PDB-3znl: H5 Haemagglutinin in Complex with 6-O-Sulfo-Sialyl-Lewis X (Sulfa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3znl

タイトル

H5 Haemagglutinin in Complex with 6-O-Sulfo-Sialyl-Lewis X (Sulfated Lewis X)

要素

(HAEMAGGLUTININ) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / SIALIC ACID / GLYCOPROTEIN / VIRUS RECEPTOR / SULFATED SIALOSIDE / FUCOSYLATED SIALOSIDE / SULFATION / FUCOSYLATION / AVIAN FLU / SIALYLLACTOSAMINE

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Xiong, X. / Tuzikov, A. / Coombs, P. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Gamblin, S.J. / Bovin, N. / Skehel, J.J.

引用

ジャーナル: Virus Res. / 年: 2013
タイトル: Recognition of Sulphated and Fucosylated Receptor Sialosides by A/Vietnam/1194/2004 (H5N1) Influenza Virus.
著者: Xiong, X. / Tuzikov, A. / Coombs, P. / Martin, S. / Walker, P.A. / Gamblin, S.J. / Bovin, N. / Skehel, J.J.

履歴

登録	2013年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3znl.cif.gz	598.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3znl.ent.gz	500.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3znl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3znl_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3znl_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3znl_validation.xml.gz	56.4 KB	表示
CIF形式データ	3znl_validation.cif.gz	75.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/3znl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/3znl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3znkC 3znmC 2ibxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k63-2 4cqx-d 4bgx-1 4k66-2 4k67-4 4kdq-d 4k65-1 4k63-1 4yy1-2 4k67-2 4k66-1 1jso-2 4k65-2 4mhi-3 4k62-2 4k64-2 4cqw-d 3zp0-1 4k62-3 3znm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HAEMAGGLUTININ

B: HAEMAGGLUTININ

C: HAEMAGGLUTININ

D: HAEMAGGLUTININ

E: HAEMAGGLUTININ

F: HAEMAGGLUTININ

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.980, 101.600, 161.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.32, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質	HAEMAGGLUTININ 分子量: 36950.766 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-340 / 由来タイプ: 天然詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC) 由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004 (H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34
#2: タンパク質	HAEMAGGLUTININ 分子量: 19097.990 Da / 分子数: 3 断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512 由来タイプ: 天然詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC) 由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004 (H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34

#1: タンパク質

HAEMAGGLUTININ

分子量: 36950.766 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-340 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC)
由来: (天然)

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004 (H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34

#2: タンパク質

HAEMAGGLUTININ

分子量: 19097.990 Da / 分子数: 3
断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512
由来タイプ: 天然
詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC)
由来: (天然)

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004 (H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34

-
糖 , 2種, 12分子

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 900.807 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpa1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAc[6S]b1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O_6OSO/3=O/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-4/a3-b1_a4-c1_c3-d2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc6SO3]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 268分子

#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % 解説: DATA CORRECTED FOR ANISOTROPY USING UCLA MBI - DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER RETAINING 3 SIGMA DATA.
結晶化	詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 0.05 M MGCL2, 28 - 30 % PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→150.76 Å / Num. obs: 64504 / % possible obs: 70.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 52.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IBX

