PDB-6egw: Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6egw

タイトル

Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Criteculus Griseus in complex with compounds RKp017 and RKp117

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
cAMP-dependent protein kinase inhibitor

キーワード

TRANSFERASE / Complex / peptidic ligand / ribose

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Conceptional Design of Self-Assembling Bisubstrate-like Inhibitors of Protein Kinase A Resulting in a Boronic Acid Glutamate Linkage
著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Geyer, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6egw.cif.gz	219 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6egw.ent.gz	175.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6egw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6egw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6egw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6egw_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	6egw_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nw8C 5o0eC 5o5mC 5ol3C 5ot3C 5ouaC 5ousC 6eh0C 6eh2C 6em2C 6em6C 6em7C 6emaC 6ertC 6eruC 6ervC 6erwC 6esaC 6i2aC 6i2bC 6i2cC 6i2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l9m-2 1svh-d 2uzw-d 2uzu-d 3kkv-d 5uzk-d 1xh9-1 4wb5-d 3bwj-d 3dne-d 4o22-d 3e8e-3 3p0m-d 4xw5-d 1ydr-d 6esa-d 5n3h-d 2uw0-d 1fmo-d 2c1b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.539, 72.134, 76.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織: Ovary / 器官: Ovary
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P25321

#2: タンパク質・ペプチド

cAMP-dependent protein kinase inhibitor

分子量: 1973.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PKI 5-22 with S9RBS mutation.
由来: (合成)

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: G3HK48*PLUS

#3: 化合物

ChemComp-9LQ / [2-[(4-isoquinolin-5-ylsulfonyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]phenyl]boronic acid

分子量: 425.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄BN₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 糖

ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 5 mM RKp117, 18% v/v methanol/water in reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→41.617 Å / Num. obs: 38857 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.57 % / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 23.22
反射シェル	解像度: 1.74→1.84 Å / 冗長度: 5.66 % / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Num. unique obs: 6072 / CC_1/2: 0.897 / R_sym value: 0.486 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→41.617 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.85

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2026	1942	5 %	Random selection
R_work	0.1717	-	-	-
obs	0.1733	38853	97.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→41.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2801	0	33	202	3036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	4035
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.697	1761
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7363-1.7797	0.3078	129	0.2393	2460	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7797-1.8278	0.2548	136	0.1982	2590	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8278-1.8816	0.2271	138	0.1837	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8816-1.9423	0.2757	139	0.1739	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9423-2.0117	0.223	139	0.1749	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0117-2.0923	0.2047	137	0.1781	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0923-2.1875	0.2047	133	0.1675	2513	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1875-2.3028	0.2468	139	0.1629	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3028-2.4471	0.2	141	0.1622	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4471-2.636	0.2178	140	0.1676	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.636-2.9012	0.1865	142	0.1842	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9012-3.3208	0.2038	137	0.1774	2617	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3208-4.1833	0.1856	144	0.1564	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1833-41.629	0.1677	148	0.1696	2797	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0119	-0.0361	-0.0248	0.083	0.0673	0.0493	-0.1194	0.0865	0.1113	-0.0372	-0.003	-0.2803	-0.0745	0.0769	-0.0002	0.1635	-0.0259	-0.036	0.1861	0.0265	0.2182	23.4889	31.3732	14.6521
2	0.1783	-0.131	-0.0084	0.0964	0.0006	0.0601	-0.0121	0.1027	0.0092	0.0036	0.0637	0.1089	0.0032	-0.0254	0.0001	0.1917	0.008	0.0214	0.2051	-0.009	0.1607	10.6201	15.3633	-3.8543
3	0.0608	0.0436	0.0722	0.1491	0.0714	0.0795	0.0211	0.0444	0.0162	-0.1101	0.0033	-0.0409	0.0792	0.0263	-0.0053	0.1444	0.0168	-0.0142	0.1854	-0.0174	0.18	8.8425	13.8288	-2.4791
4	0.0999	0.0128	0.015	0.0082	-0.0625	0.3826	0.0072	0.0673	-0.0444	-0.011	-0.0243	0.0131	0.0372	0.0909	-0	0.1186	0.0115	-0.0089	0.1353	-0.0052	0.1311	10.3287	15.8454	9.0226
5	0.2522	0.1422	-0.0369	0.0881	-0.0432	0.1041	0.0259	0.0325	-0.0754	0.0222	-0.0707	-0.0062	0.0506	0.0247	-0.01	0.1224	0.0065	-0.0012	0.114	0.0148	0.1157	14.1549	16.2931	20.6061
6	0.1765	0.1398	0.0851	0.2208	-0.0599	0.1548	-0.003	0.0055	0.0523	0.0675	-0.0064	-0.0115	-0.0755	0.0395	-0.0302	0.1453	0.0159	0.0079	0.1001	0.0026	0.1393	3.2068	26.3839	20.5733
7	0.3573	0.1088	-0.1891	0.0908	-0.1593	0.2913	0.1405	-0.1633	0.0311	0.2568	-0.1208	0.3861	-0.0626	-0.008	0.006	0.1092	-0.0022	0.0364	0.0896	-0.0129	0.2015	-0.0701	15.6049	27.6022
8	0.1246	0.0716	-0.0006	0.9239	0.285	0.0956	0.0658	-0.2199	0.0086	0.41	-0.0399	-0.0317	-0.0238	-0.0724	0.0449	0.2393	0.0006	0.0421	0.1698	0.0212	0.1015	5.6181	12.1808	38.2932
9	0.3251	0.0548	0.2358	0.3046	-0.2456	0.62	-0.0423	-0.2147	0.0124	0.2287	-0.0508	-0.0447	0.0065	0.17	-0.0548	0.1227	-0.0279	-0.013	0.1553	0.0002	0.1444	17.4675	17.3437	30.6366
10	0.1469	0.1058	-0.0867	0.2102	0.1406	0.3139	-0.0116	0.0752	-0.0529	0.0698	0.0609	0.2166	0.0897	-0.1244	0.0219	0.2024	-0.0037	-0.036	0.1677	0.0081	0.1445	4.974	13.7508	-2.5222
11	0.0173	0.0134	-0.0057	0.0115	-0.007	0.0107	0.18	-0.0325	0.092	0.0628	-0.0002	0.1359	-0.1241	0.0459	0	0.1459	-0.0112	0.0422	0.1629	0.0064	0.1787	-7.1476	2.9708	28.6672
12	0.0031	0.0005	-0.0024	0.0153	0.0055	0.0027	0.0015	0.0284	-0.027	-0.0249	0.0483	0.1196	0.1647	-0.0061	0.0001	0.1418	-0.0095	-0.0222	0.1214	-0.01	0.215	-3.6113	11.5277	17.3231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 140 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 141 through 179 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 180 through 216 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 217 through 250 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 251 through 272 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 273 through 316 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 317 through 350 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 8 through 16 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 17 through 25 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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