+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2wrc | ||||||
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Title | the structure of influenza H2 human singapore hemagglutinin | ||||||
Components | HEMAGGLUTININ | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN / LIPOPROTEIN / ENVELOPE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.706 Å | ||||||
Authors | Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2009 Title: From the Cover: Structures of Receptor Complexes Formed by Hemagglutinins from the Asian Influenza Pandemic of 1957. Authors: Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2wrc.cif.gz | 568.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2wrc.ent.gz | 492.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2wrc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/2wrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/2wrc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2wr0C 2wr1C 2wr2C 2wr3C 2wr4C 2wr5C 2wr7C 2wrbC 2wrdC 2wreC 2wrfC 2wrgC 2wrhC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 57164.238 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS / References: UniProt: Q67333*PLUS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.17 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Wavelength: 1.5418 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. obs: 46459 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 78.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (PHENIX.REFINE) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NONE Resolution: 2.706→29.522 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.33 / Phase error: 36.63 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.249 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.706→29.522 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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