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万見
- PDB-1xh8: Crystal Structures of Protein Kinase B Selective Inhibitors in Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xh8
タイトルCrystal Structures of Protein Kinase B Selective Inhibitors in Complex with Protein Kinase A and Mutants
要素
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
  • cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PKA / kinase-inhibitor-complex / serine/threonine-protein kinase / balanol derivative / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / PKA activation / Hedgehog 'off' state / MAPK6/MAPK4 signaling / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / mesoderm formation / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / histone H1-4S35 kinase activity / cAMP-dependent protein kinase / positive regulation of triglyceride catabolic process / cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / Mitochondrial protein degradation / sperm capacitation / regulation of osteoblast differentiation / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein kinase A regulatory subunit binding / ciliary base / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / plasma membrane raft / axoneme / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / sperm flagellum / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of phagocytosis / acrosomal vesicle / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of protein localization to chromatin / lipid droplet / cellular response to glucose stimulus / neuromuscular junction / regulation of microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / mRNA processing / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / manganese ion binding / cellular response to heat / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / protein kinase activity / postsynapse / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R55 / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Breitenlechner, C.B. / Friebe, W.-G. / Brunet, E. / Werner, G. / Graul, K. / Thomas, U. / Kuenkele, K.-P. / Schaefer, W. / Gassel, M. / Bossemeyer, D. ...Breitenlechner, C.B. / Friebe, W.-G. / Brunet, E. / Werner, G. / Graul, K. / Thomas, U. / Kuenkele, K.-P. / Schaefer, W. / Gassel, M. / Bossemeyer, D. / Huber, R. / Engh, R.A. / Masjost, B.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Design and crystal structures of protein kinase B-selective inhibitors in complex with protein kinase A and mutants
著者: Breitenlechner, C.B. / Friebe, W.-G. / Brunet, E. / Werner, G. / Graul, K. / Thomas, U. / Kuenkele, K.-P. / Schaefer, W. / Gassel, M. / Bossemeyer, D. / Huber, R. / Engh, R.A. / Masjost, B.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure-based optimization of novel azepane derivatives as PKB inhibitors
著者: Breitenlechner, C.B. / Wegge, T. / Berillon, L. / Graul, K. / Marzenell, K. / Friebe, W.-G. / Thomas, U. / Schumacher, R. / Huber, R. / Engh, R.A. / Masjost, B.
履歴
登録2004年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5033
ポリマ－42,9332
非ポリマー5701
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.658, 73.111, 78.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit / Protein Kinase A / PKA C-alpha


分子量: 40706.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P00517, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form / Protein Kinase Inhibitor Peptide / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / Fragment: PKI(residues 5-24) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P61925
#3: 化合物 ChemComp-R55 / N-[4-({4-[5-(4,4-DIMETHYLPIPERIDIN-1-YL)-2-HYDROXYBENZOYL]BENZOYL}AMINO)AZEPAN-3-YL]ISONICOTINAMIDE


分子量: 569.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H39N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: LiCl, MesBisTris, methanol, MEGA-8, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.00076 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→22.53 Å / Num. all: 46943 / Num. obs: 46943

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→22.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 1.589 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 2404 5.1 %RANDOM
Rwork0.19986 ---
obs0.20168 44536 92.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2961 0 42 398 3401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9644161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82336405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.385357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.23156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21737
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4120.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.821.51787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48822882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35431295
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6814.51279
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.249 203
Rwork0.182 3731

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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