PDB-6eh2: Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eh2

タイトル

Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Criteculus Griseus in complex with compounds RKp032 and AMP

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
cAMP-dependent protein kinase inhibitor

キーワード

TRANSFERASE / Complex / peptidic ligand / ribose

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Conceptional Design of Self-Assembling Bisubstrate-like Inhibitors of Protein Kinase A Resulting in a Boronic Acid Glutamate Linkage
著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Geyer, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eh2.cif.gz	219.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eh2.ent.gz	176.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6eh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6eh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nw8C 5o0eC 5o5mC 5ol3C 5ot3C 5ouaC 5ousC 6egwC 6eh0C 6em2C 6em6C 6em7C 6emaC 6ertC 6eruC 6ervC 6erwC 6esaC 6i2aC 6i2bC 6i2cC 6i2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o0e-d 6f8n-1 4otg-d 5ous-d 2wni-2 4q22-d 3fxy-2 4d89-d 3chd-2 3che-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (7)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (7)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.014, 73.158, 109.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組織: Ovary / 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor 分子量: 1903.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PKI 5-22 with R14RBS mutation. 由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: G3HK48*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.27 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 2 mM AMP, 19% v/v methanol/water in reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→42.357 Å / Num. obs: 47360 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.88 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.035 / Net I/σ(I): 30.8
反射シェル	解像度: 1.76→1.87 Å / 冗長度: 5.84 % / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / Num. unique obs: 7502 / CC_1/2: 0.866 / R_sym value: 0.499 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→42.357 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.47

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2103	2368	5 %	Random selection
R_work	0.1757	-	-	-
obs	0.1774	47357	99.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→42.357 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2834	0	31	191	3056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2996
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.984	4085
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.864	1753
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	525

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7621-1.798	0.2742	135	0.2155	2562	X-RAY DIFFRACTION	98
1.798-1.8371	0.2318	137	0.2023	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8371-1.8799	0.2637	139	0.2039	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8799-1.9269	0.2715	137	0.2115	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9269-1.979	0.2687	137	0.193	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.979-2.0372	0.2473	139	0.1915	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0372-2.103	0.2156	138	0.1867	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.103-2.1781	0.2377	138	0.1788	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1781-2.2653	0.2334	139	0.1646	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2653-2.3684	0.1913	139	0.1689	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3684-2.4933	0.189	139	0.1612	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4933-2.6494	0.2022	139	0.1648	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6494-2.854	0.2067	139	0.1824	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.854-3.1411	0.2149	141	0.182	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1411-3.5954	0.2035	140	0.1793	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5954-4.529	0.1702	144	0.1538	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.529-42.3693	0.221	148	0.1795	2797	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2848	0.0535	-0.2446	0.5465	0.2909	0.6281	0.1461	0.0841	0.1463	-0.3545	-0.0295	0.124	-0.731	-0.0843	0.0098	0.2914	0.0913	-0.0361	0.334	0.0015	0.3136	-14.5958	-6.2905	7.1465
2	1.1782	-0.2701	0.7144	1.1926	0.5576	0.881	0.2725	-0.4535	0.1278	0.2126	-0.1752	0.3403	0.0584	-0.2806	0.4415	0.1637	0.1045	0.1474	0.4502	0.1352	0.6033	-27.7923	-19.2696	29.572
3	2.9623	-0.7764	0.7589	0.2351	-0.2484	0.3978	0.1601	0.0484	-0.5525	0.373	0.0178	0.3398	-0.5617	-0.2707	0.1853	0.4359	-0.0677	0.0782	0.4212	0.051	0.3493	-24.2135	-22.4456	30.8787
4	0.3662	0.3326	-0.0635	1.2708	-0.4108	0.6322	0.0518	0.0044	-0.0636	0.1568	-0.0655	0.3071	0.0447	-0.2814	0.0043	0.1991	-0.0172	0.0288	0.2452	-0.0234	0.2174	-12.1302	-20.062	20.5137
5	0.5672	-0.0724	-0.1015	1.6042	-0.2956	1.5525	0.0236	-0.0885	0.0153	0.1902	-0.0993	-0.0786	-0.1254	-0.0302	-0	0.1924	-0.0199	0.0012	0.1646	-0.0035	0.1709	0.8884	-16.3109	22.457
6	0.674	-0.0777	-0.5903	0.4518	-0.3038	0.8283	-0.0061	0.0883	0.0785	-0.1512	-0.0712	-0.3036	-0.0409	0.2323	-0.0141	0.1965	-0.0012	0.035	0.1754	0.0266	0.2161	8.7693	-17.1809	9.3031
7	1.3578	0.6839	-0.3217	0.6768	-0.4399	0.3859	0.0858	0.1079	-0.1307	-0.0532	-0.0805	0.1782	-0.0321	-0.1832	0.0478	0.1947	-0.0129	0.002	0.1694	-0.0096	0.2551	-15.525	-24.4449	20.8711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 252 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 253 through 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 298 through 350 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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