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- PDB-5uzk: Crystal Structure of PKA bound to an pyrrolo pyridine inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uzk
タイトルCrystal Structure of PKA bound to an pyrrolo pyridine inhibitor
要素
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / PHOSPHORYLATION / KINASE / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / channel activator activity / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / high-density lipoprotein particle assembly / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / nucleotide-activated protein kinase complex ...PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / channel activator activity / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / high-density lipoprotein particle assembly / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / nucleotide-activated protein kinase complex / Rap1 signalling / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / potassium channel inhibitor activity / histone H1-4S35 kinase activity / cAMP-dependent protein kinase / positive regulation of triglyceride catabolic process / cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of interleukin-2 production / molecular function inhibitor activity / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / Triglyceride catabolism / sperm capacitation / regulation of osteoblast differentiation / protein kinase A regulatory subunit binding / ciliary base / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PKA activation in glucagon signalling / renal water homeostasis / Regulation of MECP2 expression and activity / DARPP-32 events / regulation of cardiac conduction / plasma membrane raft / cAMP/PKA signal transduction / regulation of cardiac muscle contraction / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / sperm flagellum / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Hedgehog 'off' state / positive regulation of calcium-mediated signaling / regulation of macroautophagy / Ion homeostasis / regulation of heart rate / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to epinephrine stimulus / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / calcium channel complex / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of phagocytosis / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Mitochondrial protein degradation / acrosomal vesicle / sperm midpiece / AURKA Activation by TPX2 / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of protein localization to chromatin / lipid droplet / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of insulin secretion / neuromuscular junction / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Regulation of insulin secretion / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Degradation of GLI1 by the proteasome / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / mRNA processing / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / manganese ion binding / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to heat / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / postsynapse
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-504 / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jacobs, M.D. / Brown, K.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018
タイトル: ROCK inhibitors 3: Design, synthesis and structure-activity relationships of 7-azaindole-based Rho kinase (ROCK) inhibitors.
著者: Bandarage, U.K. / Cao, J. / Come, J.H. / Court, J.J. / Gao, H. / Jacobs, M.D. / Marhefka, C. / Nanthakumar, S. / Green, J.
履歴
登録2017年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
I: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2573
ポリマ－42,7822
非ポリマー4761
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area15810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.170, 78.180, 80.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40808.570 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKACA, PKACA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 1973.177 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6-23 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P61926
#3: 化合物 ChemComp-504 / 2-{3-[3-(piperidin-4-yl)propoxy]phenyl}-N-[4-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-1,3-thiazol-2-yl]acetamide


分子量: 475.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29N5O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 % / Mosaicity: 0.21 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 2% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→26.71 Å / Num. obs: 20724 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 46.03 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 73980 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.3-2.433.60.2850.9680.1720.33499
7.28-26.713.20.0420.9970.0270.0596.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdbid 2ERZ

2erz


解像度: 2.3→26.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.313 / SU Rfree Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.23
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1005 4.87 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.191 20619 98 %-
原子変位パラメータBiso max: 125.41 Å2 / Biso mean: 38.9 Å2 / Biso min: 10.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7523 Å20 Å20 Å2
2---9.126 Å20 Å2
3---5.3738 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→26.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 0 35 275 3196
Biso mean--43.64 45.02 -
残基数----355
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1028SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes432HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2999HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion373SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3668SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2999HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4057HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.11
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 164 5.82 %
Rwork0.225 2652 -
all0.231 2816 -
obs--93.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09880.31110.07090.95340.61532.0812-0.00160.0345-0.05110.00030.0369-0.07670.03920.255-0.0353-0.16960.0240.002-0.01440.0292-0.174327.6052.44412.5846
20.13790.2545-0.54770.5549-1.81.2216-0.01640.06990.07120.04970.0228-0.03820.0014-0.0851-0.0064-0.03160.0455-0.02370.08350.013-0.10614.2205-1.9895-10.9155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A14 - 350
2X-RAY DIFFRACTION2{ I|* }I5 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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