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- PDB-7jpd: Crystal structure of the trimeric full length mature hemagglutini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jpd
タイトルCrystal structure of the trimeric full length mature hemagglutinin from influenza A virus A/Fort Monmouth/1/1947
要素(Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / National Institutes of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / flu / seasonal flu / vaccine / HA / antigen / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural characterisation of hemagglutinin from seven Influenza A H1N1 strains reveal diversity in the C05 antibody recognition site.
著者: Ghafoori, S.M. / Petersen, G.F. / Conrady, D.G. / Calhoun, B.M. / Stigliano, M.Z.Z. / Baydo, R.O. / Grice, R. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Forwood, J.K.
履歴
登録2020年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
a: Hemagglutinin HA2 chain
B: Hemagglutinin HA1 chain
b: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
c: Hemagglutinin HA2 chain
D: Hemagglutinin HA1 chain
d: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
e: Hemagglutinin HA2 chain
F: Hemagglutinin HA1 chain
f: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,215111
ポリマ－338,29912
非ポリマー18,91699
水3,063170
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
a: Hemagglutinin HA2 chain
D: Hemagglutinin HA1 chain
d: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
e: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,85457
ポリマ－169,1496
非ポリマー9,70451
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemagglutinin HA1 chain
b: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
c: Hemagglutinin HA2 chain
F: Hemagglutinin HA1 chain
f: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,36154
ポリマ－169,1496
非ポリマー9,21248
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.790, 142.360, 234.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 12 or (resid 13...
21(chain B and (resid 2 through 12 or (resid 13...
31(chain C and (resid 2 through 12 or (resid 13...
41(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...
51(chain E and (resid 2 through 12 or (resid 13...
61(chain F and (resid 2 through 12 or (resid 13...
12chain H
22chain I
32chain K
42chain M
52chain O
62chain Q
13chain J
23chain L
33chain N
43chain P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERASNASN(chain A and (resid 2 through 12 or (resid 13...AA2 - 122 - 12
121ASNASNASNASN(chain A and (resid 2 through 12 or (resid 13...AA1313
131SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 12 or (resid 13...A - aA - B2 - 4892 - 160
141SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 12 or (resid 13...A - aA - B2 - 4892 - 160
151SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 12 or (resid 13...A - aA - B2 - 4892 - 160
161SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 12 or (resid 13...A - aA - B2 - 4892 - 160
211SERSERASNASN(chain B and (resid 2 through 12 or (resid 13...BC2 - 122 - 12
221ASNASNASNASN(chain B and (resid 2 through 12 or (resid 13...BC1313
231SERSERPROPRO(chain B and (resid 2 through 12 or (resid 13...B - bC - D2 - 4892 - 160
241SERSERPROPRO(chain B and (resid 2 through 12 or (resid 13...B - bC - D2 - 4892 - 160
251SERSERPROPRO(chain B and (resid 2 through 12 or (resid 13...B - bC - D2 - 4892 - 160
261SERSERPROPRO(chain B and (resid 2 through 12 or (resid 13...B - bC - D2 - 4892 - 160
311SERSERASNASN(chain C and (resid 2 through 12 or (resid 13...CE2 - 122 - 12
321ASNASNASNASN(chain C and (resid 2 through 12 or (resid 13...CE1313
331SERSERPROPRO(chain C and (resid 2 through 12 or (resid 13...C - cE - F2 - 4892 - 160
341SERSERPROPRO(chain C and (resid 2 through 12 or (resid 13...C - cE - F2 - 4892 - 160
351SERSERPROPRO(chain C and (resid 2 through 12 or (resid 13...C - cE - F2 - 4892 - 160
411SERSERGLUGLU(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...DG2 - 232 - 23
421LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...DG2424
431SERSERPROPRO(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...D - dG - H2 - 4892 - 160
441SERSERPROPRO(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...D - dG - H2 - 4892 - 160
451SERSERPROPRO(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...D - dG - H2 - 4892 - 160
511SERSERASNASN(chain E and (resid 2 through 12 or (resid 13...EI2 - 122 - 12
521ASNASNASNASN(chain E and (resid 2 through 12 or (resid 13...EI1313
531SERSERPROPRO(chain E and (resid 2 through 12 or (resid 13...E - eI - J2 - 4892 - 160
541SERSERPROPRO(chain E and (resid 2 through 12 or (resid 13...E - eI - J2 - 4892 - 160
551SERSERPROPRO(chain E and (resid 2 through 12 or (resid 13...E - eI - J2 - 4892 - 160
611SERSERASNASN(chain F and (resid 2 through 12 or (resid 13...FK2 - 122 - 12
621ASNASNASNASN(chain F and (resid 2 through 12 or (resid 13...FK1313
631SERSERPROPRO(chain F and (resid 2 through 12 or (resid 13...F - fK - L2 - 4892 - 160
112NAGNAGNAGNAGchain HHN1 - 2
212NAGNAGNAGNAGchain IIO1 - 2
312NAGNAGNAGNAGchain KKQ1 - 2
412NAGNAGNAGNAGchain MMS1 - 2
512NAGNAGNAGNAGchain OOU1 - 2
612NAGNAGNAGNAGchain QQW1 - 2
113NAGNAGMANMANchain JJP1 - 5
213NAGNAGMANMANchain LLR1 - 5
313NAGNAGMANMANchain NNT1 - 5
413NAGNAGMANMANchain PPV1 - 5

