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Yorodumi- PDB-6icw: Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant AH-SGTQ (A138S, V186... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6icw | ||||||
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Title | Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant AH-SGTQ (A138S, V186G, P221T and L226Q) from the influenza virus A/Anhui/1/2013 (H7N9) | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / influenza virus / H7N9 / hemagglutinin | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Gao, G.F. / Xu, Y. | ||||||
Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2019 Title: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation of Avian H7N9 Influenza Virus Hemagglutinin. Authors: Xu, Y. / Peng, R. / Zhang, W. / Qi, J. / Song, H. / Liu, S. / Wang, H. / Wang, M. / Xiao, H. / Fu, L. / Fan, Z. / Bi, Y. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6icw.cif.gz | 209.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6icw.ent.gz | 168.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6icw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6icw_validation.pdf.gz | 469.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6icw_full_validation.pdf.gz | 476.6 KB | Display | |
Data in XML | 6icw_validation.xml.gz | 20.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6icw_validation.cif.gz | 26.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/6icw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/6icw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6icxC 6icyC 6id2C 6id3C 6id5C 6id8C 6id9C 6idaC 6idbC 6iddC 6idzC 4lkgS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34986.438 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: A138S,V186G,P221T,L226Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Gene: HA / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: R4NN21 | ||||
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#2: Protein | Mass: 20442.463 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Gene: HA / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: R4NN21 | ||||
#3: Sugar | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | Sequence reference R4NN21_9INFA was used according to author's suggestion. Author stated ...Sequence reference R4NN21_9INFA was used according to author's suggestion. Author stated hemagglutinin used in this studay, which was derived from AH1-H7N9 virus, was identical with R4NN21_9INFA. | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97923 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 11, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97923 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→37.53 Å / Num. obs: 23594 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 8.5 % / Net I/σ(I): 17.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.69 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4LKG Resolution: 2.6→37.53 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.13
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→37.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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