PDB-3znk: H5 Haemagglutinin in Complex with 6-O-Sulfo-2,3-Sialyllactosamine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3znk

タイトル

H5 Haemagglutinin in Complex with 6-O-Sulfo-2,3-Sialyllactosamine (Sulfated 3'SLN)

要素

(HAEMAGGLUTININ) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / SIALIC ACID / GLYCOPROTEIN / VIRUS RECEPTOR / SULFATED SIALOSIDE / FUCOSYLATED SIALOSIDE / SULFATION / FUCOSYLATION / AVIAN FLU / SIALYLLACTOSAMINE / LEWIS X

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Xiong, X. / Tuzikov, A. / Coombs, P. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Gamblin, S.J. / Bovin, N. / Skehel, J.J.

引用

ジャーナル: Virus Res. / 年: 2013
タイトル: Recognition of Sulphated and Fucosylated Receptor Sialosides by A/Vietnam/1194/2004 (H5N1) Influenza Virus.
著者: Xiong, X. / Tuzikov, A. / Coombs, P. / Martin, S. / Walker, P.A. / Gamblin, S.J. / Bovin, N. / Skehel, J.J.

履歴

登録	2013年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3znk.cif.gz	595.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3znk.ent.gz	499.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3znk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/3znk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/3znk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3znlC 3znmC 2ibxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cqz-1 4bgy-1 4k64-1 4cqs-1 5ajm-1 4cqu-1 4bh4-1 4k67-1 4bgw-1 5br6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HAEMAGGLUTININ

B: HAEMAGGLUTININ

C: HAEMAGGLUTININ

D: HAEMAGGLUTININ

E: HAEMAGGLUTININ

F: HAEMAGGLUTININ

ヘテロ分子

173 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.340, 101.230, 160.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質	HAEMAGGLUTININ 分子量: 36950.766 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-340 / 由来タイプ: 天然詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC) 由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004 (H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34
#2: タンパク質	HAEMAGGLUTININ 分子量: 19097.990 Da / 分子数: 3 断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512 由来タイプ: 天然詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC) 由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004 (H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34, UniProt: Q6J8F6*PLUS

#1: タンパク質

HAEMAGGLUTININ

分子量: 36950.766 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-340 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC)
由来: (天然)

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004 (H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34

#2: タンパク質

HAEMAGGLUTININ

分子量: 19097.990 Da / 分子数: 3
断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512
由来タイプ: 天然
詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC)
由来: (天然)

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004 (H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34, UniProt: Q6J8F6*PLUS

-
糖 , 2種, 12分子

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 754.667 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpa1-4DGlcpNAc[6S]b1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O_6OSO/3=O/3=O][a2112h-1a_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc6SO3]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 199分子

#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化	詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 0.05 M MGCL2, 28-30 % PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→43.06 Å / Num. obs: 52536 / % possible obs: 73.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 61.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IBX