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 12分子 ABCDEFabcdef

#1: タンパク質
Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 36860.414 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Fort Monmouth/1/1947(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q20MG8
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 19522.717 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Fort Monmouth/1/1947(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q20MG8

-
糖 , 4種, 22分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 247分子

#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: InvbN.18715.a.KN11.PD38312 at 9.84 mg/mL against MCSG1 screen condition D11: 0.2 M sodium iodide, 20% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant; crystal tracking ID ...詳細: InvbN.18715.a.KN11.PD38312 at 9.84 mg/mL against MCSG1 screen condition D11: 0.2 M sodium iodide, 20% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant; crystal tracking ID 301393d11, unique puck ID umg7-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.85 Å / Num. obs: 91660 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.256 % / Biso Wilson estimate: 57.51 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 9.41 / Num. measured all: 573436 / Scaling rejects: 10124
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.95-3.036.9670.828247409680568050.7150.894100
3.03-3.116.8810.6132.7445750665166490.8410.663100
3.11-3.26.7390.5273.2443613647564720.8710.571100
3.2-3.36.4660.4583.7840809632263110.9020.49899.8
3.3-3.416.2660.3864.3737716609660190.940.42298.7
3.41-3.535.6640.2966.0232292589357010.9610.32896.7
3.53-3.666.1890.2128.0333100573953480.9770.23493.2
3.66-3.816.4140.218.3233034548251500.9730.2393.9
3.81-3.985.6640.179.826821527147350.9820.18989.8
3.98-4.176.3120.13211.9231808505150390.9890.14499.8
4.17-4.45.8150.11612.7328028483448200.990.12899.7
4.4-4.665.8140.09714.5726460456145510.9920.10799.8
4.66-4.996.2540.09415.2826898431043010.9930.10399.8
4.99-5.396.3010.09415.3225124399239870.9930.10399.9
5.39-5.96.2060.09715.0222986371237040.9930.10699.8
5.9-6.65.770.09414.5619468338633740.9930.10499.6
6.6-7.626.0160.07816.9117951299229840.9950.08699.7
7.62-9.336.2430.05720.5215927255625510.9980.06299.8
9.33-13.195.6570.04721.811411202220170.9980.05299.8
13.19-48.855.9820.03823.466831117311420.9990.04197.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev-4274精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vli

