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- PDB-6esa: Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6esa
タイトルCrystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Criteculus Griseus in complex with compounds RKp120 and AMP
要素(cAMP-dependent protein kinase ...プロテインキナーゼA) x 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Complex / peptidic ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / プロテインキナーゼA / cellular response to cold / sperm capacitation / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase activity ...regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / プロテインキナーゼA / cellular response to cold / sperm capacitation / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / axoneme / plasma membrane raft / mesoderm formation / sperm flagellum / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / protein export from nucleus / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / neuromuscular junction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / 転写後修飾 / cellular response to heat / manganese ion binding / 樹状突起スパイン / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / beta-D-ribopyranose / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.307 Å
データ登録者Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Loewe Corporation ドイツ
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Conceptional Design of Self-Assembling Bisubstrate-like Inhibitors of Protein Kinase A Resulting in a Boronic Acid Glutamate Linkage
著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Geyer, A. / Klebe, G.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
E: cAMP-dependent protein kinase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8746
ポリマ－43,1402
非ポリマー7344
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.939, 80.327, 85.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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CAMP-dependent protein kinase ... , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / CAMP-dependent pathway / PKA C-alpha


分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織: Ovary / 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P25321, プロテインキナーゼA
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor / CAMP-dependent pathway


分子量: 1946.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PKI 5-22 with N20RBS mutation
由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: G3HK48*PLUS

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糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-RIP / beta-D-ribopyranose / β-D-リボピラノ-ス / リボース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-ribopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-RibpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 336分子

#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 55 mM lithium chloride, 10 mM magnesium chloride 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 5 mM AMP, 20% v/v methanol/water in reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→35.562 Å / Num. obs: 106860 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.39 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 21.79
反射 シェル解像度: 1.31→1.39 Å / 冗長度: 4.38 % / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / Num. unique obs: 16609 / CC1/2: 0.87 / Rsym value: 0.491 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.307→35.562 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1466 5342 5 %Random selection
Rwork0.1309 ---
obs0.1317 106824 98.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.307→35.562 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2874 0 43 333 3250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1744323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.7131162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009558
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.307-1.32190.30811490.28142832X-RAY DIFFRACTION84
1.3219-1.33740.23031770.21953368X-RAY DIFFRACTION100
1.3374-1.35370.24291780.19243375X-RAY DIFFRACTION100
1.3537-1.37090.20181760.17353351X-RAY DIFFRACTION100
1.3709-1.38890.19421780.17053370X-RAY DIFFRACTION99
1.3889-1.40790.17771760.15953339X-RAY DIFFRACTION99
1.4079-1.42810.18751760.12993352X-RAY DIFFRACTION100
1.4281-1.44940.16991760.12093355X-RAY DIFFRACTION100
1.4494-1.4720.15341790.11223401X-RAY DIFFRACTION100
1.472-1.49620.12481780.10913380X-RAY DIFFRACTION100
1.4962-1.5220.12491780.10563383X-RAY DIFFRACTION100
1.522-1.54960.13821790.13385X-RAY DIFFRACTION100
1.5496-1.57940.15011780.09563394X-RAY DIFFRACTION100
1.5794-1.61170.12951790.09313392X-RAY DIFFRACTION100
1.6117-1.64670.13321790.09093403X-RAY DIFFRACTION100
1.6467-1.6850.13891770.09453361X-RAY DIFFRACTION100
1.685-1.72720.13011790.09423396X-RAY DIFFRACTION100
1.7272-1.77390.13541790.09593412X-RAY DIFFRACTION100
1.7739-1.8260.11421790.10083403X-RAY DIFFRACTION100
1.826-1.8850.13441790.10963401X-RAY DIFFRACTION100
1.885-1.95240.14931800.11183407X-RAY DIFFRACTION100
1.9524-2.03050.14321790.12573420X-RAY DIFFRACTION100
2.0305-2.12290.14521800.12043406X-RAY DIFFRACTION100
2.1229-2.23480.121800.12113422X-RAY DIFFRACTION99
2.2348-2.37480.14131790.12143404X-RAY DIFFRACTION100
2.3748-2.55810.13431810.1273437X-RAY DIFFRACTION100
2.5581-2.81550.1531810.14133434X-RAY DIFFRACTION99
2.8155-3.22260.14791810.14893449X-RAY DIFFRACTION99
3.2226-4.05930.14861850.14963513X-RAY DIFFRACTION99
4.0593-35.57490.14731870.15273537X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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