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Yorodumi- PDB-4ln8: The crystal structure of hemagglutinin from a h7n9 influenza viru... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ln8 | |||||||||
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Title | The crystal structure of hemagglutinin from a h7n9 influenza virus (a/shanghai/2/2013) in complex with lstb | |||||||||
Components | (Hemagglutinin) x 2 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / RECEPTOR SPECIFICITY | |||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Influenza A virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J. | |||||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2013 Title: Structural Analysis of the Hemagglutinin from the Recent 2013 H7N9 Influenza Virus. Authors: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Download
PDBx/mmCIF format | 4ln8.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ln8.ent.gz | 971.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ln8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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Summary document | 4ln8_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ln8_full_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | |
Data in XML | 4ln8_validation.xml.gz | 107.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4ln8_validation.cif.gz | 147.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/4ln8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/4ln8 | HTTPS FTP |
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-Assembly
Deposited unit |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 2 types, 12 molecules ACEGIKBDFHJL
#1: Protein | Mass: 35333.891 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: HA1 subunit residues 19-339 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: R4NN21*PLUS #2: Protein | Mass: 20884.959 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: HA2 subunit residues 340-517 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: R4NN21*PLUS |
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-Sugars , 6 types, 21 molecules
#3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 2 types, 454 molecules
#8: Chemical | ChemComp-CA / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 8 Details: 0.2M CaCl2, 20% PEG3350, pH 8.0, Microbatch, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 3, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 8775 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.57 Å / % possible all: 89.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→38.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 22.566 / SU ML: 0.235 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / ESU R: 0.558 / ESU R Free: 0.281 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.627 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→38.62 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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