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- PDB-2vo6: Structure of PKA-PKB chimera complexed with 4-(4-Chlorobenzyl)-1-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vo6
タイトルStructure of PKA-PKB chimera complexed with 4-(4-Chlorobenzyl)-1-(7H- pyrrolo(2,3-d)pyrimidin-4-yl)piperidin-4-ylamine
要素
  • CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR ALPHA
  • CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE, ALPHA-CATALYTIC SUBUNIT
キーワードTRANSFERASE / LIPOPROTEIN / ATP-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PROTEIN KINASE INHIBITOR / CAMP / KINASE / NUCLEUS / MYRISTATE / CYTOPLASM
機能・相同性
機能・相同性情報


CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus / cellular response to cold / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / Mitochondrial protein degradation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / plasma membrane raft / axoneme / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / peptidyl-serine phosphorylation / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M05 / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Caldwell, J.J. / Davies, T.G. / Donald, A. / McHardy, T. / Rowlands, M.G. / Aherne, G.W. / Hunter, L.K. / Taylor, K. / Ruddle, R. / Raynaud, F.I. ...Caldwell, J.J. / Davies, T.G. / Donald, A. / McHardy, T. / Rowlands, M.G. / Aherne, G.W. / Hunter, L.K. / Taylor, K. / Ruddle, R. / Raynaud, F.I. / Verdonk, M. / Workman, P. / Garrett, M.D. / Collins, I.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Identification of 4-(4-Aminopiperidin-1-Yl)-7H-Pyrrolo[2,3-D]Pyrimidines as Selective Inhibitors of Protein Kinase B Through Fragment Elaboration.
著者: Caldwell, J.J. / Davies, T.G. / Donald, A. / Mchardy, T. / Rowlands, M.G. / Aherne, G.W. / Hunter, L.K. / Taylor, K. / Ruddle, R. / Raynaud, F.I. / Verdonk, M. / Workman, P. / Garrett, M.D. / Collins, I.
履歴
登録2008年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE, ALPHA-CATALYTIC SUBUNIT
I: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5154
ポリマ－43,1372
非ポリマー3782
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-5.5 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.910, 74.291, 80.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE, ALPHA-CATALYTIC SUBUNIT / PKA C-ALPHA / PROTEIN KINASE A


分子量: 40910.598 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00517, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR ALPHA / PKI-ALPHA / CAMP- DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR / MUSCLE/BRAIN ISOFORM / PKI


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 6-25 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P61925
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-M05 / 4-(4-chlorobenzyl)-1-(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)piperidin-4-aminium


分子量: 342.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21ClN5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 105 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 124 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 105 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 124 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 174 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 182 TO LYS
Has protein modificationY
配列の詳細4 RESIDUES OF THE WILD-TYPE PKA SEQUENCE HAVE BEEN MUTATED TO THE CORRESPONDING RESIDUES IN PKB

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→26 Å / Num. obs: 28840 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019I / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→26.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.616 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ALTHOUGH THERE IS EVIDENCE FOR A SECOND INHIBITOR BINDING SITE NEAR LYS 292, ONLY THE PYRROLO- PYRIMIDINE MOIETY COULD BE FITTED WITH ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ALTHOUGH THERE IS EVIDENCE FOR A SECOND INHIBITOR BINDING SITE NEAR LYS 292, ONLY THE PYRROLO- PYRIMIDINE MOIETY COULD BE FITTED WITH CONFIDENCE, AND SO THIS SITE HAS NOT BEEN BUILT IN THE FINAL MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1536 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.175 28840 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→26.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 0 25 439 3418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223066
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.9534143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.892.9955194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4995358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34623.845155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20115.082550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6851518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02663
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.22247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3440.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.070.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.09451786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.12162883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.11561280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.1437.51259
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.259 102
Rwork0.208 1837

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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