2ibx

解像度: 2.71→43.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.899 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 25.011 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.978 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. COMPLETENESS VS. RESOLUTION TABLE 999.99 5.83 7336 7045 5.83 4.63 7182 7087 4.63 4.04 7172 6713 4.04 3.67 7228 7001 ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23651	2662	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22214	-	-	-
obs	0.22288	49874	73.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.598 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	0 Å²	0.4 Å²
2-	-	-0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→43.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11595	0	321	196	12112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	12216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.011	1.968	16584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.689	3.003	25788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.539	5	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.938	25.174	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.118	15	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.382	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.205	1.067	5802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.205	1.067	5801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.382	1.6	7242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.643	1.324	6414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.706→2.776 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	16	-
R_work	0.317	251	-
obs	-	-	5.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8322	-0.0538	-1.5688	0.3095	-0.1218	7.7682	0.0227	-0.2058	0.0164	0.274	0.0169	0.1754	-0.2496	-1.227	-0.0396	0.2887	0.0107	0.0704	0.613	-0.0681	0.3017	6.2984	56.9811	52.1443
2	6.6315	0.7503	-2.1192	2.1144	-2.2131	2.7635	-0.3773	-0.1938	-0.3651	0.3618	0.2273	0.1177	-0.0181	-0.3909	0.15	0.5843	-0.1635	0.2378	0.7563	-0.1201	0.3693	8.282	47.0832	81.0279
3	1.3334	-0.5874	0.1036	3.1456	0.0735	1.6203	-0.3026	-0.4573	-0.005	0.8144	0.1239	0.0765	0.1161	-0.567	0.1787	0.803	-0.0531	0.1433	0.9605	-0.0596	0.2928	10.3736	49.6093	92.8916
4	0.768	0.3917	-1.0389	0.7048	0.388	13.0909	0.1818	-0.3399	0.0483	0.2747	-0.1519	0.336	0.0118	-0.5636	-0.03	0.1852	0.0445	0.055	0.4204	-0.057	0.2928	8.922	55.8696	48.4422
5	1.2091	0.2732	2.1619	0.4731	0.5721	9.4965	-0.04	-0.364	0.0669	0.1964	-0.1669	0.1125	0.396	-1.0675	0.2069	0.1424	-0.0434	0.0288	0.1759	-0.0708	0.2128	17.6777	53.1867	34.0052
6	3.6635	-0.2934	0.1599	2.2427	-0.192	11.1248	-0.0855	1.1261	-0.3996	-0.4254	0.0035	0.1613	1.101	0.2634	0.082	0.1898	-0.0222	0.0048	0.356	-0.0987	0.2325	16.9668	48.992	1.6082
7	0.3566	0.0003	0.5685	0.605	0.1695	6.1948	0.0534	-0.2756	-0.1639	0.305	-0.0552	-0.0973	1.3374	0.3312	0.0018	0.4384	0.0934	0.0213	0.3515	0.122	0.3208	35.6344	29.9377	55.9354
8	1.3223	0.4144	-0.1989	2.0718	0.7239	1.4587	0.1631	-0.522	-0.1051	0.7827	-0.3224	-0.0882	0.5405	0.2069	0.1592	0.8644	0.0885	-0.0445	0.9033	0.1913	0.3354	39.9149	34.729	92.6041
9	3.8484	1.0833	1.5409	0.8937	0.8345	0.9791	-0.1582	-0.1472	0.1869	0.3016	0.1558	-0.1403	0.2086	0.4349	0.0024	0.8768	0.2667	-0.0965	1.2333	0.3343	0.37	47.5427	38.6468	83.5567
10	1.438	-0.1271	0.0801	1.0674	-2.5843	13.0149	0.009	-0.4605	-0.3709	0.2635	0.1102	-0.1253	0.3563	0.2553	-0.1191	0.3489	0.0555	0.0065	0.1869	0.0526	0.2913	34.9073	31.1023	47.2826
11	0.7162	-0.3763	-1.3144	0.7586	1.54	9.7119	-0.2082	-0.2686	-0.1223	0.2242	-0.0339	0.0015	0.659	0.7775	0.2422	0.0945	0.0489	0.0355	0.1993	0.07	0.223	33.3579	40.3358	34.001
12	2.3537	-1.0974	-0.3746	4.0534	0.9563	11.2236	0.3529	0.6083	0.102	-0.9833	-0.3557	-0.4022	-0.7573	0.7283	0.0027	0.2709	0.0679	0.0654	0.223	0.0422	0.2239	37.3504	41.8234	1.6008
13	0.4714	0.1692	-0.2622	0.46	0.7261	6.3744	0.039	-0.3097	0.1351	0.2207	0.0366	-0.0999	-0.8614	1.0164	-0.0756	0.4678	-0.0863	-0.1127	0.3473	-0.0362	0.3229	44.5079	67.5148	55.9328
14	2.5885	-0.069	-0.2219	1.4795	-0.673	1.1023	-0.0732	-0.9521	0.1128	0.2817	-0.0613	-0.0913	-0.4026	0.2981	0.1345	0.9384	-0.0352	-0.1367	0.85	-0.1405	0.3437	38.6484	68.9625	93.1671
15	3.3098	-1.9114	-2.418	1.7175	0.981	3.1454	-0.0512	-0.3112	0.0884	0.2662	-0.088	0.1054	-1.0541	-0.1761	0.1392	1.1301	0.0807	-0.198	0.633	-0.2293	0.3023	31.255	72.0035	83.7059
16	0.9911	0.1581	1.9193	1.0914	0.9313	12.7277	0.0316	-0.253	0.3016	0.3888	0.0593	-0.2166	-0.4589	0.1951	-0.0909	0.2526	-0.1083	-0.0854	0.2747	-0.0281	0.3027	43.8627	66.3026	47.2763
17	0.1993	0.0439	-0.2927	1.88	-3.0031	11.0424	-0.0169	-0.1564	0.102	0.3761	-0.1012	-0.0722	-1.5248	0.1662	0.1181	0.2364	0.0009	-0.088	0.1568	-0.0102	0.2336	36.9636	62.2844	30.9807
18	1.4803	0.6521	-1.5379	2.1422	-0.8752	11.1702	-0.2723	0.251	0.1163	-0.362	0.0268	0.043	-0.0845	-0.5808	0.2455	0.0976	-0.0222	-0.0285	0.0584	-0.0047	0.1855	33.9469	60.4761	13.3722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	91 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	123 - 259
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	260 - 321
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	105 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	105 - 233
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	234 - 264
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	265 - 321
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	1 - 104
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	105 - 163
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1 - 104
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	105 - 226
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	227 - 264
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	265 - 321
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	1 - 82
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	83 - 163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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