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Yorodumi- PDB-4n62: Crystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4n62 | |||||||||
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Title | Crystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus in complex with a sulfated receptor analog | |||||||||
Components | (Hemagglutinin ...) x 2 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / viral envelope protein / hemagglutinin / viral fusion protein | |||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Influenza A virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.5026 Å | |||||||||
Authors | Xu, R. / Wilson, I.A. | |||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2013 Title: Preferential recognition of avian-like receptors in human influenza A H7N9 viruses. Authors: Xu, R. / de Vries, R.P. / Zhu, X. / Nycholat, C.M. / McBride, R. / Yu, W. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4n62.cif.gz | 399.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4n62.ent.gz | 336.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4n62.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4n62_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4n62_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 4n62_validation.xml.gz | 37.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4n62_validation.cif.gz | 49.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n62 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4n5jC 4n5kC 4n60C 4n61C 4n63C 4n64C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Hemagglutinin ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 34993.559 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Shanghai/2/2013 / Gene: HA, hemagglutinin / Plasmid: pFastbac-HT / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): Hi5 / References: UniProt: R4NN21 #2: Protein | Mass: 21081.207 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Shanghai/2/2013 / Gene: HA, hemagglutinin / Plasmid: pFastbac-HT / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): Hi5 / References: UniProt: R4NN21 |
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-Sugars , 3 types, 5 molecules
#3: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
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#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | |
-Non-polymers , 1 types, 72 molecules
#6: Water | ChemComp-HOH / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 295.5 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 17-20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0331 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2013 / Details: K-B pair of biomorph mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0331 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 9.3 % / Number: 392387 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.02 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 42019 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 42019 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 36.75 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5026→48.638 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 100.588 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5026→48.638 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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