasmid: pFastBac1 / Cell line (production host): Hi5 / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: A8HWY8#2: Protein | Mass: 18910.838 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 347-510 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Strain: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / Gene: HA / Plasmid: pFastBac1 / Cell line (production host): Hi5 / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: A8HWY8#3: Polysaccharide | #4: Polysaccharide | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.74 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 25% PEG 2000 MME, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 3, 2012 |
| Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection twin | Type: merohedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.428 |
| Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. all: 42807 / Num. obs: 42807 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 57.19 Å2 |
| Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / % possible all: 83.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2FK0 Resolution: 3.1→49.49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7261 / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / Phase error: 34.15 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 202.92 Å2 / Biso mean: 67.4869 Å2 / Biso min: 0 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→49.49 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




Influenza A virus
X-RAY DIFFRACTION
Citation

























PDBj










TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper)