2ibx

解像度: 2.5→35.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU B: 20.107 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.672 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. COMPLETENESS VS. RESOLUTION TABLE 999.99 5.39 9323 8903 5.39 4.28 9221 9089 4.28 3.74 9137 9040 3.74 3.40 9119 8419 3.40 3.15 9195 8800 3.15 ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25582	3227	5 %	RANDOM
R_work	0.23694	-	-	-
obs	0.23789	61277	70.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0.31 Å²
2-	-	-1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11595	0	351	265	12211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	12249
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.008	1.971	16635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.71	3.003	25851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.27	5	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.161	25.174	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.998	15	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.806	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.131	0.648	5802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.131	0.648	5801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.244	0.971	7242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.488	0.883	6447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	22	-
R_work	0.461	245	-
obs	-	-	3.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8433	-0.0643	-1.5773	0.2905	-0.4269	8.4946	-0.0407	-0.1576	-0.04	0.2322	0.0085	0.1735	-0.3729	-1.3015	0.0322	0.2079	0.0087	0.0803	0.5976	-0.0965	0.2743	6.3291	57.1668	52.29
2	4.8703	0.1418	-1.3126	1.5295	-0.9893	3.5095	-0.4096	-0.3085	-0.2775	0.3167	0.0808	0.2565	0.1677	-0.9783	0.3287	0.3553	-0.0665	0.1775	0.6778	-0.0393	0.2911	8.35	47.2504	81.2297
3	1.5707	-0.4707	0.4946	3.0139	-0.5734	2.4801	-0.2907	-0.4922	0.0228	0.7588	0.1063	0.1211	-0.0297	-0.7371	0.1845	0.646	-0.0675	0.1731	0.9074	-0.0683	0.2397	10.4208	49.8007	93.0866
4	0.6962	0.2094	-1.3326	0.3793	-0.0068	13.1346	0.1233	-0.2384	0.0813	0.1324	-0.0897	0.3405	-0.0082	-0.7394	-0.0336	0.121	0.056	0.0809	0.4123	-0.059	0.3424	8.9517	56.0711	48.5969
5	1.2998	0.3854	2.4918	0.3288	0.6259	10.2986	-0.0789	-0.3608	0.0476	0.0974	-0.1812	0.1215	0.3093	-1.0683	0.2601	0.1233	-0.0399	0.0531	0.1696	-0.0866	0.179	17.7238	53.3488	34.1109
6	4.5488	-0.0399	0.8259	2.3942	-0.0875	11.0618	-0.1001	1.1055	-0.411	-0.4705	-0.053	0.2056	0.9338	0.2175	0.1532	0.1757	-0.0145	-0.005	0.2695	-0.1038	0.1378	17.0572	49.1275	1.6788
7	0.2464	-0.0896	0.656	0.7108	-0.2438	6.3309	0.0594	-0.1884	-0.1478	0.2338	-0.0486	-0.1139	1.466	0.2916	-0.0107	0.4922	0.115	0.0409	0.3422	0.1394	0.2737	35.7852	30.1135	56.091
8	1.8198	0.2986	0.0713	2.2108	1.0367	2.0457	0.1604	-0.593	-0.1458	0.8272	-0.3539	-0.0688	0.6624	0.2985	0.1936	0.7672	0.0946	-0.0373	0.7831	0.1878	0.2579	40.0291	34.9124	92.8111
9	2.6759	1.0317	2.6696	0.6317	1.331	3.6834	-0.0261	-0.0692	-0.006	0.3432	0.0058	-0.1786	0.6895	0.8288	0.0203	0.7276	0.3541	-0.0761	1.0869	0.2931	0.2989	47.6701	38.8361	83.775
10	1.0779	-0.5038	0.1228	1.0398	-2.0212	13.2052	-0.1271	-0.3714	-0.3225	0.227	0.1114	-0.1406	0.4601	0.3499	0.0158	0.3181	0.0468	0.0039	0.1401	0.1094	0.3064	35.0376	31.2595	47.4399
11	0.8308	-0.5374	-1.7066	0.7449	1.6914	10.1944	-0.2637	-0.2068	-0.149	0.2428	-0.0523	0.0053	0.781	0.8014	0.316	0.0985	0.0439	0.0411	0.2061	0.0803	0.1678	33.517	40.5174	34.1038
12	2.4859	-0.8337	0.2043	4.0521	0.7577	10.894	0.2581	0.6271	0.0524	-0.9732	-0.4297	-0.4819	-0.5712	0.7167	0.1716	0.2504	0.0902	0.0992	0.2185	0.0562	0.1428	37.5188	42.0384	1.6598
13	0.5531	0.2062	-0.1716	0.3507	0.7528	7.448	0.0242	-0.2899	0.1627	0.1291	-0.0084	-0.0889	-0.9986	1.0309	-0.0157	0.4397	-0.1211	-0.1446	0.2968	-0.0308	0.2719	44.614	67.7678	56.0888
14	2.4015	-0.0035	-0.4161	1.5156	-0.4854	1.4271	-0.1337	-0.9188	0.075	0.4173	-0.1245	-0.0824	-0.615	0.3705	0.2581	0.8875	-0.0598	-0.1393	0.773	-0.1321	0.2609	38.7279	69.1795	93.3782
15	3.3647	-1.5169	-2.574	1.8632	0.7136	2.4337	0.2907	-0.2941	0.2028	0.404	-0.2273	0.0934	-0.9839	0.1652	-0.0634	1.2703	-0.0001	-0.2382	0.5306	-0.2068	0.2035	31.338	72.2214	83.9392
16	0.8538	0.0759	1.5695	1.4736	1.3324	12.6075	0.0365	-0.2217	0.3	0.414	0.0892	-0.3014	-0.6186	0.285	-0.1257	0.2788	-0.1309	-0.0851	0.262	-0.0348	0.2684	43.997	66.5408	47.4372
17	0.154	0.0941	-0.531	1.938	-2.8664	10.5355	0.0004	-0.1029	0.0649	0.3785	-0.2128	-0.0861	-1.4761	0.2408	0.2124	0.2467	-0.0019	-0.0967	0.1368	0.0137	0.1797	37.0543	62.5438	31.0837
18	1.3539	0.5594	-1.423	2.169	-1.4877	11.4835	-0.2548	0.2327	0.1543	-0.3286	0.0118	0.0279	-0.2677	-0.4142	0.243	0.1158	-0.02	-0.0526	0.0483	0.0147	0.1152	34.0214	60.7207	13.4726

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	91 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	123 - 259
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	260 - 321
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	105 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	105 - 233
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	234 - 264
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	265 - 321
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	1 - 104
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	105 - 163
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1 - 104
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	105 - 226
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	227 - 264
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	265 - 321
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	1 - 82
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	83 - 163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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