+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kth | |||||||||
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Title | Structure of A/Hubei/1/2010 H5 HA | |||||||||
Components | (Hemagglutinin) x 2 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / hemagglutinin | |||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Influenza A virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Shore, D.A. / Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Stevens, J. | |||||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Structural and Antigenic Variation among Diverse Clade 2 H5N1 Viruses. Authors: Shore, D.A. / Yang, H. / Balish, A.L. / Shepard, S.S. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Davis, C.T. / Donis, R.O. / Villanueva, J.M. / Klimov, A.I. / Stevens, J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kth.cif.gz | 303.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kth.ent.gz | 246.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kth.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4kth_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4kth_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 4kth_validation.xml.gz | 55 KB | Display | |
Data in CIF | 4kth_validation.cif.gz | 73.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kth | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4kw1C 4kwmC 2fk0S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 37268.066 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: HA1 residues 17-342 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Hubei/1/2010(H5N1) / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: G2U0T8 #2: Protein | Mass: 20881.105 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: HA2 residues 346-523 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Hubei/1/2010(H5N1) / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: G2U0T8 #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20% PEG MME, 100mM Tris-pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 15, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 53820 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51.43 Å2 / Rsym value: 0.089 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 3.8 % / Num. unique all: 2832 / Rsym value: 0.648 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2FK0 Resolution: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 15.055 / SU ML: 0.272 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.887 / ESU R Free: 0.333 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.55 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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