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- PDB-5vjm: Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant (V186K, K193T, G228S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vjm
タイトルCrystal structure of H7 hemagglutinin mutant (V186K, K193T, G228S) from the influenza virus A/Shanghai/2/2013 (H7N9) with LSTa
要素(Hemagglutinin ...ヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / influenza virus (オルトミクソウイルス科) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / mutant (ミュータント (人類)) / receptor specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
メタノール / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.909 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Three mutations switch H7N9 influenza to human-type receptor specificity.
著者: de Vries, R.P. / Peng, W. / Grant, O.C. / Thompson, A.J. / Zhu, X. / Bouwman, K.M. / de la Pena, A.T.T. / van Breemen, M.J. / Ambepitiya Wickramasinghe, I.N. / de Haan, C.A.M. / Yu, W. / ...著者: de Vries, R.P. / Peng, W. / Grant, O.C. / Thompson, A.J. / Zhu, X. / Bouwman, K.M. / de la Pena, A.T.T. / van Breemen, M.J. / Ambepitiya Wickramasinghe, I.N. / de Haan, C.A.M. / Yu, W. / McBride, R. / Sanders, R.W. / Woods, R.J. / Verheije, M.H. / Wilson, I.A. / Paulson, J.C.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Data collection
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4527
ポリマ－56,4472
非ポリマー1,0055
水18010
1
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,35621
ポリマ－169,3416
非ポリマー3,01515
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area35230 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area56530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.942, 115.942, 295.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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Hemagglutinin ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 35365.891 Da / 分子数: 1 / 変異: V186K, K193T, G228S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 21081.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21

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糖 , 2種, 4分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸 / シアル酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 11分子

#5: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル / メタノール


分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: CH4O
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M tri-potassium citrate, 5% (v/v) ethylene glycol and 22% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 17020 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 819 / Rpim(I) all: 0.5 / Rsym value: 0.93 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N5J

4n5j


解像度: 2.909→49.972 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 863 5.07 %
Rwork0.2012 --
obs0.2035 17017 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.909→49.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3784 0 64 10 3858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7725312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2812322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9086-3.09080.35341290.30582579X-RAY DIFFRACTION97
3.0908-3.32940.30731600.26532671X-RAY DIFFRACTION100
3.3294-3.66430.30051400.22982676X-RAY DIFFRACTION100
3.6643-4.19430.24761510.19272685X-RAY DIFFRACTION99
4.1943-5.28350.20661450.16982716X-RAY DIFFRACTION99
5.2835-49.97910.22111380.18962827X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35760.19241.40321.19041.32645.20730.0413-0.007-0.34420.07070.1776-0.39450.20830.3316-0.24640.3759-0.04320.02390.3335-0.01790.7356-48.949514.59723.7866
25.39982.326-1.28862.6766-1.21985.8101-0.77270.777-0.2651-0.70620.66590.29391.0050.41220.15820.6561-0.05520.01820.7275-0.03430.7414-57.39817.2415-28.5849
34.85171.75310.60843.4451-0.89764.0217-0.33671.2550.3023-0.85760.83080.6242-0.55330.0288-0.53450.829-0.3293-0.0480.74410.06170.7755-60.494215.9702-34.2138
42.4759-2.3575-2.29882.14712.78139.23850.56690.14930.93410.2092-0.03140.2662-1.6634-0.3909-0.54061.0008-0.1285-0.06010.77610.37021.387-64.555825.3457-31.4524
56.50032.6752-1.78431.3634-0.93953.608-0.15790.70650.57450.00770.57730.7948-0.48820.3057-0.58160.8254-0.14230.07910.57640.01620.9437-50.719820.2915-27.8882
65.43781.83180.53171.644-1.48883.1107-0.1730.52540.5408-0.05840.19910.55460.0956-0.4062-0.10630.5183-0.0603-0.02120.4302-0.03090.8641-64.828613.9208-20.7762
72.843-0.653-1.69311.38652.32264.2178-0.1052-0.023-0.47460.23110.00720.02460.19430.0820.09010.48430.0325-0.04570.30840.00990.6437-47.109717.34315.0417
84.4091-1.24031.08934.9471-0.78043.5129-0.0982-0.80480.22551.4474-0.6368-0.71290.05740.63550.6861.5694-0.0831-0.41441.07330.25220.8953-45.394622.881647.603
93.07261.0952-4.37220.9883-1.53856.23470.5881-2.6849-0.46040.1166-0.683-1.2408-0.60811.24850.13752.116-0.2156-0.95142.01440.75910.7136-45.208314.113359.7907
107.5432-0.16460.47536.27381.01475.4144-0.1152-1.1475-0.77490.30071.0181.00552.14-0.5689-0.56580.974-0.09330.09380.74670.27580.9579-56.575816.782636.59
111.0584-0.68682.38390.4162-1.67958.0221-1.4866-0.7788-0.13150.40830.0210.86230.0787-1.34141.07810.89010.16120.21970.99440.05181.0495-59.207917.76249.7484
128.6426-5.3609-0.14643.9311-0.96633.21270.12540.1031.19740.8564-0.0426-2.1444-1.5105-0.1927-0.04340.90260.00730.27720.5009-0.0920.9831-48.01623.8404-8.0084
132.0537-0.2681.83261.2671-0.63021.29250.1587-0.53870.05010.5305-0.123-0.1256-0.42930.5521-0.14530.6075-0.0357-0.10490.33470.00170.5778-53.038829.031827.3646
140.95230.3526-0.5672.28190.95992.4232-0.4664-0.9726-0.05022.11160.2415-0.0630.52210.4928-0.0491.94120.1239-0.12091.73110.18680.7768-54.170620.449467.8484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 153 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 154 through 195 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 196 through 214 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 215 through 237 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 238 through 269 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 270 through 325 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 22 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 23 through 37 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 38 through 55 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 56 through 65 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 66 through 74 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 75 through 126 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 127 through 171 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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