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- PDB-5xyi: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5xyi
タイトルSmall subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
構成要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • (Ribosomal protein ...) x 10
  • (Uncharacterized ...) x 5
  • 18S
  • Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative
  • Plectin/S10 domain containing protein
  • eL41
キーワードRIBOSOME / Trichomonas vaginalis ribosome / rRNA / rprotein
機能・相同性30s ribosomal protein S13, C-terminal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S28e conserved site / 50S ribosomal protein L30e-like ...30s ribosomal protein S13, C-terminal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S28e conserved site / 50S ribosomal protein L30e-like / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S15P / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein L2, domain 2 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / K homology domain-like, alpha/beta / WD40-repeat-containing domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S19e, conserved site / WD40 repeat, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / G-protein beta WD-40 repeat / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S11 superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S11 signature. / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S26e / S4 domain / Ribosomal protein S27 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L41 / KH domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S9/S16 / WD domain, G-beta repeat / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal S17 / Ribosomal family S4e / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S27e / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S9
機能・相同性情報
試料の由来Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.35 Å 分解能
データ登録者Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用ジャーナル: Cell Res. / : 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao
要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月8日 / 公開: 2017年8月30日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年8月30日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年10月18日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6788
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
2: 18S
A: 40S ribosomal protein SA
B: Ribosomal protein S3Ae, putative
C: Uncharacterized protein
D: Ribosomal protein S3, putative
E: 40S ribosomal protein S4
F: 40s ribosomal protein S5-B, putative
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7, putative
I: 40S ribosomal protein S8
J: Uncharacterized protein
K: Plectin/S10 domain containing protein
L: Uncharacterized protein
M: Ribosomal protein L7Ae, putative
N: 40S ribosomal protein S13, putative
O: Ribosomal protein S14
P: Ribosomal protein S19, putative
Q: 40S ribosomal protein S16, putative
R: 40S ribosomal protein S17-B, putative
S: Ribosomal protein S13p/S18e, putative
T: Ribosomal protein S19e, putative
U: Ribosomal protein S10p/S20e, putative
V: 40S ribosomal protein S21
W: Ribosomal protein S15a
X: 40S ribosomal protein S23, putative
Y: Ribosomal protein S24e, putative
Z: Uncharacterized protein
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
c: Uncharacterized protein
d: 40S ribosomal protein S29, putative
e: 40S ribosomal protein S30
g: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative
n: eL41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,088,12134
ポリマ-1,088,12134
非ポリマ-00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
構成要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 2

#1: RNA鎖 18S


分子量: 508656.188 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

-
40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 AEFGHINQRVXabde

#2: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein SA / / uS2


分子量: 28584.676 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2EFE7
#6: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S4 / / eS4


分子量: 28589.561 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2FC75
#7: タンパク質・ペプチド 40s ribosomal protein S5-B, putative / / uS7


分子量: 21672.889 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2E4S6
#8: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S6 / / eS6


分子量: 24583.883 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DEJ9
#9: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S7, putative / / eS7


分子量: 18708.568 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2G5X6
#10: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S8 / / eS8


分子量: 22118.488 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2E1L5
#15: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S13, putative / / uS15


分子量: 17071.031 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2D9L2
#18: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S16, putative / / uS9


分子量: 15626.175 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2D919
#19: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S17-B, putative / / eS17


分子量: 14964.434 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DPS3
#23: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S21 / / eS21


分子量: 9853.130 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2FFS8
#25: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S23, putative / / uS12


分子量: 15592.457 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2D895
#28: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S26 / / eS26


分子量: 13889.256 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DST7
#29: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S27 / / eS27


分子量: 9467.907 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2FBZ2
#31: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S29, putative / / uS14


分子量: 6843.100 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DYA8
#32: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S30 / / eS30


分子量: 6919.079 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2FHY5

-
Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 BDMOPSTUWY

#3: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S3Ae, putative / リボソーム / eS1


分子量: 28085.471 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2G9Z8
#5: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S3, putative / リボソーム / uS3


分子量: 24505.658 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DIM3
#14: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L7Ae, putative / リボソーム / eS12


分子量: 13714.954 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2FA40
#16: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S14 / リボソーム / uS11


分子量: 16689.012 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:Q76KS8
#17: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S19, putative / リボソーム / uS19


分子量: 16286.080 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DVD8
#20: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S13p/S18e, putative / リボソーム / uS13


分子量: 17564.523 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DTR8
#21: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S19e, putative / リボソーム / eS19


分子量: 16584.188 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2EG54
#22: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S10p/S20e, putative / リボソーム / uS10


分子量: 13933.201 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2FDE0
#24: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S15a / リボソーム / uS8


分子量: 14583.213 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DLW4
#26: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S24e, putative / リボソーム / eS24


分子量: 16069.884 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2F0H5

-
Uncharacterized ... , 5種, 5分子 CJLZc

#4: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein / uS5


分子量: 30083.736 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2EHK3
#11: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein / uS4


分子量: 21811.295 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DNY3
#13: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein / uS17


分子量: 18015.252 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DHU8
#27: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein / eS25


分子量: 12645.859 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2ER97
#30: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein / eS28


分子量: 7650.717 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2DQN8

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 Kgn

#12: タンパク質・ペプチド Plectin/S10 domain containing protein / eS10


分子量: 16251.438 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2EBA2
#33: タンパク質・ペプチド Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative / RACK1


分子量: 37151.832 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:A2ELV7
#34: タンパク質・ペプチド eL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt:P0CX86*PLUS

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 3.35 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57162 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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