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万見
- PDB-6k69: Application of anti-helix antibodies in protein structure determi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k69
タイトルApplication of anti-helix antibodies in protein structure determination (9213-3LRH)
要素
  • 3LRH intrabody
  • Engineered T4 lysozyme
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / antibody (抗体) / protein design (タンパク質設計)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Lee, J.O. / Jin, M.S. / Kim, J.W. / Kim, S. / Lee, H. / Cho, G.Y.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2014R1A2A1A10050436 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017M3A9F6029753 韓国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Application of antihelix antibodies in protein structure determination.
著者: Kim, J.W. / Kim, S. / Lee, H. / Cho, G. / Kim, S.C. / Lee, H. / Jin, M.S. / Lee, J.O.
履歴
登録2019年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3LRH intrabody
B: Engineered T4 lysozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0732
ポリマ－37,0732
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.305, 94.305, 101.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 3LRH intrabody


分子量: 14203.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Engineered T4 lysozyme


分子量: 22870.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.56 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4.8M Sodium formate, 0.1M Sodium acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 20907 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Num. unique obs: 2071 / Rpim(I) all: 0.203

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LRH, 2HUK

3lrh

2huk


解像度: 2.401→43.23 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 1991 9.53 %
Rwork0.2043 --
obs0.2073 20901 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→43.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 0 0 38 2239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6743027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1611346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4007-2.46080.30121390.25931310X-RAY DIFFRACTION98
2.4608-2.52730.2771380.24891337X-RAY DIFFRACTION100
2.5273-2.60170.25891410.23371318X-RAY DIFFRACTION100
2.6017-2.68560.28051440.21941346X-RAY DIFFRACTION100
2.6856-2.78160.27571410.22881340X-RAY DIFFRACTION100
2.7816-2.89290.27071350.2471328X-RAY DIFFRACTION100
2.8929-3.02460.28411470.23041338X-RAY DIFFRACTION100
3.0246-3.1840.27721360.22741334X-RAY DIFFRACTION100
3.184-3.38340.25211450.22531362X-RAY DIFFRACTION100
3.3834-3.64450.25091430.20281353X-RAY DIFFRACTION100
3.6445-4.0110.23471430.1791345X-RAY DIFFRACTION100
4.011-4.59090.18511450.15891367X-RAY DIFFRACTION100
4.5909-5.78190.18411480.18611382X-RAY DIFFRACTION100
5.7819-43.23670.23541460.22181450X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1565-0.0043-0.59585.3027-1.17292.52420.89130.4342-0.434-0.39610.50680.57251.6221-0.0440.52730.68910.1911-0.64981.14381.02130.7278-23.4339-48.96627.4647
22.66062.14562.90744.70710.18718.11980.65930.12220.09380.57530.239-0.5227-0.08290.4661-0.72120.26660.00830.12380.82740.11560.9226-41.8879-41.064928.117
33.1942-1.5550.8163.28380.87450.82070.0605-1.2761-0.3530.6803-0.121-0.58320.18071.15970.01130.5860.0638-0.10861.1970.27770.6506-20.5622-43.839534.9655
42.934-1.1403-1.11282.8241-0.70644.40790.157-0.3529-0.20120.0140.02080.1717-0.1890.2946-0.14820.3077-0.0106-0.07240.79020.08650.4837-26.2899-35.224922.2009
58.62570.41640.08499.5746-3.50652.086-0.1514-0.71290.73961.0985-0.34740.0435-0.4540.7810.30360.5692-0.0555-0.05570.84790.0140.6152-27.0986-29.174931.5143
64.7252-0.98324.47633.44260.18254.62540.3293-1.08320.19160.3128-0.4739-0.35080.53010.70940.08370.41830.0109-0.02771.18220.22460.537-27.3335-39.162835.7289
77.49841.63451.40290.95390.80640.8195-0.31070.06180.2517-0.1347-0.1207-0.10770.02821.12830.50270.3933-0.0011-0.01251.00930.26250.5937-29.1731-38.269525.2644
81.4595-1.30352.74213.98860.09917.4414-0.3891-0.2564-0.6050.29980.0805-0.3343-0.24221.52590.09130.53770.1313-0.12311.20780.22890.7428-12.7496-43.264227.7804
93.5412-5.12793.56549.4775-2.75318.1988-0.6002-0.24960.18280.0575-0.4301-0.1181.1431-0.09581.03160.3996-0.12980.00610.6110.06440.6399-37.424-43.134721.9767
105.0424-0.4593-3.1696-0.01560.38297.25790.1583-0.3376-0.0070.00890.0054-0.10730.29520.6496-0.12820.39290.0457-0.01360.51670.11480.61-2.9267-42.00733.4637
116.8185-3.664-5.8625.41834.95995.8550.6494-0.37650.23880.2196-0.3322-0.7351-0.21950.4531-0.3850.3929-0.08250.03030.70460.08570.5227-9.3474-33.882613.0758
123.0039-3.005-4.95135.67414.81038.67370.0723-0.8318-0.02760.31220.0395-0.55310.19360.0105-0.10050.3170.002-0.05150.83410.12090.6488-16.9374-36.054218.9168
132.80740.59940.08386.3817-3.71097.48140.1303-0.2607-0.78190.17040.15090.45370.1507-0.1186-0.20040.31660.0117-0.00920.48060.07110.5215-13.8543-43.28481.4795
144.125-1.63261.48972.3033-0.20935.6109-0.0350.31910.4811-0.4091-0.3568-0.158-0.85650.6770.3320.6495-0.0196-0.01870.48850.08650.5145-3.7486-28.4973-14.2082
156.5165-0.00911.10994.58-0.3275.65230.3335-0.4460.24210.3255-0.1596-0.624-0.62530.7427-0.16440.5674-0.10450.02260.6820.11120.62236.49-31.3212-7.8137
162.43571.06960.38094.78883.84083.1857-0.086-1.7507-1.8651-0.5213-0.7442-1.02050.90033.18810.5710.67370.24340.11421.20390.21210.90865.1102-44.1758-11.1384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 11 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 20 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 21 through 36 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 37 through 52 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 53 through 65 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 66 through 79 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 80 through 96 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 97 through 107 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 108 through 113 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 21 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 22 through 50 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 51 through 72 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 73 through 101 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 102 through 156 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 157 through 177 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 178 through 186 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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