5vli


解像度: 2.95→48.85 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 4458 4.87 %
Rwork0.2538 87102 -
obs0.2554 91560 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.43 Å2 / Biso mean: 53.3845 Å2 / Biso min: 28.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22128 0 685 170 22983
Biso mean--63.46 48.9 -
残基数----2895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00423256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67131649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5968244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054084
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A12909X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
12B12909X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
13C12909X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
14D12909X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
15E12909X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
16F12909X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
21H72X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
22I72X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
23K72X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
24M72X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
25O72X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
26Q72X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
31J168X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
32L168X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
33N168X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
34P168X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-2.980.39951700.356629083078100
2.98-3.020.39921470.358329173064100
3.02-3.060.33491640.315528873051100
3.06-3.090.31811600.295729183078100
3.09-3.130.27271580.28329293087100
3.13-3.180.27861410.283129163057100
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3.22-3.270.33141440.275229183062100
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3.72-3.80.28071590.260929373096100
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4-4.120.22441550.215729423097100
4.12-4.250.26651490.204629323081100
4.25-4.410.20941570.200529753132100
4.41-4.580.21341620.188629073069100
4.58-4.790.23081610.183629483109100
4.79-5.040.24771610.201729453106100
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5.36-5.770.24421710.21129593130100
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6.35-7.270.24141550.22130063161100
7.27-9.150.23031440.205330573201100
9.15-48.850.28311490.23583174332399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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132.01590.33430.0852.0086-0.67953.5662-0.02730.0704-0.13690.04650.083-0.09730.171-0.1837-0.0320.3577-0.01020.0520.2219-0.03450.409136.436-53.7945.844
141.08150.6559-2.39050.6038-1.79368.5963-0.07480.0381-0.0024-0.17390.11070.01810.15130.2954-0.02760.4217-0.05240.02550.4287-0.04370.332755.697-22.722-4.109
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211.91230.82770.58492.6280.15882.503-0.0193-0.21890.090.2197-0.01730.1607-0.063-0.18230.07490.31020.04810.08230.39010.01140.35753.41437.39166.466
220.0454-0.00590.1220.01330.12525.0584-0.14880.054-0.11070.2710.00870.35420.1378-0.06070.2090.2941-0.0206-0.00630.62290.02350.5707-8.58329.82936.85
231.17440.54321.64041.12262.29925.008-0.3174-0.09010.2347-0.1281-0.07250.5265-0.6675-0.79010.35930.2625-0.0337-0.01580.49230.01740.4173-5.95225.7549.889
241.93171.44592.78472.49741.77644.0488-0.145-0.33970.46810.3581-0.27731.207-0.0499-1.12520.70460.47380.0158-0.20610.8551-0.13380.6628-21.41515.274-11.177
252.91382.72874.3613.0314.5068.81780.3101-0.30710.00680.4198-0.41320.02430.9325-0.48050.14490.4035-0.0160.06890.3417-0.06240.3467-3.55820.10321.588
262.37511.70483.29292.07392.97166.7872-0.27440.4460.0168-0.3340.14450.3598-0.02080.04760.10060.3946-0.1215-0.07310.5193-0.06610.464-6.65915.522-2.003
270.5490.1987-0.90540.8237-1.71755.1959-0.1349-0.1027-0.1193-0.1578-0.2469-0.43170.31030.85110.53230.38560.07330.09520.50180.04820.601275.292-32.92129.044
282.58860.5956-0.52032.19850.47362.5027-0.0961-0.4224-0.14680.4588-0.0485-0.1420.15260.16870.17810.44510.1447-0.03970.42360.04090.366261.533-41.81765.195
290.78210.51150.09860.6425-0.84414.127-0.19220.10610.2203-0.0259-0.2321-0.3158-0.26550.59670.39980.46690.1335-0.00940.52220.04880.532268.972-32.88451.894
301.39750.764-1.41821.8305-1.19212.57190.0130.18280.1353-0.18210.1259-0.3552-0.1610.2821-0.06850.3486-0.11730.12130.5072-0.04470.554774.863-17.8435.378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:58 )A2 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 59:109 )A59 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 110:236 )A110 - 236
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 237:288 )A237 - 288
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 289:324 ) OR ( CHAIN a AND RESID 330:366 )A289 - 324
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 289:324 ) OR ( CHAIN a AND RESID 330:366 )a330 - 366
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN a AND RESID 367:489 )a367 - 489
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 2:64 )B2 - 64
9X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 65:162 )B65 - 162
10X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 163:269 )B163 - 269
11X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 270:298 )B270 - 298
12X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 299:324 ) OR ( CHAIN b AND RESID 330:489 )B299 - 324
13X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 299:324 ) OR ( CHAIN b AND RESID 330:489 )b330 - 489
14X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 2:99 )C2 - 99
15X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 100:288 )C100 - 288
16X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 289:324 ) OR ( CHAIN c AND RESID 330:489 )C289 - 324
17X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 289:324 ) OR ( CHAIN c AND RESID 330:489 )c330 - 489
18X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 2:99 )D2 - 99
19X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 100:236 )D100 - 236
20X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 237:288 )D237 - 288
21X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 289:324 ) OR ( CHAIN d AND RESID 330:489 )D289 - 324
22X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 289:324 ) OR ( CHAIN d AND RESID 330:489 )d330 - 489
23X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 2:58 )E2 - 58
24X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN E AND RESID 59:99 )E59 - 99
25X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 100:254 )E100 - 254
26X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND RESID 255:298 )E255 - 298
27X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 299:324 ) OR ( CHAIN e AND RESID 330:337 )E299 - 324
28X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 299:324 ) OR ( CHAIN e AND RESID 330:337 )e330 - 337
29X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN e AND RESID 338:366 )e338 - 366
30X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN e AND RESID 367:403 )e367 - 403
31X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN e AND RESID 404:489 )e404 - 489
32X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN F AND RESID 2:99 )F2 - 99
33X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN F AND RESID 100:236 )F100 - 236
34X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN F AND RESID 237:288 )F237 - 288
35X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN F AND RESID 289:324 ) OR ( CHAIN f AND RESID 330:489 )F289 - 324
36X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN F AND RESID 289:324 ) OR ( CHAIN f AND RESID 330:489 )f330 - 489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る