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- PDB-2wre: structure of H2 japan hemagglutinin with human receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wre
タイトルstructure of H2 japan hemagglutinin with human receptor
要素HEMAGGLUTININ
キーワードVIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN / ENVELOPE PROTEIN / LIPOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: From the Cover: Structures of Receptor Complexes Formed by Hemagglutinins from the Asian Influenza Pandemic of 1957.
著者: Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
履歴
登録2009年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
C: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,6406
ポリマ－171,2263
非ポリマー1,4143
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16200 Å2
ΔGint-44.51 kcal/mol
Surface area59160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.970, 117.460, 225.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN B AND (RESSEQ 5:323 )
211CHAIN C AND (RESSEQ 8:323 )
112CHAIN B AND (RESSEQ 330:492 )
212CHAIN C AND (RESSEQ 330:492 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ


分子量: 57075.293 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 1-505 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A/JAPAN/305+/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q67085, UniProt: Q0A2X3*PLUS
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 39715 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 68.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.001→19.98 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2946 1998 5 %
Rwork0.2387 --
obs0.2415 39715 96.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.673 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2776 Å20 Å20 Å2
2--1.6085 Å20 Å2
3---3.6691 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11347 0 96 0 11443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21415862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6754283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042043
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B2475X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C2475X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
21B1311X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C1311X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0014-3.07620.4106880.34661584X-RAY DIFFRACTION58
3.0762-3.15910.39631520.33342744X-RAY DIFFRACTION100
3.1591-3.25160.3431510.30922737X-RAY DIFFRACTION100
3.2516-3.35610.3931250.30642745X-RAY DIFFRACTION100
3.3561-3.47550.29121550.28752732X-RAY DIFFRACTION100
3.4755-3.61380.34661540.27472742X-RAY DIFFRACTION100
3.6138-3.77730.33591400.25122778X-RAY DIFFRACTION100
3.7773-3.97490.31251480.23972739X-RAY DIFFRACTION100
3.9749-4.22180.25391390.21282770X-RAY DIFFRACTION100
4.2218-4.54420.22691370.19522781X-RAY DIFFRACTION100
4.5442-4.9950.22291340.1912796X-RAY DIFFRACTION100
4.995-5.70310.27311670.1952773X-RAY DIFFRACTION100
5.7031-7.13060.28161490.21542857X-RAY DIFFRACTION100
7.1306-19.98020.29011590.21632939X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.531-0.3004-0.4060.63320.79854.126-0.10320.2723-0.0004-0.3701-0.0699-0.1644-0.19960.42350.14550.46380.00350.10170.44740.13350.343642.36985.8687-12.796
20.7024-0.0453-0.6971.29161.47662.7173-0.04140.1108-0.32240.2294-0.0269-0.07730.25040.04040.10290.43850.0518-0.0380.37380.09220.532141.2507-13.339-4.4549
30.41220.24880.43431.20921.05992.1564-0.05950.1122-0.029-0.1380.05470.2164-0.0908-0.053-0.02530.48910.0303-0.05940.47940.0940.457223.5393-2.197-9.4584
40.316-0.00850.20480.63421.10791.4373-0.0020.05660.1409-0.3844-0.0335-0.288-0.59550.16920.02910.6441-0.13410.06760.32710.13340.498448.46535.505528.6192
50.2416-0.08130.021.40631.69983.0020.0416-0.02350.08510.22120.0994-0.31480.47880.4283-0.10930.3641-0.0179-0.07840.35070.11020.465646.98315.436244.0635
60.2317-0.1657-0.33840.64130.82851.6595-0.0369-0.04590.0372-0.1919-0.24230.2193-0.3979-0.180.20980.37940.0569-0.05930.3924-0.030.315318.223522.429737.1366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 330:492
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 330:492
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND RESID 330:492
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 8:323
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 5:323
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND RESID 8:323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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