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- PDB-5xyi: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5xyi
タイトルSmall subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
記述子Uncharacterized protein
Plectin/S10 domain containing protein
Guanine nucleotide-binding protein beta subunit
eL41/RNA Complex
(40S ribosomal protein ...) x 15
(Ribosomal protein ...) x 10
キーワードRIBOSOME / Trichomonas vaginalis ribosome / rRNA / rprotein
試料の由来Trichomonas vaginalis / 真核生物 / ちつほねまくむし, 膣トリコモナス
手法電子顕微鏡 (3.35 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N.
引用Cell Res., 2017, 27, 1275-1288

Cell Res., 2017, 27, 1275-1288 万見文献
Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月8日 / 公開: 2017年8月30日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年8月30日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年10月18日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-6788
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集合体

登録構造単位
2: 18S
A: 40S ribosomal protein SA
B: Ribosomal protein S3Ae, putative
C: Uncharacterized protein
D: Ribosomal protein S3, putative
E: 40S ribosomal protein S4
F: 40s ribosomal protein S5-B, putative
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7, putative
I: 40S ribosomal protein S8
J: Uncharacterized protein
K: Plectin/S10 domain containing protein
L: Uncharacterized protein
M: Ribosomal protein L7Ae, putative
N: 40S ribosomal protein S13, putative
O: Ribosomal protein S14
P: Ribosomal protein S19, putative
Q: 40S ribosomal protein S16, putative
R: 40S ribosomal protein S17-B, putative
S: Ribosomal protein S13p/S18e, putative
T: Ribosomal protein S19e, putative
U: Ribosomal protein S10p/S20e, putative
V: 40S ribosomal protein S21
W: Ribosomal protein S15a
X: 40S ribosomal protein S23, putative
Y: Ribosomal protein S24e, putative
Z: Uncharacterized protein
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
c: Uncharacterized protein
d: 40S ribosomal protein S29, putative
e: 40S ribosomal protein S30
g: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative
n: eL41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,088,12134
ポリマ-1,088,12134
非ポリマ-00
0
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
構成要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 2

#1: RNA鎖18S


分子量: 508656.188 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis

-
40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 AEFGHINQRV...

#2: L型ポリペプチド40S ribosomal protein SA / uS2


分子量: 28584.676 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2EFE7

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000447)
  • endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000461)
  • ribosomal small subunit assembly (GO: 0000028)
  • rRNA export from nucleus (GO: 0006407)
  • translation (GO: 0006412)
#6: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S4 / eS4


分子量: 28589.561 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FC75

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#7: L型ポリペプチド40s ribosomal protein S5-B, putative / uS7


分子量: 21672.889 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2E4S6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#8: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S6 / eS6


分子量: 24583.883 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DEJ9

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#9: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S7, putative / eS7


分子量: 18708.568 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2G5X6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#10: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S8 / eS8


分子量: 22118.488 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2E1L5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)
  • translation (GO: 0006412)
#15: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S13, putative / uS15


分子量: 17071.031 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2D9L2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#18: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S16, putative / uS9


分子量: 15626.175 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2D919

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)
  • translation (GO: 0006412)
#19: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S17-B, putative / eS17


分子量: 14964.434 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DPS3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#23: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S21 / eS21


分子量: 9853.130 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FFS8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000447)
  • endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000461)
  • translation (GO: 0006412)
#25: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S23, putative / uS12


分子量: 15592.457 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2D895

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#28: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S26 / eS26


分子量: 13889.256 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DST7

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#29: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S27 / eS27


分子量: 9467.907 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FBZ2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#31: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S29, putative / uS14


分子量: 6843.100 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DYA8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#32: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S30 / eS30


分子量: 6919.079 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FHY5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

-
Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 BDMOPSTUWY

#3: L型ポリペプチドRibosomal protein S3Ae, putative / eS1


分子量: 28085.471 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2G9Z8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#5: L型ポリペプチドRibosomal protein S3, putative / uS3


分子量: 24505.658 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DIM3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#14: L型ポリペプチドRibosomal protein L7Ae, putative / eS12


分子量: 13714.954 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FA40

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#16: L型ポリペプチドRibosomal protein S14 / uS11


分子量: 16689.012 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: Q76KS8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)
  • ribosomal small subunit assembly (GO: 0000028)
  • translation (GO: 0006412)
#17: L型ポリペプチドRibosomal protein S19, putative / uS19


分子量: 16286.080 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DVD8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#20: L型ポリペプチドRibosomal protein S13p/S18e, putative / uS13


分子量: 17564.523 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DTR8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#21: L型ポリペプチドRibosomal protein S19e, putative / eS19


分子量: 16584.188 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2EG54

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#22: L型ポリペプチドRibosomal protein S10p/S20e, putative / uS10


分子量: 13933.201 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2FDE0

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#24: L型ポリペプチドRibosomal protein S15a / uS8


分子量: 14583.213 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DLW4

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#26: L型ポリペプチドRibosomal protein S24e, putative / eS24


分子量: 16069.884 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2F0H5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)
  • translation (GO: 0006412)

-
Uncharacterized ... , 5種, 5分子 CJLZc

#4: L型ポリペプチドUncharacterized protein / uS5


分子量: 30083.736 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2EHK3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#11: L型ポリペプチドUncharacterized protein / uS4


分子量: 21811.295 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DNY3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#13: L型ポリペプチドUncharacterized protein / uS17


分子量: 18015.252 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DHU8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#27: L型ポリペプチドUncharacterized protein / eS25


分子量: 12645.859 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2ER97
#30: L型ポリペプチドUncharacterized protein / eS28


分子量: 7650.717 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2DQN8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

-
L型ポリペプチド , 3種, 3分子 Kgn

#12: L型ポリペプチドPlectin/S10 domain containing protein / eS10


分子量: 16251.438 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2EBA2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#33: L型ポリペプチドGuanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative / RACK1


分子量: 37151.832 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis / 参照: UniProt: A2ELV7
#34: L型ポリペプチドeL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Trichomonas vaginalis

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

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試料調製

構成要素名称: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 3.35 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57162 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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