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Yorodumi- PDB-6tzb: Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza viru... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6tzb | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza virus hemagglutinin in complex with 6'-SLNLN | |||||||||
Components | (Hemagglutinin ...) x 2 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.243 Å | |||||||||
Authors | Wu, N.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020Title: Major antigenic site B of human influenza H3N2 viruses has an evolving local fitness landscape. Authors: Wu, N.C. / Otwinowski, J. / Thompson, A.J. / Nycholat, C.M. / Nourmohammad, A. / Wilson, I.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6tzb.cif.gz | 625.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6tzb.ent.gz | 513.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6tzb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6tzb_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6tzb_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 6tzb_validation.xml.gz | 3.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 6tzb_validation.cif.gz | 24 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tzb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4fnkS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
|
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Components
-Hemagglutinin ... , 2 types, 6 molecules ACEBDF
| #1: Protein | Mass: 35320.781 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 27-345 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2)Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q91MA7#2: Protein | Mass: 20197.312 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 346-521 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2)Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: H9XC94 |
|---|
-Sugars , 7 types, 16 molecules 
| #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine | #8: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 1 types, 919 molecules 
| #10: Water | ChemComp-HOH / |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.95 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 6% PEG 8000, and 39% 2-methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.243→50 Å / Num. obs: 93371 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 37.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.111 / Net I/σ(I): 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4FNK Resolution: 2.243→39.748 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.4
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 148.21 Å2 / Biso mean: 49.0655 Å2 / Biso min: 15.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.243→39.748 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi




Influenza A virus
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation




















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Trichoplusia ni (cabbage looper)