+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hsm | ||||||
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Title | Structure of partially reduced RsrR in space group P2(1)2(1)2(1) | ||||||
Components | Rrf2 family transcriptional regulator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / REDOX SENSOR / IRON SULFUR CLUSTER | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2 iron, 2 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces venezuelae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
Citation | Journal: J. Am. Chem. Soc. / Year: 2019 Title: Crystal Structure of the Transcription Regulator RsrR Reveals a [2Fe-2S] Cluster Coordinated by Cys, Glu, and His Residues. Authors: Volbeda, A. / Martinez, M.T.P. / Crack, J.C. / Amara, P. / Gigarel, O. / Munnoch, J.T. / Hutchings, M.I. / Darnault, C. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hsm.cif.gz | 496 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hsm.ent.gz | 412.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hsm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6hsm_validation.pdf.gz | 543.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6hsm_full_validation.pdf.gz | 561.4 KB | Display | |
Data in XML | 6hsm_validation.xml.gz | 55.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6hsm_validation.cif.gz | 75.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hsm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6hsdSC 6hseC 6hsi 6hsl S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ADBCEGFH
#1: Protein | Mass: 17385.975 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (bacteria) Gene: SVEN_6563 / Plasmid: pGS-21a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: F2RGC9 |
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-Non-polymers , 7 types, 627 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FES / #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / | #7: Chemical | ChemComp-MES / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.57 % / Mosaicity: 0 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 / Details: NaCl, MPD, MES, dithionite, anaerobic |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.97242 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97242 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→48.66 Å / Num. obs: 100292 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 717831 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6HSD Resolution: 2→48.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 11.99 / SU ML: 0.153 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.155 Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.43 Å2 / Biso mean: 49.129 Å2 / Biso min: 25.13 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→48.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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